以多肽組分特異性和GC含量分類細(xì)菌的有效性分析
本文關(guān)鍵詞:以多肽組分特異性和GC含量分類細(xì)菌的有效性分析
更多相關(guān)文章: 種系基因組學(xué) 非序列比對(duì) 多肽組分矢量 GC含量
【摘要】:本文研究了細(xì)菌的蛋白質(zhì)多肽組分統(tǒng)計(jì)特征與基因組GC(Guanine+Cytosine)含量的相關(guān)性,發(fā)現(xiàn)當(dāng)多肽長(zhǎng)度較小時(shí)多肽組分特異性與GC含量存在著很強(qiáng)的關(guān)聯(lián);隨著多肽長(zhǎng)度增加,上述關(guān)聯(lián)發(fā)生突變,關(guān)聯(lián)迅速喪失.這一結(jié)果表明,基于組分特異性確定細(xì)菌親緣關(guān)系的方法的確給出了不同于GC含量的信息,從而能實(shí)現(xiàn)有效分類.
【作者單位】: 陜西師范大學(xué)物理學(xué)與信息技術(shù)學(xué)院;廈門大學(xué)物理系;
【關(guān)鍵詞】: 種系基因組學(xué) 非序列比對(duì) 多肽組分矢量 GC含量
【基金】:國(guó)家自然科學(xué)基金(批準(zhǔn)號(hào):11147020) 中央高;究蒲袠I(yè)務(wù)費(fèi)專項(xiàng)資金(編號(hào):GK201102028)資助項(xiàng)目
【分類號(hào)】:R394
【正文快照】: 引用格式:李靜珂,金濤,趙鴻.以多肽組分特異性和GC含量分類細(xì)菌的有效性分析.中國(guó)科學(xué):物理學(xué)力學(xué)天文學(xué),2015,45:050501Li J K,Jin T,Zhao H.Validity of peptide composition and GC-content for classifying bacteria(in Chinese).Sci Sin-Phys Mech Astron,2015,45:*聯(lián)系
【參考文獻(xiàn)】
中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前4條
1 高雷;戚繼;孫健冬;郝柏林;;原核生物系統(tǒng)發(fā)生學(xué)與分類學(xué)的一致性:組份矢量樹(shù)與原核生物分類系統(tǒng)的詳盡比較[J];中國(guó)科學(xué)(C輯:生命科學(xué));2007年04期
2 唐潔;;BL Lac天體OJ 287射電流量的交叉小波分析[J];中國(guó)科學(xué):物理學(xué) 力學(xué) 天文學(xué);2014年08期
3 李強(qiáng);左光宏;郝柏林;;從完全基因組出發(fā)建立原核生物親緣關(guān)系和分類系統(tǒng)時(shí)遇到的數(shù)學(xué)問(wèn)題[J];中國(guó)科學(xué):物理學(xué) 力學(xué) 天文學(xué);2014年12期
4 解濤,丁達(dá)夫;生命的第三界──三界學(xué)說(shuō)的新發(fā)展[J];生命科學(xué);1997年05期
【共引文獻(xiàn)】
中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條
1 馮軍,李江海,陳征,牛向龍;“海底黑煙囪”與生命起源述評(píng)[J];北京大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2004年02期
2 馮軍,李江海,牛向龍;現(xiàn)代海底熱液微生物群落及其地質(zhì)意義[J];地球科學(xué)進(jìn)展;2005年07期
3 郭文碩;生物的界級(jí)劃分進(jìn)展[J];福建林學(xué)院學(xué)報(bào);1998年03期
4 Hoong-Chien Lee;SeeDNA: A Visualization Tool for K-string Content of Long DNA Sequences and Their Randomized Counterparts[J];Genomics Proteomics & Bioinformatics;2004年03期
5 ;Jackknife and Bootstrap Tests of the Composition Vector Trees[J];Genomics, Proteomics & Bioinformatics;2010年04期
6 沈雪松,劉義,屈松生;生命的三界學(xué)說(shuō)與生命第三形式[J];廣西科學(xué);2001年01期
7 楊紀(jì)青;袁磊;楊鳳;;馬鈴薯X病毒完整基因組上微衛(wèi)星分布[J];基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué);2010年06期
8 毛源澤;韋芳萍;王俊美;劉強(qiáng);;利用cvTree方法構(gòu)建及分析tRNA序列的親緣關(guān)系進(jìn)化網(wǎng)絡(luò)[J];基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué);2011年04期
9 謝惠民;生物序列分析中的若干數(shù)學(xué)方法[J];高校應(yīng)用數(shù)學(xué)學(xué)報(bào)A輯(中文版);2005年04期
10 Guanghong Zuo;Zhao Xu;Bailin Hao;;Shigella Strains Are Not Clones of Escherichia coli but Sister Species in the Genus Escherichia[J];Genomics, Proteomics & Bioinformatics;2013年01期
中國(guó)重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條
1 郝柏林;;Whole-Genome Based Bacterial Phylogeny and Taxonomy Using Composition Vector (CVTree) Method[A];第四屆全國(guó)生物信息學(xué)與系統(tǒng)生物學(xué)學(xué)術(shù)大會(huì)論文集[C];2010年
