本文關(guān)鍵詞：一株腸致病性大腸桿菌的全基因組序列分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目的分析并找出腸致病性大腸桿菌Deng(Enteropathogenic Escherichia coli Deng,EPEC Deng)的全基因組序列特點。方法 EPEC Deng來源于我國嬰幼兒腹瀉患者的糞便標本,菌株采用診斷血清鑒定血清型,通過自動細菌鑒定儀,使用微量肉湯法進行藥敏試驗。進一步提取細菌總DNA,構(gòu)建測序文庫,通過Illumina 2000儀器測序,然后利用多引物PCR等方法進行補缺口及拼接,最終獲得完整的全基因組。采用相關(guān)軟件獲得基因序列,通過對比已知的蛋白數(shù)據(jù)庫進行基因功能注釋及生物信息學(xué)分析。結(jié)果 EPEC Deng菌株歸屬O119:H6,藥敏結(jié)果顯示該菌株對環(huán)丙沙星、左氧氟沙星、氨芐西林及氨芐西林/舒巴坦耐藥,對其余的抗菌藥物均敏感。EPEC Deng基因組包含5 233 046 bp,GC含量50.48%�；蚪M通過注釋后總共有5 347個編碼蛋白序列,80個t RNA的編碼基因,以及22個完整的r RNA基因編碼的操縱子。EPEC染色體基因組中含有致病島,大小約為40Kb左右,與數(shù)據(jù)庫中的一個37Kb的致病島(AF200363.1)序列極為相似,相似度達到99%。結(jié)論完成了腸致病性大腸桿菌基因組精細測序分析,PAI是EPEC致病的關(guān)鍵,為進一步研究菌株的進化關(guān)系提供了基因數(shù)據(jù)。
【作者單位】： 廣東醫(yī)學(xué)院附屬深圳市南山區(qū)人民醫(yī)院感染科;深圳市內(nèi)源性感染診治重點實驗室;
【關(guān)鍵詞】： 腸致病性大腸桿菌 高通量測序 全基因組序列
【基金】：國家自然科學(xué)基金(No.81170370/H0312) 深圳市科創(chuàng)委項目(No.JCYJ20130402151227180) 深圳市衛(wèi)人委項目(No.201203203,201203211,201302199,201303186,201401083,201401084,201402130,201402131,201402133)
【分類號】：R378.21
【正文快照】： 大腸桿菌是目前腸道最常見的致病菌之一,而腸目前未見我國流行EPEC株全基因結(jié)構(gòu)分析報道。致病性大腸桿菌(Enteropathogenic Escherichia coli,近年隨著測序技術(shù)的發(fā)展,全基因測序和生物進化分EPEC)更是引起全球嬰幼兒腹瀉和成人散發(fā)性腹瀉析逐漸揭示EPEC的基因特點。目前對EP

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本文編號：456235