糖尿病大鼠海馬、前額葉皮質(zhì)、紋狀體組織的基因表達(dá)譜研究
發(fā)布時(shí)間：2020-12-16 04:37
目的分析糖尿病大鼠腦部認(rèn)知功能區(qū)域的基因表達(dá)譜。方法篩選公眾數(shù)據(jù)平臺(tái)下的基因芯片數(shù)據(jù)集GSE34451,將組間對(duì)比P<0.05,FC>2的基因定義為差異表達(dá)基因(DEGs),運(yùn)用DAVID在線注釋平臺(tái)對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行功能注釋,運(yùn)用medcalc統(tǒng)計(jì)軟件對(duì)基因進(jìn)行ROC分析。結(jié)果在海馬、前額葉皮質(zhì)、紋狀體組織中,1型糖尿病(T1DM)及2型糖尿病(T2DM)大鼠均存在的DEGs分別為29個(gè)、21個(gè)、16個(gè),這些差異基因分別參與了4、3、9個(gè)顯著性功能條目。與T1DM大鼠相比,T2DM大鼠海馬、前額葉皮質(zhì)、紋狀體組織均存在較多差異基因�；騀tcd及Trim16作為診斷標(biāo)志物鑒別糖尿病及對(duì)照組大鼠具有良好的敏感性及特異性。結(jié)論糖尿病大鼠腦部認(rèn)知功能區(qū)域的基因表達(dá)譜異常,運(yùn)用基因芯片能夠系統(tǒng)的篩選出疾病相關(guān)基因,為糖尿病影響認(rèn)知功能的機(jī)制研究提供實(shí)驗(yàn)依據(jù)。
【文章來源】：腦與神經(jīng)疾病雜志. 2019年10期
【文章頁(yè)數(shù)】：5 頁(yè)
【部分圖文】：
T1DM、T2DM大鼠三個(gè)部位的差異表達(dá)基因結(jié)果匯總
圖1 T1DM、T2DM大鼠三個(gè)部位的差異表達(dá)基因結(jié)果匯總研究把組間對(duì)比P < 0.05,FC > 2的基因視為差異表達(dá)基因(DEGs),結(jié)果顯示:與對(duì)照組相比,?T1DM大鼠海馬組織存在著117個(gè)差異表達(dá)基因(97基因上調(diào),20基因下調(diào));T2DM大鼠海馬組織存在著237個(gè)差異表達(dá)基因(162基因上調(diào),75基因下調(diào))。?T1DM大鼠前額葉皮質(zhì)組織存在著89個(gè)差異表達(dá)基因(21基因上調(diào),68基因下調(diào));T2DM大鼠前額葉皮質(zhì)組織存在著331個(gè)差異表達(dá)基因(34基因上調(diào),297基因下調(diào));?T1DM大鼠紋狀體組織存在著106個(gè)差異表達(dá)基因(33基因上調(diào),73基因下調(diào));T2DM大鼠紋狀體組織存在著334個(gè)差異表達(dá)基因(26基因上調(diào),308基因下調(diào)),圖1A、B分別顯示了T1DM、T2DM大鼠三個(gè)部位的差異表達(dá)基因統(tǒng)計(jì)結(jié)果。由圖可見,在同一類型的糖尿病大鼠中,不同部位的DEGs表達(dá)趨勢(shì)不同:海馬組織DEGs大多數(shù)呈高表達(dá),前額葉皮質(zhì)組織與紋狀體組織DEGs大多數(shù)呈低表達(dá);與此相反,在同一組織部位中,不同糖尿病類型大鼠的DEGs表達(dá)趨勢(shì)相同:兩種類型糖尿病大鼠的海馬組織DEGs均為上調(diào)模式,前額葉皮質(zhì)組織與紋狀體組織DEGs均為下調(diào)模式。因此,研究進(jìn)一步對(duì)不同類型糖尿病中表達(dá)趨勢(shì)一致的海馬組織DEGs、前額葉皮質(zhì)組織DEGs與紋狀體組織DEGs分別進(jìn)行了整合,結(jié)果顯示:T1DM與T2DM大鼠海馬組織中存在著29個(gè)相同的DEGs(24上調(diào),5下調(diào));T1DM與T2DM大鼠前額葉皮質(zhì)組織中存在著21個(gè)相同的DEGs(1上調(diào),20下調(diào));T1D與T2D大鼠紋狀體組織中存在著16個(gè)相同的DEGs(5上調(diào),11下調(diào))。圖2顯示了差異表達(dá)基因的聚類分析圖。進(jìn)一步統(tǒng)計(jì)顯示,差異表達(dá)基因Ftcd與Trim16同時(shí)存在于T1D與T2D大鼠海馬組織、前額葉皮質(zhì)組織與紋狀體組織中,提示Ftcd及Trim16可能在糖尿病大鼠的神經(jīng)系統(tǒng)病變中發(fā)揮了重要作用。
