人、豬鞭蟲核糖體DNA及線粒體DNA遺傳多樣性的研究
發(fā)布時間:2019-08-08 06:31
【摘要】: 毛首鞭形線蟲簡稱鞭蟲,屬于無尾感器綱(Aphasmidea)鞭尾目(Trichurata)鞭蟲科(Trichuridae)鞭蟲屬(Trichuris),為人體和動物腸道常見的寄生線蟲。據(jù)資料記載,豬鞭蟲還可感染人體。隨著生物種群的不斷進化和發(fā)展,尤其對那些相似種或近緣種,寄生蟲的形態(tài)學鑒定越來越顯出它的局限性。尤其是近幾年,PCR技術(shù)在寄生蟲的分子分類學、分子遺傳學、種(株)鑒定等方面的研究已取得了很大的成功,如以PCR擴增反應為基礎的限制性片段長度多態(tài)性(PCR-RFLP)、隨機擴增多態(tài)性DNA(RAPD)及單鏈構(gòu)象多態(tài)性(SSCP)分析等。 本研究首次對來源于中國不同地方不同宿主鞭蟲的間隔區(qū)序列(internal transcribed spacer,TS)以及線粒體(mtDNA)基因大亞基(lsrRNA)、NADH脫氫酶亞單位Ⅳ基因(nad4)進行PCR擴增、克隆及序列分析。結(jié)果,豬鞭蟲ITS-1序列長為655-661bp,ITS-2序列長為530-538 bp;人鞭蟲ITS-1序列長為600-627bp,ITS-2序列長為468-486 bp;二者的5.8S序列長均為154bp。其中,豬鞭蟲與西班牙豬鞭蟲ITS-1序列的差異堿基有14個,差異率為2.1%;ITS-2序列的差異堿基有18個,差異率為3.4%:5.8S序列的種(株)內(nèi)差異堿基有1個,差異率為0.6%。人鞭蟲ITS-1序列的種(株)內(nèi)差異堿基有34個,差異率為5.4%;ITS-2序列的種(株)內(nèi)差異堿基有30個,差異率為6.4%。豬鞭蟲ITS-1序列的種(株)內(nèi)差異堿基有15個,差異率為2.3%;ITS-2序列的種(株)內(nèi)差異堿基有13個,差異率為2.4%。人鞭蟲與豬鞭蟲ITS-1序列的堿基差異率達45.1%,ITS-2序列的堿基差異率達74.7%,5.8S序列的差異堿基有6個差異率達3.9%。在豬鞭蟲可見微衛(wèi)星重復序列(ITS-1:AGC,CGC;ITS-2:GCT,CG,C),人鞭蟲(ITS-1:CAG,GGC;ITS-2:CAG,CGA,CGG,GCG)。剔除ITS-1、ITS-2序列中的微衛(wèi)星重復序列后,人鞭蟲ITS-1序列的種(株)內(nèi)差異堿基有10個,差異率為1.7%;ITS-2序列的種(株)內(nèi)差異堿基有5個,差異率為1.1%。豬鞭蟲ITS-1序列的種(株)內(nèi)差異堿基有9個,差異率為1.4%;ITS-2序列的種(株)內(nèi)差異堿基有9個,差異率為1.8%。 從GeneBank數(shù)據(jù)庫下載Trichinella spiralis的ITS-2基因片段作為外群(accession number:AY851266),相關(guān)鞭蟲的ITS-2基因片段(Trichuris.ovis,AJ238220;T.leporis,AJ251321;T.skrjabini,AJ489248;T.vulpis,AM234616;T.arvicolae,AJ310661;T.muris,AJ299407),采用PHYLIP(version3.67)的距離法(鄰接法)以及PAUP(version 4.0b4a)的最大簡約法,一齊進行進化樹分析。 結(jié)果顯示,rDNA的ITS-1序列的PCR-RFLP差異性分析以及ITS-2序列作為分子遺傳標記的遺傳進化樹關(guān)系分析圖顯示,能有效區(qū)分鞭蟲屬內(nèi)的各種(株),并且結(jié)果顯示人鞭蟲與豬鞭蟲遺傳距離最為接近。這些研究結(jié)果有助于鞭蟲的生活史、傳播途徑、流行病學、種群遺傳學的研究和其相關(guān)疾病的診斷,為進一步的分子遺傳學和分子診斷學研究奠定基礎。
【圖文】:
2.1PCR擴增結(jié)果16個樣品均成功地擴增出約150obP的ITs片段,與預期目的片段長度相符,,且無非特異性條帶,空白對照與宿主對照均為陰性。代表性樣品ITS基因片段的PCR產(chǎn)物電泳圖見圖1。bp2000翻八lnnUnUU比門曰
本文編號:2524198
【圖文】:
2.1PCR擴增結(jié)果16個樣品均成功地擴增出約150obP的ITs片段,與預期目的片段長度相符,,且無非特異性條帶,空白對照與宿主對照均為陰性。代表性樣品ITS基因片段的PCR產(chǎn)物電泳圖見圖1。bp2000翻八lnnUnUU比門曰
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