目的探討粉塵螨水通道蛋白DerfAQP2的工作機制。方法用SWISS-MOEL軟件對DerfAQP2進(jìn)行同源建模,用VMD軟件建立分子模擬體系,用NAMD2.9軟件包進(jìn)行動力學(xué)模擬并對體系進(jìn)行優(yōu)化,等溫等壓系綜環(huán)境下計算水分子通過時的吉布斯自由能。結(jié)果以大腸埃希菌水甘油通道蛋白（PDB code:1LDF）晶體結(jié)構(gòu)作為模板構(gòu)建DerfAQP2蛋白質(zhì)空間構(gòu)像,使用VMD軟件生成psf文件,將DerfAQP2蛋白單聚體放置于80×80×100?³大小的盒子中,加入TIP3型水分子、55個鈉離子、53個氯離子,最終體系共計60 184個原子。經(jīng)過20 ns的分子動力學(xué)模擬,DerfAQP2蛋白結(jié)構(gòu)趨于穩(wěn)定。取dcd文件進(jìn)行結(jié)構(gòu)分析,發(fā)現(xiàn)8個水分子在通道內(nèi)構(gòu)成單列水,當(dāng)水分子進(jìn)入的通道外前庭時,DerfAQP2的通道殘基由Arg203、Tyr44和Ile188殘基構(gòu)成;在通道的中間部分,可見NPA結(jié)構(gòu)的Asn200和Asn64;在細(xì)胞質(zhì)與通道交界附近,水分子與周邊的His62以及Ala61、Ile63、Ser52殘基間相互作用。將單列水起始位置的能量定義為0,繪制自由能曲... 

【文章來源】：中國病原生物學(xué)雜志. 2019,14(09)北大核心

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

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本文編號：2976002