本文關(guān)鍵詞：HCV基因分型及基于基因型的抗原表位預(yù)測研究　出處：《重慶醫(yī)科大學(xué)》2009年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

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【摘要】： 丙型肝炎病毒(Hepatitis C Virus HCV)是慢性肝病的主要病原體,全球約有1.7億感染者,我國HCV感染率為3.2%,感染者約3800萬。70%以上的HCV感染者將發(fā)展成慢性感染,感染20年后有10%～20%慢性患者發(fā)展至肝硬化,感染30年后有1%～5%慢性患者發(fā)展為肝癌。目前對于慢性HCV感染,主要治療手段是長效干擾素(pegylated Interferon PEG-IFN)聯(lián)合利巴韋林的抗病毒治療,其有效率只有約50%。因此研制安全有效的預(yù)防性及治療性丙型肝炎疫苗意義重大。 但目前尚未研制出有效的丙型肝炎疫苗。以抗原表位預(yù)測為基礎(chǔ),化學(xué)合成或基因克隆串聯(lián)表達(dá)抗原表位產(chǎn)生的HCV多價(jià)表位疫苗成為近年來新的研究趨勢。本文根據(jù)HCV基因組變異和基因型分布特點(diǎn),提出根據(jù)地區(qū)基因型分布特點(diǎn),針對該地區(qū)主要分布的基因型來研制丙型肝炎疫苗的思想。用生物信息學(xué)方法系統(tǒng)地預(yù)測分析了我國主要分布的基因型HCV的抗原表位。 由于HCV RNA聚合酶缺乏校正功能,致使基因組有很高的異質(zhì)性。根據(jù)基因組的變異程度至少可將HCV分為6個(gè)基因型,各基因型又可分為多個(gè)亞型。目前已經(jīng)明確HCV基因型與肝病的嚴(yán)重程度、肝癌的發(fā)病率以及治療效果均有密切關(guān)聯(lián)。但是HCV基因分型的方法有多種,基因分型的區(qū)域也有多個(gè),尚未建立“金標(biāo)準(zhǔn)”。因此本文第一部分采用系統(tǒng)進(jìn)化樹重建的方法比較了HCV常用的幾個(gè)基因分型區(qū)域的分型效果,包括5′UTR、core、E1、E2和NS5B區(qū),首次使用生物信息學(xué)方法證明了NS5B區(qū)是代替全基因組進(jìn)行基因分型的最佳區(qū)域。 我國HCV主要基因型為1b、2a型,在港澳地區(qū)、華南、西南等邊境省份6a型比例較大。本文第二部分預(yù)測分析了這3種基因型HCV的B細(xì)胞抗原表位、CD8+T細(xì)胞抗原表位和CD4+T細(xì)胞抗原表位,經(jīng)過嚴(yán)格篩選評估,獲得了優(yōu)勢抗原表位的具體定位和氨基酸序列,為研制針對我國主要基因型HCV的多價(jià)表位疫苗以及通用HCV多價(jià)表位疫苗提供理論和實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)。 第三部分根據(jù)研究的需要開發(fā)了HCV B細(xì)胞表位評估系統(tǒng),該系統(tǒng)可以根據(jù)預(yù)測獲得的表位區(qū)間提取表位氨基酸殘基和對應(yīng)的表位蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)并計(jì)算出表位平均抗原指數(shù)得分(Average Antigenic Index Score AI);可以保存、查詢、分析預(yù)測的表位,用于多表位疫苗的設(shè)計(jì)。
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【學(xué)位授予單位】：重慶醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2009
【分類號】：R392

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號：1355299