本文關(guān)鍵詞：一株HTLV-1病毒全基因組測序分析

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【摘要】：背景與目的 人嗜T淋巴細胞病毒(Human T-cell lymphotropic virus, HTLV)是第一個被發(fā)現(xiàn)的感染人的逆轉(zhuǎn)錄病毒。它存在有兩個亞型即HTLV-1和HTLV-2,它們之間在基因上的同源性高達70%。HTLV-2主要報道是愛斯基摩人感染；人T嗜淋巴細胞病毒Ⅰ型(HTLV-1)是一種能持續(xù)感染人類的外源性反轉(zhuǎn)錄病毒。在世界范圍內(nèi),受其感染的包括日本、赤道附近非洲地區(qū)、加勒比海地區(qū)及南美洲地區(qū)約有1-2千萬人；我國的東南沿海地區(qū),如廣州、福建等地也存在小流行區(qū)。這種病毒的傳播途徑包括母嬰垂直傳播、性傳播、共用針頭傳播和污染血產(chǎn)品傳播。當人一旦被HTLV-1感染后,病毒能夠在人體內(nèi)長期存在,潛伏期可長達20年以上,并可在多年后引起白血病或下肢癱瘓等致死或致殘性疾病。目前尚未研發(fā)出行之有效的治療藥物和病毒預防疫苗。 由于我國東南沿海地區(qū)存在一定數(shù)量的感染人群,又加之隨著經(jīng)濟的發(fā)展國內(nèi)人口流動行的加劇,以及HTLV-1傳播的特點和輸血篩查項目的缺失。因而HTLV-1有可能在國內(nèi)傳統(tǒng)非流行區(qū)造成更多的感染者出現(xiàn)。為了深入探索我國傳統(tǒng)非流行區(qū)感染HTLV-1病毒基因的分子特征,我們在河南湖北大規(guī)模HTLV-1調(diào)查的基礎上,對獲得的一株HTLV-1病毒的全基因進行了測序和分析。 方法 1.標本的ELISA檢測：取100份健康人血清標本和在湖北大規(guī)模HTLV-1調(diào)查得到的6份人類T淋巴細胞白血病病毒(HTLV)抗體檢測陽性的血清標本,使雙抗原夾心酶聯(lián)免疫法檢測復檢。 2.WB鑒定：雙抗原夾心酶聯(lián)免疫法檢測陽性的6份標本,再使用新加坡MPBiomedicals Asia Pacific Pte. Ltd公司生產(chǎn)的MP Diagnostics (MPD) HTLV BLOT2.4的WB鑒定試劑檢測。 3. HTLV-1前病毒DNA分段擴增克隆和測序：提取HTLV-1陽性淋巴細胞得到的含有HTLV-1前病毒DNA的基因組,使用9對HTLV-1分段擴增引物分別進行PCR擴增,得到9個相互重疊的HTLV-1片段；用T4連接酶使9個片段分別與T載體重組連接；采用PCR擴增和NcoI和SalI雙酶切鑒定重組子；采用Sanger雙脫氧終止法進行正反雙向測序鑒定；測得的DNA序列采用Sequencher軟件3.1版(Genecodes, inc., Ann Arbor, MI, USA)進行拼接,得到全長HTLV-1前病毒基因組DNA序列。 4.分離株HTLV-1基因和蛋白進化樹分析： 結(jié)果 1.雙抗原夾心酶聯(lián)免疫法檢測結(jié)果顯示,100份健康人血清標本均陰性；初檢陽性的血清標本6份有5份陽性,1份位于臨界值。 2.使用新加坡MP Biomedicals Asia Pacific Pte. Ltd公司生產(chǎn)的MP Diagnostics (MPD) HTLV BLOT2.4的WB鑒定試劑進行確認檢測,結(jié)果得到1例HTLV-1標本。 3. HTLV-1前病毒DNA分段擴增結(jié)果：HTLV-1分段擴增得到1150bp的第一片段、1149bp的第二片段、1135bp的第三片段、1087bp的第四片段、1045bp的第五片段、1050bp的第六片段、1136bp的第七片段、1148bp的第八片段和960bp第九片段,各片段大小與預計一致。 4.PCR擴增鑒定結(jié)果顯示9個片段均得到插入的陽性克隆。 5.9個重組克隆均能被NcoI和SalI雙酶切下對應的插入序列,切下的插入序列的片段長度也與設計一致。 6.全長HTLV-1前病毒基因組DNA序列(GenBank數(shù)據(jù)庫編號為KC807984)全長9034bp,其中“A”2088個占23.11%,“C”3159個占34.96%,“G”1707個占18.89%,“T”2080個占23.02%。其中,1-756位為5‘端LTR區(qū)；803-2092位為gag蛋白編碼區(qū)；2499-5188位為pol蛋白編碼區(qū)；5125-7128位為rex蛋白編碼區(qū)；5181-8360位為tax蛋白編碼區(qū)；5181-6647位為env蛋白編碼區(qū)；8279-9304位為3‘端LTR區(qū)。 7. HTLV-1分離株KC807984全基因組進化分析結(jié)果顯示,其仍屬A組,親緣關(guān)系最近的是中國重慶分離株AF259264,它們基因序列同源性高達99.72%；與日本的幾個分離株(U19949, J02029, AB513134)同源性次之；與所羅門群島分離株親緣關(guān)系最遠,于中非分離株次之。 結(jié)論 HTLV-1分離株KC807984全基因組9034bp,基因亞型屬A組,與中國分離株和日本分離株高度同源。
【關(guān)鍵詞】：人嗜T淋巴細胞病毒1型 基因組 DNA序列分析 進化樹
【學位授予單位】：鄭州大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2013
【分類號】：R373;R3416
【目錄】：

