本文關(guān)鍵詞：尿毒癥患者外周血單個核細(xì)胞的磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)研究

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【摘要】：摘要尿毒癥(Uremia)是慢性腎功能衰竭進(jìn)入終末期階段時出現(xiàn)的一系列臨床表現(xiàn)所組成的綜合征,具有很高的致死率。然而,目前它的病理學(xué)機制仍不十分清楚。研究表明其發(fā)病受到多方面因素的影響,不僅受到蛋白質(zhì)相對豐度的調(diào)控,而且與時空特異分布的可逆翻譯后修飾有關(guān)。其中最重要且常見的一種翻譯后修飾方式為磷酸化修飾,它調(diào)節(jié)著細(xì)胞的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、基因表達(dá)、細(xì)胞周期與增殖等許多生物學(xué)功能。 采用Ti02磁珠富集技術(shù)結(jié)合LTQ-Orbitrap XL質(zhì)譜裝置,對11名行維持性血液透析的尿毒癥患者和11名健康志愿者的外周血單個核細(xì)胞(Peripheral blood mononuclear cells, PBMCs)進(jìn)行研究。 通過生物信息學(xué)分析,一共鑒定出458個特異非冗余的差異磷酸化修飾位點,以及相對應(yīng)的480個基因。通過對差異磷酸化位點對應(yīng)基因進(jìn)行基因本體分析發(fā)現(xiàn),在尿毒癥患者外周血單個核細(xì)胞中,細(xì)胞的組成、核酸的代謝和運輸以及多細(xì)胞有機體的發(fā)育是重要生物過程；細(xì)胞質(zhì)基質(zhì)、細(xì)胞骨架和質(zhì)膜等細(xì)胞組分中含有較多的差異磷酸化位點對應(yīng)基因；而酶催化作用的激活以及蛋白質(zhì)、核苷酸和核酸之間的粘連也與磷酸化修飾作用密切相關(guān)。與基因本體分析類似,將差異基因使用GenMAPP v2.1向KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes) pathway數(shù)據(jù)庫映射,并對代謝通路做統(tǒng)計檢驗。以P0.05為標(biāo)準(zhǔn),共篩選到32個代謝通路和135個包含差異磷酸化位點的基因。結(jié)果表明,肌動蛋白細(xì)胞骨架調(diào)控通路、MAPK信號通路、剪接體、粘著斑和緊密連接是尿毒癥患者外周血單個核細(xì)胞中重要的代謝通路,可能與差異基因的表達(dá)有關(guān)。 同時整合3種不同的相互作用關(guān)系：1)KEGG數(shù)據(jù)庫中基因之間的蛋白互做、基因調(diào)控、蛋白修飾等關(guān)系；2)已有的高通量實驗,如酵母雙雜交實驗等證實的蛋白-蛋白相互作用；3)已有文獻(xiàn)報道的中提到的基因之間的相互作用。然后通過綜合考慮以上三種數(shù)據(jù)結(jié)果,將其整合為基因間的相互關(guān)系網(wǎng)絡(luò),網(wǎng)絡(luò)中連接度高的基因,稱為中心(hub)基因。得到的基因網(wǎng)絡(luò)圖中,SRC, SRRM1和HDAC1具有高連接度,可以認(rèn)為是中心基因。這些基因與尿毒癥患者外周血單個核細(xì)胞的磷酸化修飾作用密切相關(guān),可能對尿毒癥病情的加劇具有一定的調(diào)控作用。
【關(guān)鍵詞】：尿毒癥 外周血單個核細(xì)胞 磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué) 基因本體 通路 中心基因
【學(xué)位授予單位】：廣西師范大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2013
【分類號】：R692.5;R3411
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-7
• 目錄7-9
• 1 前言9-12
• 1.1 研究背景及意義9-10
• 1.2 磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)10-11
• 1.2.1 磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)的概念10
• 1.2.2 磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)在疾病中的應(yīng)用10-11
• 1.3 蛋白質(zhì)磷酸化與疾病11
• 1.4 外周血單個核細(xì)胞與尿毒癥11
• 1.5 TiO2磷酸化肽段富集技術(shù)簡介11-12
• 1.6 LTQ-Orbitrap XL質(zhì)譜儀簡介12
• 2 材料和方法12-16
• 2.1 技術(shù)路線12-14
• 2.2 尿毒癥患者及對照組的選取14-15
• 2.3 外周血單個核細(xì)胞的分離和培養(yǎng)15
• 2.4 蛋白質(zhì)的酶解15
• 2.5 磷酸化肽段的富集15
• 2.6 毛細(xì)管高效液相色譜方法15-16
• 2.7 質(zhì)譜分析及數(shù)據(jù)采集16
• 3 結(jié)果16-36
• 3.1 磷酸化位點的篩選16-17
• 3.2 差異磷酸化位點及其對應(yīng)基因的篩選17
• 3.3 差異磷酸化位點的層次聚類分析17-19
• 3.4 差異磷酸化位點對應(yīng)基因的功能分析19-33
• 3.4.1 基因本體(Gene ontology,GO)分析19-28
• 3.4.2 通路(Pathway)分析28-33
• 3.5 基因網(wǎng)絡(luò)(Gene network)分析33-36
• 4 討論36-38
• 4.1 包含差異磷酸化位點的蛋白質(zhì)36-37
• 4.2 差異磷酸化位點對應(yīng)基因的GO分析37
• 4.3 差異磷酸化位點對應(yīng)基因的pathway分析37-38
• 4.4 差異基因的網(wǎng)絡(luò)分析38
• 5 結(jié)論與展望38-39
• 參考文獻(xiàn)39-43
• 攻讀碩士期間發(fā)表的論文43-44
• 致謝44-45

【共引文獻(xiàn)】

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本文編號：1061924