本文選題：全基因組關聯(lián)研究　切入點：基因分型　出處：《南京醫(yī)科大學》2010年碩士論文

【摘要】：近年來,全基因組關聯(lián)研究(GWAS)已成為研究人類復雜性疾病中遺傳變異的重要手段。GWAS中關心的三個主要問題分別是:檢驗效能、假陽性和研究經(jīng)費。傳統(tǒng)的研究設計是單階段病例-對照設計,但是要保證研究的檢驗效能,所需的基因分型經(jīng)費較多。在預算有限的情況,為保證研究的檢驗效能,需要良好的研究設計,因此,有人提出了二階段和多階段病例-對照設計。 本研究介紹了二階段病例-對照設計的基本原理及實施步驟,并采用模擬試驗,探討在研究預算有限的情況下,GWAS中二階段病例-對照設計的檢驗效能(Power)、總Ⅰ型錯誤率(FWER)、陽性錯誤發(fā)現(xiàn)率(FDR),并與單階段病例-對照設計比較。同時研究了不同遺傳模式(相加模式和顯性模式)、不同的致病等位基因頻率MAF、基因型相對風險GRR、不同的第二階段與第一階段平均每個SNP基因分型費用之比r條件下,對結果的影響。 本研究的主要結論如下: (1)在經(jīng)費不變的前提下,全基因組關聯(lián)研究中,二階段病例-對照設計的檢驗效能高于單階段病例-對照設計。 (2)第二階段與第一階段平均每個SNP基因分型費用之比r較高時,二階段病例-對照設計的檢驗效能有所降低。 (3)單階段病例-對照設計和二階段病例-對照設計對研究的總Ⅰ型錯誤率FWER均較好的控制在研究前預設的檢驗水準0.05左右。使用相同的檢驗水準控制研究的總Ⅰ型錯誤率FWER,二階段病例-對照設計的陽性錯誤發(fā)現(xiàn)率FDR總低于單階段病例-對照設計。
[Abstract]:In recent years, Genome-wide Association Research (GWAS) has become an important means of studying genetic variation in complex human diseases. False positives and research funds. The traditional research design is a single-stage case-control design, but in order to ensure the effectiveness of the study, more money is needed for genotyping. In the case of limited budget, in order to ensure the effectiveness of the research, Good research design is needed, so two-stage and multi-stage case-control designs have been proposed. This study introduced the basic principle and implementation steps of the two-stage case-control design, and adopted the simulation test. To explore the test effectiveness, total type 鈪，

本文編號：1699465