本文關鍵詞：甲型H1N1、H3N2流感病毒進化與傳播規(guī)律研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目前，生物信息學方法被廣泛應用于流感病毒測序數(shù)據(jù)的分析和研究，并取得了很好的研究成果。采用生物信息學方法研究和分析人源甲型流感病毒的進化與傳播，可以幫助人們分析甲型流感病毒的流行趨勢并預測疫情的變化，使人們能夠采取積極有效的監(jiān)測防控措施來最大程度地控制疫情的傳播，降低大規(guī)模流行的風險。 論文以NCBI數(shù)據(jù)庫中1968－2012年間來自于全球的人源甲型H1N1和H3N2流感病毒監(jiān)控測序數(shù)據(jù)為研究對象，提出了基于PCA(Principal componentsanalysis，主成分分析)方法的基因序列聚類方法，以及流感病毒的全球性傳播過程模擬方法。并基于H1N1、H3N2病毒樣本的聚類分析與傳播過程的模擬，分析和研究了人源甲型流感病毒的全球性進化與傳播規(guī)律。 (1)提出基于PCA的HA(Hemagglutinin,血凝素)基因序列聚類分析方法。 論文通過詳細敘述HA基因序列的獲取方法與步驟，以及如何對其進行對位排列、按時間順序排列和數(shù)字化映射，提出了基于PCA的聚類方法。并利用該方法對數(shù)字化映射后的HA基因數(shù)據(jù)進行圖形化表示和分類。為了測試該方法的有效性，，論文選取部分數(shù)據(jù)集作為實驗對象，結果表明本文方法的有效性。 (2)提出流感病毒的全球性傳播過程模擬方法，具體包括世界地圖背景上的流感樣本映射和傳播過程的動態(tài)模擬兩部分。 根據(jù)HA基因樣本數(shù)據(jù)中的毒株樣本發(fā)生地的經(jīng)緯度信息與世界地圖背景上地理位置的相互對應關系，提出流感病毒的全球性傳播過程模擬方法。即首先將樣本以點的形式映射到世界地圖相應的地理位置上，再在Flash可視化平臺上模擬其隨時間推移的傳播過程。通過測試數(shù)據(jù)集驗證了該方法的可行性，并對測試數(shù)據(jù)集的傳播過程模擬效果進行了系統(tǒng)的分析和評價。 (3)分析和研究了甲型H1N1和H3N2流感病毒的全球性進化與傳播規(guī)律。 通過對H1N1和H3N2病毒樣本在Flash平臺上全球傳播過程的描述，揭示它們的進化特征與傳播規(guī)律分析，并分析它們之間進化與傳播的相互關系。
【關鍵詞】：人源甲型流感病毒 PCA聚類 動態(tài)傳播 數(shù)據(jù)可視化 進化與傳播規(guī)律分析
【學位授予單位】：石家莊鐵道大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2014
【分類號】：R373.13
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-10
• 第一章 緒論10-16
• 1.1 課題研究背景10
• 1.2 課題研究的目的及意義10-12
• 1.2.1 課題研究目的11
• 1.2.2 課題研究意義11-12
• 1.3 甲型流感病毒進化的研究現(xiàn)狀12-14
• 1.3.1 國外研究現(xiàn)狀12-13
• 1.3.2 國內研究現(xiàn)狀13-14
• 1.4 論文的研究內容及研究方法14-15
• 1.4.1 主要研究內容14
• 1.4.2 主要研究方法14-15
• 1.5 論文結構安排15-16
• 第二章 流感病毒相關知識16-25
• 2.1 概述16
• 2.2 流感病毒概況16-18
• 2.2.1 流感病毒簡介16-17
• 2.2.2 流感病毒進化歷史17-18
• 2.3 流感病毒進化與變異機制18-19
• 2.3.1 抗原漂移18
• 2.3.2 抗原轉變與基因重組18-19
• 2.4 生物信息學與流感病毒研究19-24
• 2.4.1 生物信息學概述19-20
• 2.4.2 生物信息學相關數(shù)據(jù)庫20-23
• 2.4.3 生物信息學在流感病毒研究中的應用23-24
• 2.5 本章小結24-25
• 第三章 基于 PCA 的甲型流感病毒 HA 基因序列聚類分析方法25-41
• 3.1 概述25
• 3.2 PCA（主成分分析）與聚類分析25-29
• 3.2.1 PCA 概述26-27
• 3.2.2 聚類分析概述27-28
• 3.2.3 PCA 用于聚類分析28-29
• 3.3 HA 基因序列的獲取29-30
• 3.4 HA 基因序列的對位排列30-34
• 3.4.1 MUSCLE 介紹30-31
• 3.4.2 對位排列 HA 基因序列31-33
• 3.4.3 基于時間順序排列 HA 基因序列33-34
• 3.5 HA 基因序列的數(shù)字化映射34-37
• 3.6 HA 基因序列的 PCA 聚類分析37-40
• 3.7 本章小結40-41
• 第四章 世界地圖背景上的流感樣本映射與傳播模擬41-52
• 4.1 概述41-42
• 4.2 世界地圖背景上的流感樣本映射方法42-45
• 4.2.1 菌株樣本發(fā)生地的信息提取42-43
• 4.2.2 發(fā)生地經(jīng)緯信息的檢索與查詢43-44
• 4.2.3 流感樣本在世界地圖背景上的映射44-45
• 4.3 流感病毒傳播過程的動態(tài)模擬45-50
• 4.3.1 Flash 平臺上的流感樣本隨時間推移的過程描述45-48
• 4.3.2 傳播過程的動態(tài)模擬舉例 148-49
• 4.3.3 傳播過程的動態(tài)模擬舉例 249-50
• 4.4 傳播過程的動態(tài)模擬效果評價50-51
• 4.5 本章小結51-52
• 第五章 人源甲型流感病毒的全球性進化與傳播過程分析（1968－2012）52-73
• 5.1 概述52
• 5.2 人源甲型流感 H1N1 病毒的全球性進化與傳播規(guī)律52-59
• 5.2.1 H1N1 的進化特征分析（1976－2012）53-55
• 5.2.2 H1N1 的進化與傳播規(guī)律分析55-59
• 5.3 人源甲型流感 H3N2 病毒的全球性進化與傳播規(guī)律59-65
• 5.3.1 H3N2 的進化特征分析（1968－2012）59-61
• 5.3.2 H3N2 的進化與傳播規(guī)律分析61-65
• 5.4 H1N1 和 H3N2 在 1968－2012 之間進化與傳播的相互關系65-69
• 5.5 研究結果的對比討論69-72
• 5.6 本章小結72-73
• 第六章 結論與展望73-75
• 6.1 結論73-74
• 6.2 展望74-75
• 參考文獻75-79
• 致謝79-80
• 個人簡歷、在學期間的研究成果及發(fā)表的學術論文80

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 張家淮;徐紅;張燁;趙翔;郭俊峰;藍雨;舒躍龍;;1981～2005年中國H1N1甲型流感病毒血凝素基因的HA1演變特征[J];病毒學報;2007年05期

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  本文關鍵詞：甲型H1N1、H3N2流感病毒進化與傳播規(guī)律研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：469650