本文關(guān)鍵詞：三個(gè)封閉群實(shí)驗(yàn)兔遺傳多樣性研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：封閉群實(shí)驗(yàn)兔遺傳背景復(fù)雜，遺傳檢測(cè)方法尚未建立。傳統(tǒng)的遺傳標(biāo)記，如形態(tài)標(biāo)記，細(xì)胞學(xué)標(biāo)記，生化標(biāo)記，由于其本身的缺陷，在封閉群動(dòng)物質(zhì)量檢測(cè)評(píng)定上有很大的局限性。隨著基因分子生物學(xué)發(fā)展，分子標(biāo)記的優(yōu)勢(shì)在實(shí)驗(yàn)動(dòng)物遺傳質(zhì)量檢測(cè)中日益顯現(xiàn)。它可以從本質(zhì)上顯示生物個(gè)體之間DNA結(jié)構(gòu)差異，直接反應(yīng)DNA水平上基因多態(tài)性。分子標(biāo)記的挖掘和分子標(biāo)記庫的建立，為實(shí)驗(yàn)動(dòng)物遺傳監(jiān)控提供了更有利的手段。 本課題從從線粒體D-loop區(qū)多態(tài)性及微衛(wèi)星DNA多態(tài)性兩個(gè)方面開展研究，利用DNA測(cè)序，序列比對(duì)分析，微衛(wèi)星分型等方法探究目前我國(guó)常用實(shí)驗(yàn)兔D-Loop序列特征及遺傳結(jié)構(gòu)特點(diǎn)，并篩查微衛(wèi)星標(biāo)記。一方面利用微衛(wèi)星標(biāo)記對(duì)實(shí)驗(yàn)兔群體進(jìn)行遺傳多樣性分析，另一方面為遺傳質(zhì)量控制標(biāo)記庫建立提供更多穩(wěn)定可靠的參考標(biāo)記位點(diǎn)。 在線粒體D-Loop區(qū)DNA多態(tài)性分析中，通過計(jì)算變異位點(diǎn)數(shù)、簡(jiǎn)約信息位點(diǎn)數(shù)、單倍型、單倍型多樣度、歧義度、核苷酸多樣度等遺傳信息，在71份樣品中，共檢測(cè)出了6個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)，多為C→G突變，5個(gè)突變位點(diǎn)發(fā)生在5LR區(qū)同一位置；定義了9種單倍型，且三個(gè)種群分別有各自單倍型，互不重疊。青紫藍(lán)兔有四種單倍型，包括H1（17）、H2（1）、H3（2）、H4（2）；新西蘭白兔有三種單倍型，包括H5（7）、H6（3）、H7（18）；日本大耳白兔有兩種單倍型，包括H8（1）、H9（20）。D-loop區(qū)是線粒體DNA的控制區(qū)，這一區(qū)域存在長(zhǎng)序列重復(fù)片段，在兔科動(dòng)物中多為5LR重復(fù)。本實(shí)驗(yàn)中，青紫藍(lán)兔22只全為5LR重復(fù)；新西蘭白兔5LR重復(fù)個(gè)體10只，4LR重復(fù)個(gè)體18只；日本大耳白兔5LR重復(fù)個(gè)體20只，4LR重復(fù)個(gè)體1只。整體來看，三個(gè)種群D-loop區(qū)多態(tài)性及種群多樣性均偏低。 在微衛(wèi)星位點(diǎn)篩查及遺傳多樣性分析中，共篩查出18個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)，分別統(tǒng)計(jì)了各個(gè)位點(diǎn)等位基因頻率，有效等位基因數(shù)，雜合度，F(xiàn)值。進(jìn)行了Hardy-Weinberg平衡（HWE）檢驗(yàn)，多態(tài)信息含量檢驗(yàn)，三個(gè)種群的遺傳距離分析。結(jié)果表明：日本大耳白兔平均等位基因觀測(cè)數(shù)為3.167，平均有效等位基因數(shù)為2.704；平均觀測(cè)雜合度為0.444，平均期望雜合度為0.468；平均多態(tài)信息含量為0.410；在Sat13，INRCCDDV0088位點(diǎn)完全純和，這兩個(gè)位點(diǎn)可作為日本大耳白兔種群鑒別候選位點(diǎn)；在位點(diǎn)So144、INRCCDDV2016、INRCCDDV0344、6L2H3上HWE檢驗(yàn)P㩳0.05，顯著偏離Hardy-Weinberg平衡，但這四個(gè)位點(diǎn)多態(tài)信息含量0.3㩳PIC㩳0.8，屬中高度多態(tài)性。