幾種TLR全基因標(biāo)簽單核苷酸多態(tài)性的篩選及其臨床意義
發(fā)布時(shí)間:2018-04-14 16:40
本文選題:Toll樣受體2 + Toll樣受體4; 參考:《第三軍醫(yī)大學(xué)》2010年碩士論文
【摘要】: 研究背景: 在天然免疫反應(yīng)中,模式識(shí)別受體是最早識(shí)別病原微生物的關(guān)鍵分子。在模式識(shí)別受體中,Toll樣受體(Toll like receptor,TLR)起著關(guān)鍵的作用,能夠介導(dǎo)各種病原微生物引發(fā)的天然免疫反應(yīng)。研究發(fā)現(xiàn),在天然免疫反應(yīng)中,Toll樣受體通過(guò)其胞外區(qū)域識(shí)別病原微生物含有的不同病原相關(guān)分子模式,例如TLR2識(shí)別細(xì)菌脂蛋白,TLR4識(shí)別細(xì)菌脂多糖,TLR9識(shí)別細(xì)菌DNA等。通過(guò)臨床觀察研究發(fā)現(xiàn),不同個(gè)體對(duì)病原微生物的易感性不同。同時(shí),大量研究證實(shí)遺傳因素可能是導(dǎo)致這一現(xiàn)象的原因。本課題組以前的研究,發(fā)現(xiàn)了一些模式識(shí)別受體的基因多態(tài)性和嚴(yán)重創(chuàng)傷病人對(duì)膿毒癥的易感性和預(yù)后有明顯的關(guān)聯(lián)性,例如CD14、MD-2等。越來(lái)越多的研究發(fā)現(xiàn),TLR2、TLR4和TLR9的基因多態(tài)性可能會(huì)影響個(gè)體對(duì)感染性疾病的易感性差異。因此,我們推測(cè)TLR2、TLR4和TLR9的一些基因多態(tài)性位點(diǎn)也許可以用以進(jìn)行創(chuàng)傷病人的膿毒癥和器官障礙的風(fēng)險(xiǎn)性評(píng)估。而目前國(guó)際上尚缺乏對(duì)創(chuàng)傷病人的TLR2、TLR4和TLR9的基因多態(tài)性臨床關(guān)聯(lián)研究。 材料與方法: 1、樣本:本研究共收集557例嚴(yán)重創(chuàng)傷患者(創(chuàng)傷嚴(yán)重程度評(píng)分均大于或等于16分)血液樣本。這些患者均為中國(guó)重慶漢族人群。其中男性449例,女性108例。其年齡平均為39.8歲,創(chuàng)傷嚴(yán)重程度評(píng)分平均為26分。 2、生物信息學(xué)分析:從Hapmap數(shù)據(jù)庫(kù)中獲得研究區(qū)域內(nèi)的中國(guó)北京人群的所有SNP基因分型數(shù)據(jù)。運(yùn)用Haploview軟件(4.0版)在整個(gè)TLR2和TLR9的基因范圍內(nèi)構(gòu)建單倍域。再通過(guò)Tagger軟件挑選單倍型標(biāo)簽SNP。 3、單倍型標(biāo)簽SNP的基因分型:采用PCR-RFLP或焦磷酸測(cè)序的方法對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行基因分型。 4、細(xì)胞因子水平檢測(cè):取嚴(yán)重創(chuàng)傷患者入院后第一天全血。用ELISA方法檢測(cè)血漿細(xì)胞因子表達(dá)水平。 5、臨床關(guān)聯(lián)研究:膿毒癥診斷標(biāo)準(zhǔn):(1)有病原菌培養(yǎng)證據(jù);(2)體溫高于38.5℃或低于36.5℃;(3)白細(xì)胞計(jì)數(shù)高于10×109/L或低于4×109/L。根據(jù)患者氧合指數(shù)、血漿肌酐濃度、血漿膽紅素濃度、血壓調(diào)整后心率、血小板計(jì)數(shù)和格拉斯哥評(píng)分等變化計(jì)數(shù)器官功能障礙評(píng)分(MODS)。創(chuàng)傷ISS評(píng)分采用簡(jiǎn)明損傷定級(jí)標(biāo)準(zhǔn)(2005版)。 6、數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析:H-W平衡采用卡方檢驗(yàn)計(jì)算。利用Haploview軟件劃分連鎖不平衡區(qū)域。多態(tài)性與MODS評(píng)分、細(xì)胞因子表達(dá)水平間的關(guān)系采用單因素方差方法統(tǒng)計(jì)。等位基因計(jì)量效應(yīng)采用線性回歸分析統(tǒng)計(jì),并用年齡、性別及ISS評(píng)分校正。顯性及隱性遺傳模式下各基因型與膿毒癥發(fā)生率之間的關(guān)系采用卡方檢驗(yàn)方法統(tǒng)計(jì)。等位基因計(jì)量效應(yīng)采用多重Logister回歸分析計(jì)算,并對(duì)年齡、性別及ISS評(píng)分校正。 結(jié)果: 1、生物信息學(xué)分析:通過(guò)對(duì)中國(guó)人群TLR2全基因范圍內(nèi)的SNP篩查,發(fā)現(xiàn)整個(gè)TLR2基因范圍內(nèi)可構(gòu)建出2個(gè)單倍域,總共挑選出3個(gè)單倍型標(biāo)簽SNP位點(diǎn)(3013 A/G, 19216 T/C和22215 G/T)。在TLR9全基因范圍內(nèi)構(gòu)建了1個(gè)單倍域,挑選出啟動(dòng)子區(qū)中的-1486 A/G位點(diǎn)作為標(biāo)簽SNP。 