• 摘要4-7
• Abstract7-11
• 中英文專業(yè)詞匯對照11-12
• 1 前言12-13
• 2 實驗材料13-18
• 3 實驗方法18-27
• 4 結(jié)果27-46
• 5 討論46-49
• 小結(jié)49-50
• 參考文獻50-54
• 綜述54-79
• 參考文獻69-79
• 個人簡歷及碩士研究生期間發(fā)表的論文79-80
• 致謝80

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中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 劉銘;;病毒幫助人類進化[J];環(huán)境;2002年04期

2 柯為;一種新的巨型病毒[J];微生物學通報;2003年05期

3 趙衛(wèi);曹虹;龍北國;張文炳;;病毒進化與新病毒的出現(xiàn)[J];微生物學免疫學進展;2005年04期

4 崔奕杰;付艷梅;張秀豐;;病毒免疫逃逸防衛(wèi)機制[J];中國獸藥雜志;2012年03期

5 許新強;病毒的分子流行病學研究進展[J];中國公共衛(wèi)生;1986年05期

6 張峰;張瑜;王樹瑜;張勇;;小RNA病毒致病機理的研究[J];安徽農(nóng)業(yè)科學;2013年23期

7 楊振;祁自柏;李河民;;病毒基因檢測技術(shù)的發(fā)展趨勢[J];中國生物制品學雜志;2006年01期

8 劉紅星;;動物RNA病毒感染性cDNA的研究進展[J];鄭州牧業(yè)工程高等專科學校學報;2009年04期

9 黃長青;;“洗牌病毒”的爭議 敲響實驗室安全警鐘[J];四川畜牧獸醫(yī);2013年09期

10 李淑芳,張繼東;禽病病毒的分子生物學研究概述[J];河北畜牧獸醫(yī);1999年05期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 丁鏟;;病毒的進化與傳播[A];中國畜牧獸醫(yī)學會獸醫(yī)公共衛(wèi)生學分會第二次學術(shù)研討會論文集[C];2010年

2 紀昕;翁梁;曹淑桂;馮雁;;非病毒基因治療的研究進展[A];“加入WTO和科學技術(shù)與吉林經(jīng)濟發(fā)展——機遇·挑戰(zhàn)·責任”吉林省第二屆科學技術(shù)學術(shù)年會論文集（下）[C];2002年

3 陳柳;云濤;余斌;倪征;華炯鋼;李雙茂;;禽病毒免疫逃避的機制[A];中國畜牧獸醫(yī)學會禽病學分會第十五次學術(shù)研討會論文集[C];2010年

4 李洋;金寧一;韓松;魯會軍;;豬繁殖與呼吸綜合征病毒分子生物學研究進展[A];中國畜牧獸醫(yī)學會動物傳染病學分會第十二次學術(shù)研討會論文集[C];2007年

5 吳建國;;病毒與致病、致癌因子的相互作用及功能研究[A];湖北省生物工程學會2004年年會學術(shù)報告及論文摘要匯編[C];2004年

6 黃娟;姜平;張常印;唐泰山;李永東;張治濤;;豬繁殖與呼吸綜合征病毒實時PCR檢測方法的建立[A];第六屆全國會員代表大學暨第11次學術(shù)研討會論文集（上）[C];2005年