青紫藍(lán)兔平均等位基因觀測(cè)數(shù)為4.556，平均有效等位基因數(shù)為2.704；平均觀測(cè)雜合度為0.523，平均期望雜合度為0.5498；平均多態(tài)信息含量為0.549；6L2H3和Sat8上HWE檢驗(yàn)P㩳0.05，顯著偏離Hardy-Weinberg平衡，兩個(gè)位點(diǎn)多態(tài)信息含量0.6㩳PIC㩳0.7，為中高度多態(tài)性。新西蘭兔平均等位基因觀測(cè)數(shù)為3.444，，平均有效等位基因數(shù)為2.359；觀測(cè)雜合度為0.498，平均期望雜合度為0.53；平均多態(tài)信息含量為0.47；在6L2H3、7L3F2和INRCCDDV0344上HWE檢驗(yàn)P㩳0.05，顯著偏離Hardy-Weinberg平衡，三個(gè)位點(diǎn)多態(tài)信息含量0.3㩳PIC㩳0.7，為中高度多態(tài)性。三個(gè)種群遺傳距離：青紫藍(lán)兔與新西蘭白兔遺傳距離最近，為0.124；與日本大耳白兔遺傳關(guān)系最遠(yuǎn)，遺傳距離為0.320；新西蘭白兔與日本大耳白兔較遠(yuǎn)，為0.310。 結(jié)合線粒體D-Loop區(qū)多態(tài)性與微衛(wèi)星多態(tài)性綜合分析，研究結(jié)果表明，三個(gè)種群封閉群實(shí)驗(yàn)兔在經(jīng)過多年培育后，遺傳結(jié)構(gòu)較為均一，種群間遺傳分化明顯。橫向比較三個(gè)種群，日本大耳白兔遺傳結(jié)構(gòu)較為單一，18個(gè)位點(diǎn)平均多態(tài)信息含量為為中度多態(tài)性；青紫藍(lán)兔有遺傳多樣性最豐富，多態(tài)信息含量為高度多態(tài)性；新西蘭兔遺傳多樣性較為豐富，18個(gè)位點(diǎn)平均多態(tài)信息含量為中度多態(tài)性。說明封閉群動(dòng)物在經(jīng)過多年的培育后，有些位點(diǎn)偏離Hardy-Weinberg平衡，但多態(tài)信息含量依然相對(duì)豐富，符合封閉群動(dòng)物遺傳特性。
【關(guān)鍵詞】：封閉群兔 線粒體D-Loop區(qū) 微衛(wèi)星 遺傳檢測(cè) 遺傳多樣性
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)食品藥品檢定研究院
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2013
【分類號(hào)】：R394
【目錄】：

• 中文摘要3-5
• Abstract5-7
• 序言7-10
• 第一部分 三個(gè)封閉群實(shí)驗(yàn)兔線粒體 D-loop 區(qū)多態(tài)性研究10-27
• 1 實(shí)驗(yàn)材料10-12
• 2 實(shí)驗(yàn)方法12-18
• 3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果18-24
• 4 分析與討論24-25
• 5 小結(jié)25-27
• 第二部分 應(yīng)用微衛(wèi)星標(biāo)記對(duì)封閉群實(shí)驗(yàn)兔遺傳結(jié)構(gòu)分析27-60
• 1 實(shí)驗(yàn)材料27-29
• 2 實(shí)驗(yàn)方法29-35
• 3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果35-54
• 4 分析與討論54-59
• 5 小結(jié)59-60
• 第三部分 實(shí)驗(yàn)總結(jié)60-61
• 參考文獻(xiàn)61-64
• 附錄64-83
• 文獻(xiàn)綜述83-92
• 參考文獻(xiàn)88-92
• 致謝92-93
• 在讀期間發(fā)表文章93-94

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：439417