發(fā)布時間：2017-08-20 11:09

  本文關鍵詞：人內源性抗HIV-1因子網(wǎng)絡與BST-2研究

  更多相關文章： 骨髓基質干細胞抗原2 人類免疫缺陷病毒1型 蛋白質-蛋白質相互作用 Cytoscape軟件

【摘要】：近年來，人體內的抗病毒因子與HIV-1相應的拮抗因子不斷出現(xiàn)，這些蛋白質不僅彼此之間有著相互作用。而且每一種蛋白都和其他許多蛋白質有著蛋白質-蛋白質相互作用，這些相互作用交織成網(wǎng)，十分復雜。一些蛋白質功能相近，結構互補，可以形成復合物，來共同執(zhí)行某項生物功能。通過生物信息學的方法來模擬分析這些網(wǎng)絡，可以發(fā)現(xiàn)與HIV-1相關的未知蛋白質，為實驗提供新的思路。本課題利用Cytoscape軟件，以APOBEC3G、Trim5α、BST-2、CBF-β、Vif、Gag和Vpu七種蛋白為主體，構建了人內源性抗HIV-1因子與HIV-1組分相互作用網(wǎng)絡模式圖，并利用Network Analysis工具對該網(wǎng)絡加以分析，通過ClusterViz插件預測出其中潛在的4種復合體，其中發(fā)現(xiàn)Vpu和BST-2可能確實存在著相互作用。在這一結果的基礎上，，本課題以目前研究相對較少的BST-2作為研究重點。BST-2是最近發(fā)現(xiàn)的人內源性抗HIV-1蛋白，它可以將HIV-1病毒粒子束縛在細胞表面，從而抑制其釋放。而HIV-1的Vpu蛋白可以拮抗這一效果。Vpu拮抗BST-2的作用具有種屬特異性，它可以下調人BST-2在細胞膜的水平，但對非洲綠猴和恒河猴BST-2則無效。本課題從HeLa細胞中獲取了BST-2的cDNA，構建了野生型BST-2的真核表達載體pEGFP-BST-2與pFC15A-BST-2。BST-2融合蛋白在293FT細胞的胞漿及胞膜表達，并在胞漿呈現(xiàn)非均勻的分布。此外，本課題還針對人BST-2和兩種猴BST-2的跨膜區(qū)存在的六個位點氨基酸差異，構建了六種以pcDNA3.1(+)為載體的突變型BST-2真核表達載體。
【關鍵詞】：骨髓基質干細胞抗原2 人類免疫缺陷病毒1型 蛋白質-蛋白質相互作用 Cytoscape軟件
【學位授予單位】：北京工業(yè)大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2013
【分類號】：R373
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-6
• 目錄6-9
• 第1章 緒論9-21
• 1.1 HIV-1 概述9
• 1.2 抗 HIV-1 治療的進展9-11
• 1.3 BST-2 的結構與功能11-13
• 1.4 Vpu 的結構與功能13-17
• 1.5 蛋白質相互作用網(wǎng)絡以及 Cytoscape 軟件介紹17-18
• 1.6 課題研究內容18-21
• 第2章 人內源性抗 HIV-1 因子與 HIV-1 組分相互作用網(wǎng)絡的構建以及潛在復合體的推測21-35
• 2.1 研究材料21
• 2.1.1 研究所用軟件與插件21
• 2.1.2 蛋白質-蛋白質相互作用網(wǎng)絡外部資源21
• 2.2 研究方法21-22
• 2.2.1 可視化網(wǎng)絡的構建21-22
• 2.2.2 PPIs 網(wǎng)絡的分析與潛在復合體的推測22
• 2.3 研究結果22-34
• 2.3.1 蛋白質相互作用可視化網(wǎng)絡的構建22-26
• 2.3.2 網(wǎng)絡參數(shù)分析26-30
• 2.3.3 潛在蛋白質復合體的預測30-34
• 2.4 本章討論與小結34-35
• 第3章 野生型人 BST-2 在 293 FT 細胞中的表達35-49
• 3.1 實驗材料35-37
• 3.1.1 菌種與質粒35
• 3.1.2 細胞株35
• 3.1.3 細胞培養(yǎng)相關材料35
• 3.1.4 工具酶與試劑35-36
• 3.1.5 序列的設計合成與測序36
• 3.1.6 主要儀器36
• 3.1.7 溶液配制36-37
• 3.2 試驗方法37-43
• 3.2.1 RT-PCR 擴增野生型人 BST-2 基因片段37-39
• 3.2.2 RT-PCR 產物回收39
• 3.2.3 將 RT-PCR 產物連接到 pGEM-T 載體39-40
• 3.2.4 質粒轉化與菌落挑取40
• 3.2.5 質粒少量提取40
• 3.2.6 質粒酶切鑒定40
• 3.2.7 將鑒定正確的載體雙酶切并連接到 pEGFP-C3 或 pFC15A 載體40-42
• 3.2.8 質粒轉化、少量提取和酶切鑒定42
• 3.2.9 質粒的大量提取42
• 3.2.10 細胞培養(yǎng)42
• 3.2.11 細胞轉染42-43
• 3.2.12 野生型人 BST-2 蛋白的亞細胞定位43
• 3.3 實驗結果43-46
• 3.3.1 pEGFP-BST-2 與 pFC15A-BST-2 真核表達載體的構建43-44
• 3.3.2 EGFP-BST-2 與 BST-2-HaloTag 在 293 FT 細胞中的表達44-46
• 3.4 本章討論與小結46-49
• 第4章 人 BST-2 突變體真核表達載體的構建49-57
• 4.1 實驗材料49
• 4.2 實驗方法49-53
• 4.2.1 重疊 PCR 反應49-51
• 4.2.2 PCR 產物回收51
• 4.2.3 PCR 產物連接到 pGEM-T 載體51
• 4.2.4 質粒轉化、菌落挑取51
• 4.2.5 質粒少量提取51
• 4.2.6 質粒酶切鑒定51-52
• 4.2.7 將鑒定正確的載體雙酶切并連接到 pcDNA3.1(+)載體52
• 4.2.8 質粒轉化、少量提取和酶切鑒定52-53
• 4.2.9 質粒的大量提取53
• 4.3 實驗結果53-54
• 4.4 本章討論與小結54-57
• 結論57-59
• 參考文獻59-63
• 攻讀碩士學位期間發(fā)表的論文63-65
• 致謝65