3.ROC分析(表2,圖3)運(yùn)用基因Ftcd表達(dá)值鑒別糖尿病與對(duì)照組的敏感性、特異性、曲線下面積分別為100.0%、88.9%、0.988,基因Trim16表達(dá)值鑒別糖尿病與對(duì)照組的敏感性、特異性、曲線下面積分別為100.0%、100.0%、1.000。
本文編號(hào)：2919542
【文章來源】：腦與神經(jīng)疾病雜志. 2019年10期
【文章頁(yè)數(shù)】：5 頁(yè)
【部分圖文】：
T1DM、T2DM大鼠三個(gè)部位的差異表達(dá)基因結(jié)果匯總
圖1 T1DM、T2DM大鼠三個(gè)部位的差異表達(dá)基因結(jié)果匯總研究把組間對(duì)比P < 0.05,FC > 2的基因視為差異表達(dá)基因(DEGs),結(jié)果顯示:與對(duì)照組相比,?T1DM大鼠海馬組織存在著117個(gè)差異表達(dá)基因(97基因上調(diào),20基因下調(diào));T2DM大鼠海馬組織存在著237個(gè)差異表達(dá)基因(162基因上調(diào),75基因下調(diào))。?T1DM大鼠前額葉皮質(zhì)組織存在著89個(gè)差異表達(dá)基因(21基因上調(diào),68基因下調(diào));T2DM大鼠前額葉皮質(zhì)組織存在著331個(gè)差異表達(dá)基因(34基因上調(diào),297基因下調(diào));?T1DM大鼠紋狀體組織存在著106個(gè)差異表達(dá)基因(33基因上調(diào),73基因下調(diào));T2DM大鼠紋狀體組織存在著334個(gè)差異表達(dá)基因(26基因上調(diào),308基因下調(diào)),圖1A、B分別顯示了T1DM、T2DM大鼠三個(gè)部位的差異表達(dá)基因統(tǒng)計(jì)結(jié)果。由圖可見,在同一類型的糖尿病大鼠中,不同部位的DEGs表達(dá)趨勢(shì)不同:海馬組織DEGs大多數(shù)呈高表達(dá),前額葉皮質(zhì)組織與紋狀體組織DEGs大多數(shù)呈低表達(dá);與此相反,在同一組織部位中,不同糖尿病類型大鼠的DEGs表達(dá)趨勢(shì)相同:兩種類型糖尿病大鼠的海馬組織DEGs均為上調(diào)模式,前額葉皮質(zhì)組織與紋狀體組織DEGs均為下調(diào)模式。因此,研究進(jìn)一步對(duì)不同類型糖尿病中表達(dá)趨勢(shì)一致的海馬組織DEGs、前額葉皮質(zhì)組織DEGs與紋狀體組織DEGs分別進(jìn)行了整合,結(jié)果顯示:T1DM與T2DM大鼠海馬組織中存在著29個(gè)相同的DEGs(24上調(diào),5下調(diào));T1DM與T2DM大鼠前額葉皮質(zhì)組織中存在著21個(gè)相同的DEGs(1上調(diào),20下調(diào));T1D與T2D大鼠紋狀體組織中存在著16個(gè)相同的DEGs(5上調(diào),11下調(diào))。圖2顯示了差異表達(dá)基因的聚類分析圖。進(jìn)一步統(tǒng)計(jì)顯示,差異表達(dá)基因Ftcd與Trim16同時(shí)存在于T1D與T2D大鼠海馬組織、前額葉皮質(zhì)組織與紋狀體組織中,提示Ftcd及Trim16可能在糖尿病大鼠的神經(jīng)系統(tǒng)病變中發(fā)揮了重要作用。
3.ROC分析(表2,圖3)運(yùn)用基因Ftcd表達(dá)值鑒別糖尿病與對(duì)照組的敏感性、特異性、曲線下面積分別為100.0%、88.9%、0.988,基因Trim16表達(dá)值鑒別糖尿病與對(duì)照組的敏感性、特異性、曲線下面積分別為100.0%、100.0%、1.000。
本文編號(hào)：2919542
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