本文關(guān)鍵詞：人內(nèi)源性抗HIV-1因子網(wǎng)絡(luò)與BST-2研究

  更多相關(guān)文章： 骨髓基質(zhì)干細(xì)胞抗原2 人類免疫缺陷病毒1型 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用 Cytoscape軟件

【摘要】：近年來(lái)，人體內(nèi)的抗病毒因子與HIV-1相應(yīng)的拮抗因子不斷出現(xiàn)，這些蛋白質(zhì)不僅彼此之間有著相互作用。而且每一種蛋白都和其他許多蛋白質(zhì)有著蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用，這些相互作用交織成網(wǎng)，十分復(fù)雜。一些蛋白質(zhì)功能相近，結(jié)構(gòu)互補(bǔ)，可以形成復(fù)合物，來(lái)共同執(zhí)行某項(xiàng)生物功能。通過(guò)生物信息學(xué)的方法來(lái)模擬分析這些網(wǎng)絡(luò)，可以發(fā)現(xiàn)與HIV-1相關(guān)的未知蛋白質(zhì)，為實(shí)驗(yàn)提供新的思路。本課題利用Cytoscape軟件，以APOBEC3G、Trim5α、BST-2、CBF-β、Vif、Gag和Vpu七種蛋白為主體，構(gòu)建了人內(nèi)源性抗HIV-1因子與HIV-1組分相互作用網(wǎng)絡(luò)模式圖，并利用Network Analysis工具對(duì)該網(wǎng)絡(luò)加以分析，通過(guò)ClusterViz插件預(yù)測(cè)出其中潛在的4種復(fù)合體，其中發(fā)現(xiàn)Vpu和BST-2可能確實(shí)存在著相互作用。在這一結(jié)果的基礎(chǔ)上，，本課題以目前研究相對(duì)較少的BST-2作為研究重點(diǎn)。BST-2是最近發(fā)現(xiàn)的人內(nèi)源性抗HIV-1蛋白，它可以將HIV-1病毒粒子束縛在細(xì)胞表面，從而抑制其釋放。而HIV-1的Vpu蛋白可以拮抗這一效果。Vpu拮抗BST-2的作用具有種屬特異性，它可以下調(diào)人BST-2在細(xì)胞膜的水平，但對(duì)非洲綠猴和恒河猴BST-2則無(wú)效。本課題從HeLa細(xì)胞中獲取了BST-2的cDNA，構(gòu)建了野生型BST-2的真核表達(dá)載體pEGFP-BST-2與pFC15A-BST-2。BST-2融合蛋白在293FT細(xì)胞的胞漿及胞膜表達(dá)，并在胞漿呈現(xiàn)非均勻的分布。此外，本課題還針對(duì)人BST-2和兩種猴BST-2的跨膜區(qū)存在的六個(gè)位點(diǎn)氨基酸差異，構(gòu)建了六種以pcDNA3.1(+)為載體的突變型BST-2真核表達(dá)載體。
【關(guān)鍵詞】：骨髓基質(zhì)干細(xì)胞抗原2 人類免疫缺陷病毒1型 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用 Cytoscape軟件
【學(xué)位授予單位】：北京工業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2013
【分類號(hào)】：R373
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-6
• 目錄6-9
• 第1章 緒論9-21
• 1.1 HIV-1 概述9
• 1.2 抗 HIV-1 治療的進(jìn)展9-11
• 1.3 BST-2 的結(jié)構(gòu)與功能11-13
• 1.4 Vpu 的結(jié)構(gòu)與功能13-17
• 1.5 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)以及 Cytoscape 軟件介紹17-18
• 1.6 課題研究?jī)?nèi)容18-21
• 第2章 人內(nèi)源性抗 HIV-1 因子與 HIV-1 組分相互作用網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建以及潛在復(fù)合體的推測(cè)21-35
• 2.1 研究材料21
• 2.1.1 研究所用軟件與插件21
• 2.1.2 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)外部資源21
• 2.2 研究方法21-22
• 2.2.1 可視化網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建21-22
• 2.2.2 PPIs 網(wǎng)絡(luò)的分析與潛在復(fù)合體的推測(cè)22
• 2.3 研究結(jié)果22-34
• 2.3.1 蛋白質(zhì)相互作用可視化網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建22-26
• 2.3.2 網(wǎng)絡(luò)參數(shù)分析26-30
• 2.3.3 潛在蛋白質(zhì)復(fù)合體的預(yù)測(cè)30-34
• 2.4 本章討論與小結(jié)34-35
• 第3章 野生型人 BST-2 在 293 FT 細(xì)胞中的表達(dá)35-49
• 3.1 實(shí)驗(yàn)材料35-37
• 3.1.1 菌種與質(zhì)粒35
• 3.1.2 細(xì)胞株35
• 3.1.3 細(xì)胞培養(yǎng)相關(guān)材料35
• 3.1.4 工具酶與試劑35-36
• 3.1.5 序列的設(shè)計(jì)合成與測(cè)序36
• 3.1.6 主要儀器36
• 3.1.7 溶液配制36-37
• 3.2 試驗(yàn)方法37-43
• 3.2.1 RT-PCR 擴(kuò)增野生型人 BST-2 基因片段37-39
• 3.2.2 RT-PCR 產(chǎn)物回收39
• 3.2.3 將 RT-PCR 產(chǎn)物連接到 pGEM-T 載體39-40
• 3.2.4 質(zhì)粒轉(zhuǎn)化與菌落挑取40
• 3.2.5 質(zhì)粒少量提取40
• 3.2.6 質(zhì)粒酶切鑒定40
• 3.2.7 將鑒定正確的載體雙酶切并連接到 pEGFP-C3 或 pFC15A 載體40-42
• 3.2.8 質(zhì)粒轉(zhuǎn)化、少量提取和酶切鑒定42
• 3.2.9 質(zhì)粒的大量提取42
• 3.2.10 細(xì)胞培養(yǎng)42
• 3.2.11 細(xì)胞轉(zhuǎn)染42-43
• 3.2.12 野生型人 BST-2 蛋白的亞細(xì)胞定位43
• 3.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果43-46
• 3.3.1 pEGFP-BST-2 與 pFC15A-BST-2 真核表達(dá)載體的構(gòu)建43-44
• 3.3.2 EGFP-BST-2 與 BST-2-HaloTag 在 293 FT 細(xì)胞中的表達(dá)44-46
• 3.4 本章討論與小結(jié)46-49
• 第4章 人 BST-2 突變體真核表達(dá)載體的構(gòu)建49-57
• 4.1 實(shí)驗(yàn)材料49
• 4.2 實(shí)驗(yàn)方法49-53
• 4.2.1 重疊 PCR 反應(yīng)49-51
• 4.2.2 PCR 產(chǎn)物回收51
• 4.2.3 PCR 產(chǎn)物連接到 pGEM-T 載體51
• 4.2.4 質(zhì)粒轉(zhuǎn)化、菌落挑取51
• 4.2.5 質(zhì)粒少量提取51
• 4.2.6 質(zhì)粒酶切鑒定51-52
• 4.2.7 將鑒定正確的載體雙酶切并連接到 pcDNA3.1(+)載體52
• 4.2.8 質(zhì)粒轉(zhuǎn)化、少量提取和酶切鑒定52-53
• 4.2.9 質(zhì)粒的大量提取53
• 4.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果53-54
• 4.4 本章討論與小結(jié)54-57
• 結(jié)論57-59
• 參考文獻(xiàn)59-63
• 攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的論文63-65
• 致謝65

