本文關(guān)鍵詞：志賀菌成簇的規(guī)律間隔的短回文重復(fù)序列系統(tǒng)結(jié)構(gòu)特征的生物信息學(xué)分析

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【摘要】：利用生物信息學(xué)方法探索志賀菌成簇的規(guī)律間隔的短回文重復(fù)序列(CRISPR)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)的特征。本文通過BLAST、序列比對、RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測等方法對志賀菌CRISPR進(jìn)行研究。結(jié)果顯示:志賀菌的4個群中均發(fā)現(xiàn)有CRISPR結(jié)構(gòu),其側(cè)翼上、下游序列可分為相同組群,在leader序列中存在具有回文性質(zhì)、相對保守的motif;側(cè)翼序列與重復(fù)序列具有相同的分組,重復(fù)序列有一定的保守性,可以形成以"莖"為主和以"環(huán)"為主兩類不同的RNA二級結(jié)構(gòu);間隔序列與質(zhì)�；蚴删w有一定的同源性。本研究表明重復(fù)序列與側(cè)翼序列間存在相關(guān)性,重復(fù)序列可能作為一種識別機(jī)制來介導(dǎo)外源元素與Cas蛋白間的相互作用。
【作者單位】： 鄭州大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院流行病學(xué)教研室;河南科技大學(xué)醫(yī)學(xué)院公共衛(wèi)生教研室;新鄉(xiāng)醫(yī)學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 志賀菌 成簇的規(guī)律間隔的短回文重復(fù)序列 側(cè)翼序列 重復(fù)序列 間隔序列
【基金】：國家科技重大專項基金資助項目(2013ZX10004607)
【分類號】：R378
【正文快照】： 3(新鄉(xiāng)醫(yī)學(xué)院,新鄉(xiāng)453003)引言志賀菌屬細(xì)菌,通稱為痢疾桿菌,是人類細(xì)菌性痢疾(簡稱菌痢)的病原菌。菌痢是一個全球性的公共衛(wèi)生問題,尤其是在發(fā)展中國家更為嚴(yán)重[1]。在我國菌痢屬于常見病且多發(fā),菌痢發(fā)病率居我國傳染病發(fā)病率前三位,引起的感染性腹瀉帶來巨大的經(jīng)濟(jì)和社會負(fù)

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本文編號：908506