本文關(guān)鍵詞：MICA基因3’非翻譯區(qū)和5’啟動子多態(tài)性及單倍型研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：摘要：在本研究中,我們采用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)-測序技術(shù)(PCR-SBT)對104名無血緣關(guān)系的北方內(nèi)蒙古地區(qū)漢族健康個體MHC I類鏈相關(guān)基因A (MHC class I chain-related gene A, MICA)的3’非翻譯區(qū)(3'-untranslated region,3'UTR)和5’啟動子區(qū)(5'promoter region)的DNA多態(tài)性和單倍型多樣性進行了分析。 在MICA3'UTR,該人群共檢測出9個單核苷酸多態(tài)性(singlenucleotide polymorphism, SNP)位點,其位點間呈現(xiàn)出非常強的連鎖不平衡；多態(tài)性位點組合為7種等位基因,頻率范圍為0.0048-0.6971,其中以UTR1最為常見(0.6971),其次為UTR2(0.2356)；UTR等位基因與MICA基因編碼區(qū)(2-5外顯子)共組成21種擴展單倍型；系統(tǒng)進化樹分析顯示MICA基因包括2個基本譜系,UTRl、UTR2分別與其中的一個譜系連鎖,其中,UTR2與MICA*002:01、*007:01、*017、*045、*059連鎖；UTR2與6種microRNA包括hsa-miR-636、 hsa-miR-520f、hsa-miR-4496、hsa-miR-873、hsa-miR-105、hsa-miR-183在種子序列區(qū)域存在錯配。MICA基因3'UTR Ewens-watterson純合度檢驗符合中性選擇。 在MICA5’啟動子區(qū),共檢測到12個變異位點,包括11個單核苷酸多態(tài)性位點(SNP)和1個缺失/插入(insertion/deletion, Indel)多態(tài)性位點,各變異位點間呈現(xiàn)非常強的連鎖不平衡。同時在此區(qū)域共發(fā)現(xiàn)12種MICA5’啟動子等位基因,其中promoter-7最為常見(頻率為0.5529)。MICA5’啟動子與編碼區(qū)(2-5外顯子)組成26種擴展單倍型,其中9種存在顯著的連鎖不平衡(linkage disequilibrium, LD)。根據(jù)此人群MICA編碼區(qū)和5’啟動子區(qū)的系統(tǒng)進化分析顯示,MICA基因包括兩個基本譜系,每個譜系具有多個子譜系,其中MICA*008:01進一步區(qū)分為4個分支。MICA5’啟動子區(qū)域Ewens-watterson純合度檢驗符合中性選擇。在最小的啟動子中發(fā)現(xiàn)5個多態(tài)性位點,但均不位于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域內(nèi)。 我們的研究首次在群體水平提供了MICA基因3’非翻譯區(qū)(3'-untranslated region,3'UTR)和5’啟動子區(qū)(5'promoter region)DNA序列遺傳多態(tài)性信息。所獲數(shù)據(jù)有助于闡明MICA基因的表達、轉(zhuǎn)錄和調(diào)控機制；結(jié)果亦有助于揭示MHC基因復(fù)合體進化規(guī)律。
【關(guān)鍵詞】：MICA 3’非翻譯區(qū) 5’啟動子 多態(tài)性 擴展單倍型 中國人群
【學(xué)位授予單位】：中南大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號】：R392.2
【目錄】：

• 摘要5-7
• Abstract7-11
• 符號說明11-12
• 前言12-13
• 第一部分 中國北方漢族人群MICA基因3’非翻譯區(qū)結(jié)構(gòu)及多態(tài)性研究13-24
• 1. 材料和方法13-15
• 1.1. 樣本13
• 1.2. 材料13
• 1.3. 方法13-15
• 2. 結(jié)果15-22
• 2.1. MICA3'非翻譯區(qū)(3'UTR)PCR擴增產(chǎn)物15
• 2.2. MICA3'非翻譯區(qū)(3'UTR)多態(tài)性位點及HWE檢驗15-17
• 2.3. MICA3'非翻譯區(qū)(3'UTR)連鎖不平衡分析17
• 2.4. MICA3'非翻譯區(qū)(3'UTR)等位基因多樣性17-19
• 2.5. MICA擴展單倍型19-20
• 2.6. Ewens-Watterson純合度檢驗20-21
• 2.7. MICA基因的進化分析21
• 2.8. MICA3'非翻譯區(qū)(3'UTR)的microRNA結(jié)合位點序列多態(tài)性21-22
• 3. 討論22-23
• 4. 小結(jié)23-24
• 第二部分 中國北方漢族人群MICA基因5’啟動子結(jié)構(gòu)及多態(tài)性研究24-39
• 1. 材料和方法24-26
• 1.1. 樣本24
• 1.2. 材料24
• 1.3. 方法24-26
• 2. 結(jié)果26-36
• 2.1. MICA5'啟動子(5'promoter)PCR擴增產(chǎn)物26
• 2.2. MICA5'啟動子(5'promoter)多態(tài)性位點及HWE檢驗26-31
• 2.3. MICA5'啟動子(5'promoter)連鎖不平衡分析31
• 2.4. MICA5'啟動子等位基因多樣性31-33
• 2.5. MICA基因擴展單倍型33-34
• 2.6. Ewens-Watterson純合度檢驗34-35
• 2.7. MICA基因的進化分析35-36
• 3. 討論36-38
• 4. 小結(jié)38-39
• 結(jié)論39-40
• 參考文獻40-43
• 綜述 MICA基因多態(tài)性及與疾病關(guān)聯(lián)的研究進展43-61
• 1. MICA基因結(jié)構(gòu)特點及在人群中的分布情況44-47
• 1.1. MICA的基因結(jié)構(gòu)44
• 1.2. MICA基因檢測方法44-46
• 1.3. MICA基因序列變異及等位基因46-47
• 1.4. MICA在人群中的分布情況47
• 2. MICA基因表達及調(diào)控47-49
• 2.1. MICA基因產(chǎn)物47-48
• 2.2. MICA基因產(chǎn)物分布特點48
• 2.3. MICA分子表達調(diào)控48-49
• 3. MICA與疾病的關(guān)系49-52
• 3.1. MICA與感染性疾病49
• 3.2. MICA與腸病49-50
• 3.3. MICA與自身免疫病50
• 3.4. MICA與腫瘤50-51
• 3.5. MICA與移植排斥反應(yīng)51-52
• 4. 小結(jié)52-53
• 參考文獻53-61
• 攻讀學(xué)位期間主要的研究成果61-62
• 致謝62

【共引文獻】

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  本文關(guān)鍵詞：MICA基因3’非翻譯區(qū)和5’啟動子多態(tài)性及單倍型研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：426329