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誘導多能干細胞和腫瘤干細胞中致瘤基因的生物信息學分析

發(fā)布時間:2024-06-29 14:36
  眾所周知,表觀遺傳學、遺傳學的異常改變所引起的癌基因重激活和過表達,會導致正常組織細胞向腫瘤干細胞(cancer stem cells,CSCs;亦稱腫瘤起始細胞,tumor-initiating cells,TICs)的轉變,在獲得干性(stemness)和自我更新能力的同時,亦擁有了很高的致瘤性。大量的研究表明,腫瘤干細胞在惡性腫瘤的發(fā)生、發(fā)展、轉移、復發(fā)和耐藥性中發(fā)揮著至關重要的作用。 2006年,Yamanaka等人在干細胞研究領域開創(chuàng)了一個新的里程碑,他們用四種外源性因子(c-Myc、Nanog、Oct4和Klf4)轉染分化的成纖維細胞,成功地誘導產(chǎn)生了誘導性多能干細胞(induced pluripotent stem cells,iPSCs),這種多能干細胞顯示出在臨床再生醫(yī)學領域的廣闊應用前景。然而,與CSCs類似的是,iPSCs也具有較高的致瘤性,這一點極大地阻礙了其在臨床干細胞治療方面的應用。 CSCs、iPSCs和胚胎干細胞(embryonic stem cells,ESCs)都具有干性和自我更新能力。在正常生理情況下,ESCs沒有致瘤性,而iPSCs卻能夠致瘤。除...

【文章頁數(shù)】:129 頁

【學位級別】:博士

【部分圖文】:

圖1、高通量基因表達譜的整合分析策略(以腫瘤干細胞為例)

圖1、高通量基因表達譜的整合分析策略(以腫瘤干細胞為例)

8圖1、高通量基因表達譜的整合分析策略(以腫瘤干細胞為例)二、主要功能模塊1、數(shù)據(jù)預處理不同來源的基因表達譜數(shù)據(jù),由于樣本來源、實驗處理手段和芯片平臺等的不同,可能導致這些數(shù)據(jù)之間存在較大的異質性,為了使其具有可比性,我們將采用經(jīng)典的基因芯片處理工具B....


圖4、候選基因在16個正常人組織和部分腫瘤細胞株中的表達注:A.腫瘤特異性表達基因(CSCG1-4):不在16中人的正常組織細胞中表

圖4、候選基因在16個正常人組織和部分腫瘤細胞株中的表達注:A.腫瘤特異性表達基因(CSCG1-4):不在16中人的正常組織細胞中表

32圖4、候選基因在16個正常人組織和部分腫瘤細胞株中的表達注:A.腫瘤特異性表達基因(CSCG1-4):不在16中人的正常組織細胞中表達,而只在各種腫瘤細胞株中表達;B.腫瘤相對特異性表達基因(CSCG5-16):只在個別的人正常組中表達,如睪丸;C、腫瘤特異性新....


圖5.iPSC一致基因及其與腫瘤發(fā)生相互關聯(lián)的總體分析策略

圖5.iPSC一致基因及其與腫瘤發(fā)生相互關聯(lián)的總體分析策略

第三部分誘導多能干細胞(iPSCs)一致基因的計算鑒別及其瘤性風險的探討一、前言簡介誘導多能干細胞(iPSCs)的致瘤性問題,一直困擾著研究者們,想要將其全地應用到臨床干細胞治療,就必須發(fā)展新的策略和方法,既要使得iPSCs盡展現(xiàn)正常干細胞的特性,同時還要阻止其致瘤潛能的表現(xiàn)....


圖6、源自不同分化細胞的iPSCs過表達基因的交集分析結果

圖6、源自不同分化細胞的iPSCs過表達基因的交集分析結果

部分誘導多能干細胞和腫瘤干細胞中致瘤基因的生物信個和107個基因,進行交集分析,結果顯示,88個基因共同過表達在(fibroblasts)源和HTM源的iPSCs中(圖6A,表11)——記作I級基因(F100),其中72個是已知基因。其次,對Gr....



本文編號:3997701

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