本文關(guān)鍵詞：病原微生物的基于熔解曲線的最小化多位點(diǎn)序列分型

  更多相關(guān)文章： 基于熔解曲線的最小化多位點(diǎn)序列分型 單核苷酸多態(tài)性 沙門氏菌 金黃色葡萄球菌 D值

【摘要】：病原微生物引起的傳染性疾病是全球公共衛(wèi)生領(lǐng)域面臨的嚴(yán)峻課題。通過病原微生物分型,可實(shí)現(xiàn)對(duì)病原微生物的流行病學(xué)調(diào)查、跟蹤和阻斷傳播途徑以遏制其暴發(fā)流行。理想的病原微生物分子分型技術(shù),應(yīng)具有分型能力強(qiáng)、操作簡便、重復(fù)性好、準(zhǔn)確快速、高通量自動(dòng)化、成本低廉的特點(diǎn)。本論文以沙門氏菌和金黃色葡萄球菌為模型,建立了一種新型的數(shù)字化病原微生物分子分型技術(shù)-基于熔解曲線的最小化多位點(diǎn)序列分型(minim McMLST)。 第一章,闡述了病原微生物分型的意義。探討了目前病原微生物分型技術(shù)的研究現(xiàn)狀,重點(diǎn)介紹和比較了各種核酸指紋分型技術(shù)的優(yōu)缺點(diǎn),總結(jié)了一個(gè)理想分型技術(shù)應(yīng)具備的特點(diǎn)。最后,在多位點(diǎn)序列分型技術(shù)(MLST)和多色熔解曲線分析(MMCA)的基礎(chǔ)上,提出了minim McMLST方法,本方法可利用MLST序列型(STs)中最少的單核苷酸多態(tài)性(SNPs)位點(diǎn)達(dá)到病原微生物分型的目的。 第二章,首先詳細(xì)的闡述了minim McMLST方法的分型原理。然后以沙門氏菌為模型,對(duì)minim McMLST技術(shù)的可行性進(jìn)行了初步的研究,建立了雙反應(yīng)三重?zé)晒釶CR的沙門氏菌分型體系。利用Minimum SNPs軟件對(duì)1560個(gè)STs進(jìn)行分析,共篩選出6個(gè)具有顯著分型能力的SNPs位點(diǎn),另外,人工添加了1個(gè)SNP位點(diǎn),用于區(qū)分中國最流行的兩種STs。理論上,這7個(gè)位點(diǎn)可將1560個(gè)STs分成了59種熔解類型(MTs)。本體系的特異性高,重復(fù)性好,檢測(cè)下限可達(dá)到5copies/反應(yīng)。對(duì)167份標(biāo)本進(jìn)行檢測(cè),共發(fā)現(xiàn)17種MTs。測(cè)序驗(yàn)證了52份代表菌株,分析顯示,探針覆蓋區(qū)與測(cè)序結(jié)果完全一致。利用PHYLIP軟件的非加權(quán)組平均法(UPGMA)對(duì)52份標(biāo)本構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育樹,直觀顯示出,本方法獲得了17種MTs,而MLST方法獲得了23種STs。相對(duì)于MLST方法,計(jì)算出本方法的Simpson's index of diversity (D)等于0.9818。 第三章,在上述基礎(chǔ)上通過進(jìn)一步增加SNPs位點(diǎn)的選擇,探討提高minim McMLST分辨率的途徑。我們以金黃色葡萄球菌為模型,建立了三管三重的金黃色葡萄球菌分型體系。該體系所檢測(cè)的SNPs位點(diǎn)增至15個(gè),理論上可將2151個(gè)序列型分成288種MTs。實(shí)驗(yàn)檢測(cè)了376份標(biāo)本,獲得29種MTs。測(cè)序驗(yàn)證的70份代表菌株顯示,探針覆蓋區(qū)與測(cè)序結(jié)果完全一致。利用PHYLIP的UPGMA算法構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育樹,結(jié)果表明,本方法獲得了24種MTs,而MLST方法獲得了29種STs。相對(duì)于MLST方法,計(jì)算出D值為0.9884。進(jìn)一步利用goeBURST-1.2.1對(duì)70份菌株進(jìn)行了克隆譜系分析,我們的方法未區(qū)分的菌株在MLST中均被劃分到了相同的克隆群中,其溯源分析能力與MLST開始趨于一致。標(biāo)本的分型正確率為97.19%。最后,通過對(duì)376標(biāo)本的耐藥狀態(tài)檢測(cè),我們觀察到熔解類型與菌株的甲氧西林耐藥性表現(xiàn)出明顯的相關(guān)性,因此,基因分型對(duì)臨床用藥具有潛在的指導(dǎo)價(jià)值。
【關(guān)鍵詞】：基于熔解曲線的最小化多位點(diǎn)序列分型 單核苷酸多態(tài)性 沙門氏菌 金黃色葡萄球菌 D值
【學(xué)位授予單位】：廈門大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號(hào)】：R372
【目錄】：