中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條
1 張勝利;蛋白質(zhì)與RNA中的若干問(wèn)題研究[D];大連理工大學(xué);2011年
2 李建昌;水解酶預(yù)處理對(duì)城市有機(jī)生活垃圾厭氧消化的影響[D];昆明理工大學(xué);2011年
3 常桂松;生物序列分析中若干概率模型研究及應(yīng)用[D];大連理工大學(xué);2011年
4 李春;生物大分子的數(shù)學(xué)描述及其應(yīng)用[D];大連理工大學(xué);2006年
5 姚玉華;生物序列相似性分析的圖形表示及其不變量方法[D];大連理工大學(xué);2006年
6 徐曉鋒;基于核酶RNase P RNA的系統(tǒng)分析[D];蘭州大學(xué);2006年
7 張文娟;基于密碼子水平的生物信息學(xué)分析及進(jìn)化研究[D];復(fù)旦大學(xué);2006年
8 郭鋒彪;原核生物蛋白質(zhì)編碼區(qū)識(shí)別及基因組序列分析[D];天津大學(xué);2005年
9 鄧曄;微陣列技術(shù)中生物信息的利用和挖掘[D];浙江大學(xué);2007年
10 周立前;基因識(shí)別算法研究與基因組進(jìn)化分析[D];湘潭大學(xué);2008年
中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條
1 戰(zhàn)曉文;基于完全基因組且無(wú)序列比對(duì)的用于親緣分析的嚴(yán)格距離度量[D];湘潭大學(xué);2010年
2 楊林源;基于編碼序列、基因間序列和氨基酸序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系比較[D];內(nèi)蒙古大學(xué);2011年
3 于麗波;三株深海來(lái)源微生物的菌種鑒定及其生物活性的初步評(píng)價(jià)[D];國(guó)家海洋局第三海洋研究所;2011年
4 白巨敏;基于距離方法的病毒系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系研究[D];湘潭大學(xué);2011年
5 陳小蘇;基于完全基因組的親緣分析方法中各種距離和非相似度的比較[D];湘潭大學(xué);2011年
6 李曉芳;基于Markov模型的昆蟲(chóng)桿狀病毒基因組的進(jìn)化研究[D];浙江理工大學(xué);2011年
7 衛(wèi)海濱;組份距離方法構(gòu)建基于兩組蛋白質(zhì)的原核生物親緣樹(shù)[D];浙江大學(xué);2004年
8 張文;信息離散性度量方法及其在生物進(jìn)化中的應(yīng)用[D];大連理工大學(xué);2005年
9 鄭文新;冠狀病毒進(jìn)化關(guān)系分析[D];天津大學(xué);2005年
10 廖芳芳;隨機(jī)廣義Cookie-Cutter集與利用Kullback-Leibler散度距離構(gòu)造脊椎動(dòng)物系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)[D];湘潭大學(xué);2006年
【二級(jí)參考文獻(xiàn)】
中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條
1 ;Jackknife and Bootstrap Tests of the Composition Vector Trees[J];Genomics, Proteomics & Bioinformatics;2010年04期
2 Guanghong Zuo;Zhao Xu;Bailin Hao;;Shigella Strains Are Not Clones of Escherichia coli but Sister Species in the Genus Escherichia[J];Genomics, Proteomics & Bioinformatics;2013年01期
3 ;Prokaryote phylogeny based on ribosomal proteins and aminoacyl tRNA synthetases by using the compositional distance approach[J];Science in China(Series C:Life Sciences);2004年04期
4 ;Prokaryote phylogeny meets taxonomy: An exhaustive comparison of composition vector trees with systematic bacteriology[J];Science in China(Series C:Life Sciences);2007年05期
5 馮博;韓延本;;太陽(yáng)活動(dòng)對(duì)黃帝陵500年側(cè)柏年輪變化的可能影響[J];中國(guó)科學(xué)(G輯:物理學(xué) 力學(xué) 天文學(xué));2009年05期
6 張皓晶;趙剛;張雄;董富通;謝照華;易庭豐;鄭永剛;鮑玉英;;類星體PKS 1510-089的射電流量變化周期特性研究[J];中國(guó)科學(xué)(G輯:物理學(xué) 力學(xué) 天文學(xué));2009年07期
7 ;Molecular phylogeny of coronaviruses including human SARS-CoV[J];Chinese Science Bulletin;2003年12期
8 ;Whole-genome based Archaea phylogeny and taxonomy: A composition vector approach[J];Chinese Science Bulletin;2010年22期
9 章紅平,朱文耀,彭軍還,黃s,
本文編號(hào):704392
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