本文關(guān)鍵詞：以基因翻譯證據(jù)輔助分析蛋白質(zhì)組的策略研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：人類染色體蛋白質(zhì)組計劃（C-HPP）旨在以染色體為研究單位，闡明不同組織的蛋白表達譜、豐度分布和翻譯后修飾情況。本研究團隊早前報道了利用翻譯中mRNA（結(jié)合于核糖體-新生肽鏈復(fù)合物上的mRNA，即RNC-mRNA）豐度可計算94%以上的相應(yīng)蛋白質(zhì)豐度。因此，我們建議，以全長RNC-mRNA分析輔助定性和定量解析人蛋白質(zhì)組。目的：論證RNC-mRNA分析作為C-HPP的另一支柱的可行性與必要性。方法：本研究對人正常支氣管上皮（HBE）細(xì)胞和人結(jié)直腸癌（Caco-2）細(xì)胞的RNC-mRNA和總mRNA進行下一代測序。分析兩種細(xì)胞的RNC-mRNA組成和序列覆蓋特征；以Caco-2細(xì)胞為例對翻譯組和蛋白質(zhì)組進行比較分析；分析單核苷酸變異體的翻譯效率；以及比較兩種細(xì)胞中的差異翻譯和細(xì)胞特異性翻譯基因的染色體分布規(guī)律。結(jié)果：本研究分別從HBE細(xì)胞和Caco-2細(xì)胞中鑒定了12758和14113個翻譯中基因，且大部分基因編碼區(qū)的序列覆蓋度大于80%。在Caco-2細(xì)胞中，本研究發(fā)現(xiàn)4180個單核苷酸變異體的翻譯證據(jù)。以RNC-mRNA信息為基準(zhǔn)，對4個來自不同實驗室的不同質(zhì)譜平臺鑒定的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)進行整合分析，本研究獲得7876個基因的翻譯證據(jù)和蛋白質(zhì)證據(jù)，預(yù)示著約6000個基因在Caco-2細(xì)胞中存在翻譯證據(jù)而缺乏生物質(zhì)譜證據(jù)。此外，本研究提供了1397個非編碼基因的翻譯證據(jù)，為新蛋白的探索提供依據(jù)。677個在兩種細(xì)胞中差異翻譯的基因在染色體上呈現(xiàn)不均勻分布。另外，我們發(fā)現(xiàn)Caco-2細(xì)胞和HBE細(xì)胞中特異性表達的基因分別為2105個和750個，，且同樣呈現(xiàn)不均勻分布現(xiàn)象，尤其集中于如19號染色體等個別染色體上。結(jié)論：我們認(rèn)為RNC-mRNA分析可作為C-HPP的第四支柱，與已有的質(zhì)譜、生物信息學(xué)和抗體支柱結(jié)合，在HPP/C-HPP的主要目標(biāo)——尋找人類編碼基因的蛋白質(zhì)證據(jù)和發(fā)現(xiàn)新蛋白——中起積極作用。
【關(guān)鍵詞】：C-HPP 策略 測序 RNC-mRNA 染色體
【學(xué)位授予單位】：暨南大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號】：R392
【目錄】：

• 摘要3-4
• Abstract4-6
• 目錄6-7
• 1 前言7-11
• 1.1 研究意義7
• 1.2 研究現(xiàn)狀7-11
• 2 技術(shù)路線11-12
• 3 材料與方法12-24
• 3.1 主要材料12-14
• 3.2 試劑配方14-16
• 3.3 實驗方法16-24
• 4 結(jié)果24-37
• 4.1 RNC 的分離與鑒定24-25
• 4.2 全長 RNC-mRNA 分析具較高序列覆蓋度25-27
• 4.3 利用全長 RNC-mRNA 分析檢測序列變異27-28
• 4.4 RNC-mRNA 分析為質(zhì)譜數(shù)據(jù)集的整合提供參考標(biāo)準(zhǔn)28-31
• 4.5 差異翻譯基因在染色體上呈現(xiàn)不均勻分布31-35
• 4.6 細(xì)胞特異性翻譯開放基因在染色體上呈現(xiàn)不均勻分布35-37
• 5 討論37-39
• 6 結(jié)論39-40
• 7 成果與應(yīng)用40-41
• 參考文獻41-51
• 附錄51-53
• 在學(xué)期間發(fā)表論文53-55
• 致謝55

【共引文獻】

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中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前3條

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  本文關(guān)鍵詞：以基因翻譯證據(jù)輔助分析蛋白質(zhì)組的策略研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：428272