病毒的遺傳進化和重組對病毒的傳播、感染及致病有重要作用。本文使用進化生物學(xué)的經(jīng)典方法對不同嗜性和亞型的HIV-1以及甲型H1N1(A/H1N1)流感病毒的適應(yīng)性進化進行了研究,對HIV-1的重組分析方法進行了評價,并對HIV-1 CRF03_AB重組結(jié)構(gòu)進行了重新分析。其主要結(jié)果如下: 1.通過對不同細胞嗜性HIV-1 B和C亞型的全基因組進行適應(yīng)性進化分析,我們發(fā)現(xiàn)R5和X4病毒經(jīng)歷了不同的進化方式,且不同的HIV-1基因受到不同的選擇壓力,意味著復(fù)雜的自然選擇壓力驅(qū)動HIV-1的進化。分析HIV-1 Gp120高變區(qū)上的正選擇位點發(fā)現(xiàn),相對于其它高變區(qū),更多的正選擇位點發(fā)生在B亞型X4病毒的V3區(qū),B亞型R5病毒的V2區(qū)以及C亞型X4病毒的V1和V4區(qū)域。因為這些區(qū)域通常影響和決定HIV-1的細胞嗜性,更多的正選擇發(fā)生在這些特殊的超變區(qū)意味著作用于Gp120上的選擇壓力與Gp120的受體識別和結(jié)合功能有關(guān)。在保守區(qū)的分析中發(fā)現(xiàn),無論是B和C亞型,還是R5和X4型的病毒,更多的正選擇位點發(fā)生在Gp120的C3區(qū)域(33.3%-55.6%,P＜0.05),意味著先前...

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【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要 ABSTRACT 第一章 緒論
1.1 HIV概述
    1.1.1 HIV的基因組結(jié)構(gòu)
    1.1.2 HIV的基因型
    1.1.3 HIV的流行概況
    1.1.4 HIV的復(fù)制過程
    1.1.5 HIV的進化
1.2 HIV-1細胞嗜性的研究進展
    1.2.1 HIV-1細胞嗜性與疾病發(fā)展的關(guān)系
    1.2.2 HIV-1細胞嗜性轉(zhuǎn)換的研究
1.3 HIV-1細胞嗜性在治療中的意義
1.4 本研究的目的和意義
1.5 本研究的主要內(nèi)容 第二章 不同細胞嗜性HIV-1的全基因組適應(yīng)性進化分析
2.1 引言
2.2 數(shù)據(jù)和方法
    2.2.1 序列收集和排序
    2.2.2 適應(yīng)性進化分析方法
    2.2.3 統(tǒng)計分析
2.3 結(jié)果
    2.3.1 HIV-1主要基因的正選擇分析
    2.3.2 env基因上正選擇位點的鑒定
    2.3.3 gag和pol基因上正選擇位點的鑒定
    2.3.4 HIV-1的env基因上正選擇位點的定位分析
2.4 討論
本章小結(jié) 第三章 甲型H1N1流感病毒的適應(yīng)性進化研究
3.1 引言
3.2 數(shù)據(jù)和方法
    3.2.1 序列收集
    3.2.2 系統(tǒng)發(fā)生分析
    3.2.3 適應(yīng)性進化分析
3.3 結(jié)果
    3.3.1 甲型H1N1流感病毒的起源
    3.3.2 甲型H1N1流感病毒的進化距離分析
    3.3.3 甲型H1N1流感病毒的正選擇分析
    3.3.4 甲型H1N1流感在跨種傳播之前的遺傳分化分析
3.4 討論
本章小結(jié) 第四章 不同參數(shù)和不恰當(dāng)?shù)膩喰蛥⒖夹蛄袑IV-1 CRFS重組分析的影響
4.1 引言
4.2 數(shù)據(jù)和方法
    4.2.1 序列下載
    4.2.2 系統(tǒng)發(fā)生樹構(gòu)建
    4.2.3 Bootscan分析
    4.2.4 統(tǒng)計分析
4.3 結(jié)果與討論
    4.3.1 重組分析中最適參數(shù)的確定
    4.3.2 最適亞型參考序列的選擇
4.4 HIV-1 CRF03_AB重組結(jié)構(gòu)的重新分析
本章小結(jié) 第五章 結(jié)論與展望
5.1 結(jié)論
5.2 展望 參考文獻 致謝 攻讀碩士期間發(fā)表的論文



本文編號：3996712