• 摘要10-12
• Abstract12-14
• 第一章 緒論14-24
• 第一節(jié) 病原微生物的分型現(xiàn)狀15-18
• 1.1 表型分型技術(shù)介紹15
• 1.2 核酸指紋分型技術(shù)介紹15-18
• 第二節(jié) 論文研究的目的、內(nèi)容及意義18-20
• 參考文獻(xiàn)20-24
• 第二章 沙門氏菌的基于熔解曲線的最小化多位點(diǎn)序列分型24-58
• 第一節(jié) 基于熔解曲線的最小化多位點(diǎn)序列分型24-27
• 1.1 minim McMLST技術(shù)的原理和流程24-26
• 1.2 minim McMLST設(shè)計(jì)原則26-27
• 1.3 Simpson's index of diversity27
• 第二節(jié) 沙門氏菌的簡介27-29
• 第三節(jié) 材料和方法29-37
• 3.1 實(shí)驗(yàn)菌株29
• 3.2 菌株培養(yǎng)和基因組DNA的提取29
• 3.3 SNPs位點(diǎn)的篩選29-30
• 3.4 探針和引物的設(shè)計(jì)30-34
• 3.5 兩管三重分型體系的建立34
• 3.6 體系靈敏度34
• 3.7 標(biāo)本檢測(cè)34
• 3.8 標(biāo)本測(cè)序驗(yàn)證34-35
• 3.9 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析35-37
• 第四節(jié) 結(jié)果與分析37-51
• 4.1 探針與靶序列的預(yù)雜交實(shí)驗(yàn)37
• 4.2 兩管三重分型體系的建立和優(yōu)化37-43
• 4.3 等位基因圖譜43-44
• 4.4 體系靈敏度44-45
• 4.5 標(biāo)本檢測(cè)45-47
• 4.6 標(biāo)本測(cè)序驗(yàn)證47-49
• 4.7 minim McMLST與MLST分型結(jié)果的比較49-51
• 第五節(jié) 討論51-54
• 參考文獻(xiàn)54-58
• 第三章 金黃色葡萄球菌的基于熔解曲線的最小化多位點(diǎn)序列分型58-98
• 第一節(jié) 金黃色葡萄球菌的簡介58-60
• 第二節(jié) 材料和方法60-68
• 2.1 實(shí)驗(yàn)菌株60
• 2.2 菌株培養(yǎng)和基因組DNA的提取60-61
• 2.3 SNPs位點(diǎn)的篩選61
• 2.4 探針和引物的設(shè)計(jì)61-65
• 2.5 三管三重分型體系的建立65
• 2.6 體系靈敏度65
• 2.7 標(biāo)本檢測(cè)65
• 2.8 標(biāo)本測(cè)序驗(yàn)證65-66
• 2.9 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析66-68
• 第三節(jié) 結(jié)果與分析68-91
• 3.1 探針與靶序列的預(yù)雜交實(shí)驗(yàn)68-69
• 3.2 三管三重分型體系的建立和優(yōu)化69-70
• 3.3 體系靈敏度70-83
• 3.4 等位基因圖譜83-84
• 3.5 標(biāo)本檢測(cè)84-85
• 3.6 標(biāo)本測(cè)序驗(yàn)證85-88
• 3.7 minim McMLST與MLST分型結(jié)果的比較88-91
• 第四節(jié) 討論91-93
• 參考文獻(xiàn)93-98
• 英文縮寫索引98-99
• 致謝99-100

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 張少敏;徐建國;;多位點(diǎn)序列分型及其應(yīng)用[J];疾病監(jiān)測(cè);2008年10期

2 Simon Shane;志強(qiáng);;美國蛋品工業(yè)與沙門氏菌雞蛋召回事件[J];中國牧業(yè)通訊;2011年07期

3 楊建秀;食品安全與食源性疾病[J];熱帶醫(yī)學(xué)雜志;2004年02期

4 謝學(xué)勤;高建華;楊曉英;李洪權(quán);張永強(qiáng);劉澤軍;;當(dāng)前新發(fā)傳染病的流行特點(diǎn)及防控建議[J];首都公共衛(wèi)生;2007年05期

5 張志偉;陳大鵬;張曹進(jìn);許廣平;張志勇;;半滑舌鰨基因組的提取及ISSR反應(yīng)體系的建立[J];生物技術(shù);2006年06期

6 李維彬;郭辰虹;王玉炯;;病原微生物快速檢測(cè)方法及研究進(jìn)展[J];生物技術(shù)通報(bào);2006年02期

7 劉金華;賀丹;楊艷秋;張波;王麗;;多位點(diǎn)測(cè)序分型技術(shù)在病原微生物分型鑒定中的應(yīng)用[J];微生物學(xué)通報(bào);2007年06期

8 李雪;金莉莉;王秋雨;;病原微生物分子分型技術(shù)研究進(jìn)展[J];中國公共衛(wèi)生;2007年03期

9 馬俊英;劉健華;陳杖榴;曾振靈;;細(xì)菌分型的分子生物學(xué)技術(shù)研究進(jìn)展[J];中國獸醫(yī)科學(xué);2007年10期

10 烏正賚,曾光;病原微生物的耐藥性問題[J];中華流行病學(xué)雜志;1997年02期

，

本文編號(hào)：629915