【共引文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 岳春燕;毛欣茹;鄭磊;高雅;朱陽(yáng)敏;吳彬;洪佳瓊;平寶紅;;模擬微重力對(duì)巨核細(xì)胞增殖和分化的影響[J];實(shí)用醫(yī)學(xué)雜志;2014年12期

中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前3條

1 龐曉靜;BRET方法研究BST-2和HIV-1 Vpu相互作用及小分子化合物抑制劑的篩選[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2013年

2 顧龔平;BST-2結(jié)合MT1-MMP抑制MMP2活性，阻止細(xì)胞生長(zhǎng)與遷移的機(jī)理研究[D];南京師范大學(xué);2013年

3 王靜;永生化豬小腸上皮細(xì)胞系的建立及豬輪狀病毒對(duì)其影響的研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2014年

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前4條

1 李沂;IFITM1\2\3的克隆表達(dá)及其抗病毒作用研究[D];吉林農(nóng)業(yè)大學(xué);2013年

2 朱迎紫;鈣離子及水解酶在HIV-1 Vpu對(duì)宿主限制因子Tetherin拮抗過(guò)程中的作用研究[D];吉林大學(xué);2014年

3 安孝德;基于1，6-二氮雜萘并咪唑酮結(jié)構(gòu)的c-Met抑制劑和新型CXCR4抑劑的設(shè)計(jì)合成及生物活性研究[D];蘇州大學(xué);2014年

4 岳春燕;模擬微重力對(duì)巨核細(xì)胞增殖和分化的影響研究[D];南方醫(yī)科大學(xué);2014年

本文編號(hào)：706255