7 黃娟;姜平;張常印;唐泰山;李永東;張治濤;;豬繁殖與呼吸綜合征病毒實時PCR檢測方法的建立[A];中國畜牧獸醫(yī)學會家畜傳染病學分會第六屆全國會員代表大會暨第11次學術(shù)研討會論文集[C];2005年

8 張航;劉梁;孟祥高;劉長林;;多苯并咪唑金屬配合物—一類新型非病毒基因釋放的載體[A];第六屆全國化學生物學學術(shù)會議論文摘要集[C];2009年

9 李俊;王金寶;張禎濤;周順;;豬繁殖與呼吸綜合征病毒(PRRSV)分子生物學研究進展[A];山東畜牧獸醫(yī)學會養(yǎng)豬專業(yè)委員會第一屆學術(shù)研討會論文集[C];2007年

10 萬遂如;;當前我國豬群中新出現(xiàn)的病毒感染[A];中國畜牧獸醫(yī)學會動物傳染病學分會第十二次人獸共患病學術(shù)研討會暨第六屆第十四次教學專業(yè)委員會論文集[C];2012年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 本報記者 張夢然;病毒預警 未雨綢繆[N];科技日報;2010年

2 肖園;病毒與人體的較量 是殺死還是共存？[N];北京科技報;2012年

3 胡軒逸;病毒，與生命如影隨形[N];光明日報;2014年

4 張?zhí)锟?病毒可能幫助人類進化[N];健康報;2001年

5 曉 陽;高科技驗血病毒旋即現(xiàn)形[N];大眾科技報;2004年

6 林子;人類與病毒之戰(zhàn)永無寧日？[N];中國商報;2003年

7 奇云;如果沒有病毒 世界會怎樣[N];大眾科技報;2003年

8 本報記者 王丹 譚嘉;病毒跨種傳播研究需要“剝洋蔥”[N];健康報;2013年

9 李文;病毒致癌機制研究最新進展[N];中國醫(yī)藥報;2008年

10 記者 劉海英;病毒會利用微RNA對人體實施攻擊[N];科技日報;2010年

中國博士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 劉長龍;豬繁殖與呼吸綜合征病毒3’非編碼區(qū)對病毒復制調(diào)控作用解析[D];中國農(nóng)業(yè)科學院;2010年

2 高飛;豬繁殖與呼吸綜合征病毒5'非編碼區(qū)順式作用元件的解析[D];南京農(nóng)業(yè)大學;2012年

3 譚菲菲;豬繁殖與呼吸綜合征病毒核衣殼蛋白在病毒復制過程中的作用研究[D];中國農(nóng)業(yè)科學院;2010年

4 賀云霞;應用RNAi技術(shù)抑制豬繁殖與呼吸綜合征病毒復制的研究[D];中國農(nóng)業(yè)科學院;2006年

5 陸嘉琦;豬繁殖與呼吸綜合征病毒5'非翻譯區(qū)的結(jié)構(gòu)與功能解析[D];中國農(nóng)業(yè)科學院;2011年

6 張福明;網(wǎng)狀分枝擴增技術(shù)檢測EB病毒基因的方法建立及臨床應用研究[D];吉林大學;2004年

7 陳小云;豬繁殖與呼吸綜合征病毒BJ-4株感染性分子克隆的構(gòu)建[D];中國農(nóng)業(yè)大學;2004年

8 王蕾;單純皰疹病毒Ⅰ型VP26蛋白在病毒感染過程中的分子生物學功能分析[D];北京協(xié)和醫(yī)學院;2008年

9 黃娟;shRNA抑制豬繁殖與呼吸綜合征病毒在Marc145細胞中復制的研究[D];南京農(nóng)業(yè)大學;2006年

10 王曉雨;病毒殼工程的研究及其應用[D];浙江大學;2011年

中國碩士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 朱攀;昆明市小兒腹瀉相關(guān)病毒的分子流行病學研究及病毒基因組克隆[D];昆明理工大學;2013年

2 陳弘;上海、山西地區(qū)HIV-1分離株vif基因序列分析[D];復旦大學;2009年

3 顏丕熙;鴨坦布蘇病毒分離鑒定及其生物學特性的研究[D];中國農(nóng)業(yè)科學院;2012年

4 韓繼剛;小球藻病毒的分離提純及其幾丁質(zhì)酶基因的克隆[D];河北大學;2000年

5 姜曉林;“發(fā)熱伴血小板減少綜合征”病毒傳播媒介及宿主調(diào)查研究[D];山東大學;2012年

6 朱佳毅;豬繁殖與呼吸綜合征病毒四種檢測方法的比較[D];東北農(nóng)業(yè)大學;2012年

7 張s，

本文編號：961882