本文關鍵詞：HCV基因分型及基于基因型的抗原表位預測研究　出處：《重慶醫(yī)科大學》2009年碩士論文　論文類型：學位論文

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【摘要】： 丙型肝炎病毒(Hepatitis C Virus HCV)是慢性肝病的主要病原體,全球約有1.7億感染者,我國HCV感染率為3.2%,感染者約3800萬。70%以上的HCV感染者將發(fā)展成慢性感染,感染20年后有10%～20%慢性患者發(fā)展至肝硬化,感染30年后有1%～5%慢性患者發(fā)展為肝癌。目前對于慢性HCV感染,主要治療手段是長效干擾素(pegylated Interferon PEG-IFN)聯(lián)合利巴韋林的抗病毒治療,其有效率只有約50%。因此研制安全有效的預防性及治療性丙型肝炎疫苗意義重大。 但目前尚未研制出有效的丙型肝炎疫苗。以抗原表位預測為基礎,化學合成或基因克隆串聯(lián)表達抗原表位產生的HCV多價表位疫苗成為近年來新的研究趨勢。本文根據(jù)HCV基因組變異和基因型分布特點,提出根據(jù)地區(qū)基因型分布特點,針對該地區(qū)主要分布的基因型來研制丙型肝炎疫苗的思想。用生物信息學方法系統(tǒng)地預測分析了我國主要分布的基因型HCV的抗原表位。 由于HCV RNA聚合酶缺乏校正功能,致使基因組有很高的異質性。根據(jù)基因組的變異程度至少可將HCV分為6個基因型,各基因型又可分為多個亞型。目前已經明確HCV基因型與肝病的嚴重程度、肝癌的發(fā)病率以及治療效果均有密切關聯(lián)。但是HCV基因分型的方法有多種,基因分型的區(qū)域也有多個,尚未建立“金標準”。因此本文第一部分采用系統(tǒng)進化樹重建的方法比較了HCV常用的幾個基因分型區(qū)域的分型效果,包括5′UTR、core、E1、E2和NS5B區(qū),首次使用生物信息學方法證明了NS5B區(qū)是代替全基因組進行基因分型的最佳區(qū)域。 我國HCV主要基因型為1b、2a型,在港澳地區(qū)、華南、西南等邊境省份6a型比例較大。本文第二部分預測分析了這3種基因型HCV的B細胞抗原表位、CD8+T細胞抗原表位和CD4+T細胞抗原表位,經過嚴格篩選評估,獲得了優(yōu)勢抗原表位的具體定位和氨基酸序列,為研制針對我國主要基因型HCV的多價表位疫苗以及通用HCV多價表位疫苗提供理論和實驗基礎。 第三部分根據(jù)研究的需要開發(fā)了HCV B細胞表位評估系統(tǒng),該系統(tǒng)可以根據(jù)預測獲得的表位區(qū)間提取表位氨基酸殘基和對應的表位蛋白質二級結構并計算出表位平均抗原指數(shù)得分(Average Antigenic Index Score AI);可以保存、查詢、分析預測的表位,用于多表位疫苗的設計。
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【學位授予單位】：重慶醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2009
【分類號】：R392

【參考文獻】

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本文編號：1355299