本文關(guān)鍵詞：埃博拉病毒包膜糖蛋白的密碼子偏愛性分析　出處：《醫(yī)學(xué)研究雜志》2015年03期 　論文類型：期刊論文

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【摘要】：目的對(duì)從2014年西非埃博拉暴發(fā)地區(qū)感染者分離的4個(gè)埃博拉病毒株基因組包膜糖蛋白編碼基因進(jìn)行密碼子偏愛性分析,為埃博拉病毒包膜蛋白基因表達(dá)中宿主系統(tǒng)選擇和密碼子優(yōu)化提供參考。方法通過Gene Bank搜索近期公布的分離自西非地區(qū)的4個(gè)埃博拉病毒株全基因組序列,獲得編碼包膜糖蛋白GP1和GP2的基因序列及蛋白編碼序列。采用EMBOSS在線預(yù)測(cè)埃博拉病毒包膜糖蛋白的密碼子偏愛性,并通過與Codon Usage Database中大腸桿菌、酵母及人的密碼子使用頻率進(jìn)行比較,篩選最適埃博拉病毒GP蛋白體外表達(dá)的宿主物種,并提供相應(yīng)密碼子優(yōu)化方案。結(jié)果埃博拉病毒基因組、GP1和GP2的Nc值均在57左右,CAI值均在0.7左右,表明其密碼子偏愛性較均一,且基因的表達(dá)水平相對(duì)較高;編碼GP1蛋白F、H、M、N、W等氨基酸和GP2蛋白D、K、N、Q、Y等氨基酸中不同密碼子使用頻率有較大差異;GP1和GP2蛋白密碼子偏愛性有共同之處也存在明顯差異。計(jì)算σGP/E.coli、σGP/Yeast、σGP/Human的比值,結(jié)果顯示GP1中2.0或0.5的數(shù)量分別為24、20和19個(gè);GP2中的數(shù)量分別為26、30和19,表明埃博拉病毒GP1和GP2蛋白與人的密碼子使用頻率較為接近。結(jié)論以密碼子偏愛性分析作為輔助手段,分析出此次流行于西非的埃博拉病毒包膜糖蛋白的密碼子偏愛性及最適表達(dá)物種及密碼子優(yōu)化方案,為體外表達(dá)GP1和GP2蛋白,從而研發(fā)埃博拉病毒檢測(cè)試劑、亞單位疫苗及基因工程抗體提供參考。
[Abstract]:Objective to analyze codon bias in genome envelope glycoprotein coding genes of 4 Ebola virus isolates from West Africa Ebola outbreak area in 2014, so as to provide references for host system selection and codon optimization in Ebola virus envelope protein gene expression. Methods the genome sequences of 4 Ebola strains isolated from West Africa were searched by Gene Bank, and the gene sequences and protein coding sequences encoding envelope glycoproteins GP1 and GP2 were obtained. The codon preference of using EMBOSS online prediction of Ebola virus glycoprotein, and with the Codon Usage Database in Escherichia coli, yeast and human codon use frequency are compared, the optimum screening of Ebola virus GP protein expression in vitro of the host species, and to provide the corresponding codon optimization scheme. The results of the Ebola virus genome, GP1 and GP2 Nc values were about 57, CAI value was about 0.7, indicated that the codon preference was uniform, and the expression level of the gene encoding GP1 protein is relatively high; F, H, M, N, W, D, amino acid and GP2 protein K, N, Q Y and other amino acids in different codon usage is different; GP1 and GP2 protein codon preference common also have obvious difference. The ratios of sigma GP/E.coli, sigma GP/Yeast and sigma GP/Human were calculated. The results showed that the number of 2 or 0.5 in GP1 was 24, 20 and 19, respectively. The number of GP2 was 26, 30 and 19 respectively, indicating that the GP1 and GP2 protein of Ebola virus were close to the frequency of human codon usage. Conclusion the codon preference analysis as auxiliary means, analysis of the codon preference of the epidemic in West Africa Ebola virus glycoprotein and the optimal expression of species and the codon optimization scheme for in vitro expression of GP1 and GP2 protein, thus developed Ebola virus detection reagents, subunit vaccine and gene engineering antibody reference.
【作者單位】： 中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院/北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院醫(yī)學(xué)生物學(xué)研究所、云南省重大傳染病疫苗研發(fā)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金資助項(xiàng)目(面上項(xiàng)目)(81171946) 云南省科技廳社會(huì)發(fā)展科技計(jì)劃項(xiàng)目(2011CA016) 云南省自然科學(xué)基金資助項(xiàng)目(2009ZC187M,2012FB188) 中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)生物學(xué)研究所重大專項(xiàng)基金資助項(xiàng)目(2014MB05ZD)
【分類號(hào)】：R373
【正文快照】： 據(jù)世界衛(wèi)生組織(World Health Organization,WHO)報(bào)道,埃博拉病毒(Ebolavirus)疫情在西非快速暴發(fā),截止2014年7月30日已有767例死亡病例,最新數(shù)據(jù)似乎表明疫情正在失控[1]。目前,為防止埃博拉病毒傳入中國(guó),邊境檢疫部門已加強(qiáng)相關(guān)檢查。因此,迅速研究針對(duì)埃博拉病毒的檢測(cè)試劑

【參考文獻(xiàn)】

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【共引文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：1342564