本文關(guān)鍵詞：我國志賀菌的流行分布與基因組進化

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【摘要】：志賀菌引起的細菌性痢疾是我國分布最廣、發(fā)病率最高的一種腸道傳染病,而且至今無有效疫苗,給公共衛(wèi)生安全帶來很大壓力。志賀菌屬分為痢疾、福氏、鮑氏和宋內(nèi)氏志賀菌四個血清群,其流行病學(xué)差異明顯,發(fā)達國家以宋內(nèi)氏志賀菌流行為主,而發(fā)展中國家則以福氏志賀菌為主。前期研究顯示,上世紀(jì)90年代我國細菌性痢疾86%是由福氏志賀菌引起,其中主要是福氏2a型。近年來我國經(jīng)濟水平顯著提高,衛(wèi)生條件明顯改善,但我國當(dāng)前志賀菌流行血清群和血清型分布情況一直缺乏完整準(zhǔn)確的數(shù)據(jù)結(jié)果。 本論文利用META分析技術(shù)對2000年后國內(nèi)外發(fā)表的131篇志賀菌相關(guān)文獻進行了系統(tǒng)綜述與綜合分析,結(jié)果表明,近十年來我國大陸地區(qū)的細菌性痢疾主要由福氏志賀菌(76.2%,95%CI,73.7%—78.5%)和宋內(nèi)氏志賀菌(21.3%,95%CI,19.0%—23.7%)引起,但呈現(xiàn)出顯著地區(qū)異質(zhì)性。人均GDP排名前十的省份和其他省份相比,福氏志賀菌比例顯著降低,而宋內(nèi)氏志賀菌比例明顯升高,從而提示了志賀氏菌血清型分布可能與區(qū)域經(jīng)濟狀況存在著關(guān)聯(lián)性。本研究系統(tǒng)分析了我國近十年志賀菌流行的血清型別分布和變化趨勢,為我國痢疾防控策略的制定提供了參考,并為解釋志賀菌不同血清群的區(qū)域流行差異提供了新的思路。 由于福氏志賀菌一直是引起我國細菌性痢疾的主要病原菌,我們進一步收集了我國近十五年七個省份流行的福氏志賀菌樣本,利用新一代高通量測序技術(shù)進行全基因組重測序,從基因組水平研究我國流行的福氏志賀菌的分子進化。分析結(jié)果顯示,目前我國福氏志賀菌的染色體上每年每位點的進化速率約為9.2×10-7(95%HPD,8.9×10—9.5×10-7)。我國多個省份近年來流行的福氏2a志賀菌是在建國后由單個克隆分化形成的。但是,近十五年流行的絕大數(shù)福氏2a志賀菌是在上世紀(jì)九十年代左右才由單個克隆分化產(chǎn)生,并且與上世紀(jì)八十年代我國分離的福氏2a志賀菌代表株301株分屬于不同的克隆群。因此,進一步對我國當(dāng)前流行的福氏2a志賀菌克隆群代表菌株開展深入的基因組學(xué)研究將有助于揭示我國的志賀菌基因組變異規(guī)律。
【關(guān)鍵詞】：志賀菌 Meta分析 福氏志賀菌 分子進化 進化基因組學(xué)
【學(xué)位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2013
【分類號】：R378.25
【目錄】：

• 中文摘要4-5
• ABSTRACT5-6
• 1. 系統(tǒng)回顧及Meta分析：中國大陸地區(qū)近十年流行的志賀菌血清群和血清型分布狀況6-38
• 1.1 前言6-10
• 1.2 材料與方法10-14
• 1.2.1 文獻檢索10
• 1.2.2 文獻的納入、排除標(biāo)準(zhǔn)10
• 1.2.3 數(shù)據(jù)提取10-11
• 1.2.4 國家和地區(qū)的經(jīng)濟數(shù)據(jù)11-12
• 1.2.5 統(tǒng)計分析12-14
• 1.3 結(jié)果14-34
• 1.3.1 檢索結(jié)果14-17
• 1.3.2 數(shù)據(jù)統(tǒng)計17-34
• 1.4 討論34-38
• 2. 福氏志賀菌基因組進化研究38-64
• 2.1 前言38-40
• 2.2 材料與方法40-48
• 2.2.1 樣品收集及高通量測序40
• 2.2.2 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制40-41
• 2.2.3 以福氏2a型301株志賀菌為參考株做比對,找出全基因組SNPs41-43
• 2.2.4 確定外圍群基因組并作比對43-45
• 2.2.5 用貝葉斯法分析進化關(guān)系及分歧時間45-48
• 2.3 結(jié)果與討論48-64
• 2.3.1 樣本收集48-49
• 2.3.2 高通量測序及質(zhì)量控制49-51
• 2.3.3 基因組比對及SNP分析51-53
• 2.3.4 大腸桿菌及志賀菌進化分析53-56
• 2.3.5 貝葉斯進化分析56-64
• 參考文獻64-68
• 發(fā)表文章68-70
• 致謝70-72

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 隋吉林;張靜;孫軍玲;常昭瑞;張偉東;王子軍;;2009年中國細菌性痢疾監(jiān)測分析[J];疾病監(jiān)測;2010年12期

2 芮賢良,徐永強,王紅,蘇國富,黃翠芬;穩(wěn)定、無抗藥的痢疾福氏2a和宋內(nèi)雙價菌苗候選株的構(gòu)建[J];生物工程學(xué)報;1996年02期

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本文編號：899292