【摘要】： B細胞表位預(yù)測是當前免疫學(xué)研究不可缺少的內(nèi)容。目前,B細胞表位的預(yù)測方法主要基于抗原蛋白的氨基酸一級結(jié)構(gòu),根據(jù)抗原蛋白的結(jié)構(gòu)特點、氨基酸的理化性質(zhì)等指標進行表位預(yù)測。但基于抗原蛋白的氨基酸一級結(jié)構(gòu)預(yù)測B細胞表位的準確性往往不高,而分子對接是目前發(fā)展起來的用于研究蛋白質(zhì)間相互作用的方法,其主要根據(jù)蛋白質(zhì)相互作用界面的形狀互補理論�；诜肿訉拥姆椒�,本文旨在建立一種新的B細胞表位預(yù)測方法。 本文的研究內(nèi)容主要包括B細胞表位數(shù)據(jù)庫的建立、異源抗體對接預(yù)測禽流感病毒(A/Aichi/2/68(H3N2))血凝素B細胞表位的可行性分析、B細胞表位預(yù)測方法的建立、GD/1/96 HA B細胞表位的預(yù)測及其與SX/2/06 HA抗原性差異分析。 本研究首先對PDB數(shù)據(jù)庫中抗原抗體復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)進行搜索、篩選,最終獲得含62個抗原抗體復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)集,并對這個數(shù)據(jù)集中抗原抗體復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)的表位特征如表位的類型、大小、面積、表位富含的氨基酸以及表位的二級結(jié)構(gòu)進行了統(tǒng)計和描述。結(jié)果表明:數(shù)據(jù)集中所有的B細胞表位均為構(gòu)象表位,約80%的B細胞表位是由跨越600-1000埃面積的13-21個氨基酸組成,表位富含極性氨基酸及帶電荷的氨基酸,且構(gòu)成表位的氨基酸的二級結(jié)構(gòu)多為loop結(jié)構(gòu)。 其次,使用異源抗體的晶體結(jié)構(gòu)同流感病毒血凝素(A/Aichi/2/68(H3N2))的晶體結(jié)構(gòu)進行剛性分子對接,預(yù)測其表位,并與其自身表位進行RMSD分析,從而探索使用這種方法預(yù)測B細胞表位的可能性,結(jié)果表明最佳的對接構(gòu)象與原晶體結(jié)構(gòu)重疊后表位殘基C-α原子的均方根偏差均小于0.6埃,表位氨基酸預(yù)測的準確性大于60%,說明異源抗體對接方法可以嘗試用于B細胞構(gòu)象表位的預(yù)測。 然后,把表位特征包括親水性、表面可及性、抗原性、可塑性、二級結(jié)構(gòu)、富含的氨基酸及保守性與異源抗體對接結(jié)合起來,建立了一套預(yù)測B細胞表位的方法,并使用該方法對抗原抗體復(fù)合物數(shù)據(jù)集中的五個已知表位的抗原進行了B細胞預(yù)測,計算了其預(yù)測表位的特異性、敏感性、及相應(yīng)的閾值,結(jié)果表明,在特異性分別為70%、75%、80%、85%、90%的情況下,敏感性為60.5%、48.8%、36.7%、30.9%、20.2%,閾值為0.34、0.36、0.39、0.42、0.47。在本文中確定0.36為閾值,相關(guān)的特異性和敏感性分別為75%和48.8%。 最后,使用本文建立的B細胞表位預(yù)測方法對GD/1/96 HA進行B細胞表位的預(yù)測。結(jié)果表明53R、66M、69E、72N、84S、86A、87N、115Q、119K、120S、121S、123S、126D、128S、129S、131V、133S、136P、137Y、138H、139G、140R、141S、152K、153K、154N、155S、161K、162R、167T、169Q、185A、189K、194P、218K、220N、221G、236N、268E、270E這些位點可能構(gòu)成GD/1/96HA的B細胞表位,并且這些位點在GD/1/96HA的空間結(jié)構(gòu)上聚為五類。結(jié)合GD/1/96HA的B細胞表位預(yù)測結(jié)果及GD/1/96HA與SX/2/06的序列比對結(jié)果,從氨基酸性質(zhì)及空間位阻入手對這兩個抗原性發(fā)生改變的毒株的差異氨基酸進行分析,結(jié)果表明,Q115K、P136S、H138L、S141P、S155N、R162V、A185T、K218Q可能是引起GD/1/96與SX/2/06抗原性發(fā)生改變的原因。 本研究中建立的B細胞表位預(yù)測方法、對GD/1/96株流感病毒HA表位的預(yù)測結(jié)果及GD/1/96與SX/2/06HA抗原性差異分析可以為實驗提供參考。
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【學(xué)位授予單位】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2009
【分類號】：R392

【引證文獻】

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1 朱盼;陳紅兵;胡純秋;李欣;羅春萍;;基于表位預(yù)測的花生過敏原Ara h6免疫交叉反應(yīng)性研究[J];食品科學(xué);2010年17期

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1 張海納;苦蕎16kD過敏原的核心表位分析[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2013年

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本文編號：2370195