【共引文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 岳春燕;毛欣茹;鄭磊;高雅;朱陽敏;吳彬;洪佳瓊;平寶紅;;模擬微重力對巨核細胞增殖和分化的影響[J];實用醫(yī)學雜志;2014年12期

中國博士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前3條

1 龐曉靜;BRET方法研究BST-2和HIV-1 Vpu相互作用及小分子化合物抑制劑的篩選[D];北京協(xié)和醫(yī)學院;2013年

2 顧龔平;BST-2結合MT1-MMP抑制MMP2活性，阻止細胞生長與遷移的機理研究[D];南京師范大學;2013年

3 王靜;永生化豬小腸上皮細胞系的建立及豬輪狀病毒對其影響的研究[D];西北農林科技大學;2014年

中國碩士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前4條

1 李沂;IFITM1\2\3的克隆表達及其抗病毒作用研究[D];吉林農業(yè)大學;2013年

2 朱迎紫;鈣離子及水解酶在HIV-1 Vpu對宿主限制因子Tetherin拮抗過程中的作用研究[D];吉林大學;2014年

3 安孝德;基于1，6-二氮雜萘并咪唑酮結構的c-Met抑制劑和新型CXCR4抑劑的設計合成及生物活性研究[D];蘇州大學;2014年

4 岳春燕;模擬微重力對巨核細胞增殖和分化的影響研究[D];南方醫(yī)科大學;2014年

本文編號：706255