【摘要】：目的對2014年深圳市羅湖區(qū)一起皰疹性咽峽炎疫情的病原體進(jìn)行鑒定,并對鑒定的柯薩奇A4病毒(CVA4)的VP1基因進(jìn)行序列測定和遺傳進(jìn)化特征分析。方法采集疫情中患兒的咽拭子樣本8份,提取病毒核酸,利用熒光RTPCR法檢測樣本總腸道病毒(EV)、人腸道病毒71型(EV71)、柯薩奇病毒A組16型(CVAl6)、CVA4、CVA6和CVAl0等,對CVA4陽性樣本采用RT-PCR方法擴增其VP1區(qū)全長序列,并進(jìn)行核苷酸序列測定和遺傳進(jìn)化分析。結(jié)果引起此次皰疹性咽峽炎暴發(fā)的病原體為GIB亞型的CVA4病毒。同源性分析顯示,深圳2014年CVA4病毒株與云南2004年分離株(AB268278)、以及臺灣2008年分離株(AB571570)核苷酸同源性達(dá)94.1%~94.8%,而與CVA4原型株HIGHPOINT同源性最低,為84.3%。在氨基酸序列上與臺灣2006年分離株(AB571563)、吉林2006年分離株(JQ715709)同源性最高,達(dá)99.3%;而與山東省2006年分離株(GQ253375)同源性最低,為97.1%。相比深圳2009年分離株(HQ728260),共有6個氨基酸突變位點:N22S,T34A,N63S,A165D,T200A和V126A;而進(jìn)化樹分析顯示,深圳2014年CVA4病毒株雖屬于CVA4的GIB亞型,但在進(jìn)化走勢上,已經(jīng)不同于GIB亞型中其他地區(qū)早期的分離株。結(jié)論 2014年深圳地區(qū)CVA4病毒屬于GIB亞型,但在VP1區(qū)變異較大。
[Abstract]:Objective to identify the pathogen of a herpetic pharyngitis epidemic in Luohu District, Shenzhen City in 2014, and to sequence the VP1 gene of Coxsackie A4 virus (CVA4) and analyze its genetic and evolutionary characteristics. Methods eight throat swabs of children were collected and virus nucleic acids were extracted. Total enterovirus (EV), human enterovirus 71 (EV71), coxsackie virus A group 16 (CVAl6), CVA4,CVA6 and CVAl0 were detected by fluorescence RTPCR assay. The full-length VP1 region of CVA4 positive samples was amplified by RT-PCR, and the nucleotide sequence was determined and genetic evolution was analyzed. Results the pathogen causing the outbreak of herpes isthmus was CVA4 virus of GIB subtype. Homology analysis showed that the nucleotide homology between Shenzhen 2014 CVA4 virus strain and Yunnan 2004 strain (AB268278) and Taiwan 2008 strain (AB571570) was 94.1% and 94.8% respectively, but lowest with CVA4 prototype strain HIGHPOINT (84.3%). The amino acid sequence was the highest (99.3) homology with Taiwan 2006 (AB571563), Jilin 2006 (JQ715709), and Shandong province 2006 (GQ253375) with the lowest homology (97.1%). Compared with Shenzhen strain (HQ728260) in 2009, there were 6 amino acid mutation loci: N22Stit T34A, N63SN A165DN T200A and V126A; The phylogenetic tree analysis showed that the Shenzhen 2014 CVA4 strain belonged to the GIB subtype of CVA4, but the evolutionary trend was different from that of the early isolates in other regions of GIB subtype. Conclusion the CVA4 virus belongs to GIB subtype in Shenzhen area in 2014, but it has great variation in VP1 region.
【作者單位】： 深圳市疾病預(yù)防控制中心重大傳染病監(jiān)控實驗室;深圳市羅湖區(qū)疾病預(yù)防控制中心微生物檢驗科;
【基金】：廣東省醫(yī)學(xué)科研基金(No.A2013602)~~
【分類號】：R373

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號：2402508