2、創(chuàng)傷病人中的等位基因頻率和基因型的分布:通過(guò)對(duì)410例創(chuàng)傷病人進(jìn)行基因分型,發(fā)現(xiàn)TLR2基因中的3個(gè)單倍型標(biāo)簽SNP位點(diǎn)(3013 A/G, 19216 T/C和22215 G/T)的最小等位基因頻率(MAF)分別是39.5%、26.5%和47.4%。通過(guò)對(duì)303例創(chuàng)傷病人的基因分型,TLR4的-2242 T/C位點(diǎn)的MAF為42.9%。通過(guò)對(duì)557例創(chuàng)傷病人的基因分型,TLR9基因的4個(gè)重要SNP位點(diǎn)(-1486 A/G、1174 A/G、2849 C/T和6577 T/C)的MAF分別為38.8%、36.9%、37.7%和36.3%。-1237 T/C位點(diǎn)的MAF太低(0.8%)被排除出研究范圍。這些SNP位點(diǎn)基因型頻率均符合哈根平衡。 3、SNP位點(diǎn)的多態(tài)性和細(xì)胞因子產(chǎn)生水平的關(guān)聯(lián)性:通過(guò)統(tǒng)計(jì),發(fā)現(xiàn)TLR2基因的3013 A/G、19216 T/C位點(diǎn)的多態(tài)性、單倍型ATT攜帶數(shù)量和外周血白細(xì)胞在細(xì)菌脂蛋白的刺激下產(chǎn)生細(xì)胞因子TNFα、IL-8和IL-10水平的能力有明顯關(guān)聯(lián)性。TLR4基因的-1486 A/G、2849 C/T、6577 T/C位點(diǎn)的多態(tài)性、單倍型GGTC攜帶數(shù)量和創(chuàng)傷后24小時(shí)內(nèi)外周血中的TNFα水平相關(guān)。 4、SNP位點(diǎn)的臨床關(guān)聯(lián)分析結(jié)果:發(fā)現(xiàn)TLR2 19216 T/C、TLR4 -2242 T/C、TLR9 6577 T/C、TLR2基因ATT單倍型攜帶數(shù)量、TLR9基因GGTC單倍型攜帶數(shù)量和創(chuàng)傷病人的膿毒癥發(fā)生率、器官功能障礙評(píng)分具有明顯的相關(guān)性。 結(jié)論: 1、對(duì)于中國(guó)漢族人群,本研究在TLR2全基因范圍內(nèi)劃分了2個(gè)單倍域,挑選出3個(gè)標(biāo)簽SNPs(3013A/G、19216T/C、22215G/T)。在TLR9全基因范圍內(nèi)構(gòu)建了1個(gè)單倍域,挑選出啟動(dòng)子區(qū)中的-1486 A/G位點(diǎn)作為標(biāo)簽SNP。 2、TLR4的-2242 T/C位點(diǎn)、TLR2基因中的3個(gè)單倍型標(biāo)簽SNP位點(diǎn)(3013 A/G, 19216 T/C和22215 G/T)和TLR9基因中的4個(gè)重要SNP位點(diǎn)(-1486 A/G、1174 A/G、2849 C/T和6577 T/C)在中國(guó)重慶漢族人群中存在,并且均為高頻位點(diǎn)。TLR9的-1237 T/C位點(diǎn)在此人群中以極低的頻率出現(xiàn)。 3、TLR2基因的3013位點(diǎn)A等位基因、19216位點(diǎn)C等位基因和野生型單倍型ATT也許能夠減弱天然免疫細(xì)胞內(nèi)的TLR2介導(dǎo)的免疫反應(yīng)。TLR9基因的-1486位點(diǎn)G等位基因、2849位點(diǎn)T等位基因、6577位點(diǎn)C等位基因和單倍型GGTC可能會(huì)加強(qiáng)嚴(yán)重創(chuàng)傷后TLR9介導(dǎo)的天然免疫反應(yīng)。 4、TLR2 19216 T/C、TLR4 -2242 T/C、TLR9 6577 T/C這三個(gè)SNP位點(diǎn),以及TLR2基因ATT單倍型、TLR9基因GGTC單倍型也許可作為嚴(yán)重創(chuàng)傷后膿毒癥易感性的一個(gè)重要早期預(yù)警指標(biāo),用于進(jìn)行創(chuàng)傷病人的膿毒癥和器官障礙的風(fēng)險(xiǎn)性評(píng)估。
[Abstract]:......
【學(xué)位授予單位】:第三軍醫(yī)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2010
【分類(lèi)號(hào)】:R392
【參考文獻(xiàn)】
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1 KM Lammers;S Ouburg;SA Morré;JBA Crusius;P Gionchetti;F Rizzello;C Morselli;E Caramelli;R Conte;G Poggioli;M Campieri;AS Pe濼a;;Combined carriership of TLR9 -1237C and CD14 -260T alleles enhances the risk of developing chronic relapsing pouchitis[J];World Journal of Gastroenterology;2005年46期
,本文編號(hào):1750203
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