本文關(guān)鍵詞：全基因測(cè)序分析糞腸球菌利奈唑胺耐藥相關(guān)變異位點(diǎn)的研究

  更多相關(guān)文章： 糞腸球菌 利奈唑胺 高通量測(cè)序 全基因組序列

【摘要】：目的通過(guò)全基因組序列研究利奈唑胺敏感株和誘導(dǎo)耐藥糞腸球菌之間基因位點(diǎn)差異,分析利奈唑胺耐藥相關(guān)基因變異位點(diǎn)。方法糞腸球菌ATCC29212菌株用濃度梯度的利奈唑胺進(jìn)行耐藥性誘導(dǎo),最終獲得利奈唑胺耐藥的糞腸球菌株LRS29212。提取其總DNA,進(jìn)行PE(paired end或稱(chēng)雙端)測(cè)序,采用軟件SPAdes進(jìn)行序列拼接,拼接獲得原始scaffold,然后用Gapcloser及GapFiller對(duì)scaffold補(bǔ)Gap,采用PrInSeS-G進(jìn)行序列校正,最終獲得全基因組序列。獲得的全基因序列與標(biāo)準(zhǔn)株ATCC29212菌株基因組序列(PUBMED公布序列)作比較,獲得變異基因位點(diǎn),并對(duì)變異基因功能進(jìn)行注釋。結(jié)果通過(guò)32代誘導(dǎo),獲得了糞腸球菌LRS29212,其MIC值為128μg/ml;糞腸球菌LRS29212全基因組包含3 010 552堿基對(duì),GC含量37.3%�；蚪M通過(guò)注釋后總共有2 918個(gè)編碼序列(CDS),53個(gè)tRNA的編碼基因,以及5個(gè)完整的rRNA基因編碼的操縱子,獲得PUBMED全基因序列號(hào)(PRJNA257022);總共找出152個(gè)SNP,其中錯(cuò)義突變的SNP有24個(gè),包含結(jié)合糖ABC轉(zhuǎn)運(yùn)ATP結(jié)合蛋白。結(jié)論經(jīng)LZD誘導(dǎo)成功獲得耐LZD糞腸球菌LRS29212菌株,測(cè)序分析該菌株存在基因突變位點(diǎn),為進(jìn)一步研究LZD耐藥機(jī)制奠定了基礎(chǔ)。
【作者單位】： 廣東醫(yī)學(xué)院附屬深圳市南山區(qū)人民醫(yī)院感染科深圳市內(nèi)源性感染診治重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【關(guān)鍵詞】： 糞腸球菌 利奈唑胺 高通量測(cè)序 全基因組序列
【基金】：深圳市科創(chuàng)委項(xiàng)目(No.JCYJ20130402151227180) 深圳市衛(wèi)人委項(xiàng)目(No.201303179;201401083;201401084;201402129;20142130;201402133) 深圳市醫(yī)學(xué)重點(diǎn)學(xué)科經(jīng)費(fèi)資助項(xiàng)目
【分類(lèi)號(hào)】：R378.1
【正文快照】： 糞腸球菌(Enterococcus fecalis)感染是引起住院患者死亡的重要原因之一,而關(guān)于糞腸球菌耐藥問(wèn)題也是臨床抗感染治療的難題之一[1]。利奈唑胺(lin-ezolid,LZD)是第一個(gè)應(yīng)用于臨床的新型VA唑烷酮類(lèi)抗生素,目前該藥已廣泛用于革蘭陽(yáng)性細(xì)菌感染的治療,特別是用于治療多重耐藥革蘭

【共引文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 鄭金鑫;董琨;陳重;潘偉光;李多云;劉曉軍;鄧啟文;余治健;;一株利奈唑胺耐藥糞腸球菌的全基因組測(cè)序和序列比較[J];中國(guó)熱帶醫(yī)學(xué);2014年10期

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 羽曉瑜;陸玉霞;;糞腸球菌聚集物質(zhì)的研究進(jìn)展[J];中國(guó)微生態(tài)學(xué)雜志;2010年07期

2 寧楊;凌均h，

本文編號(hào)：900883