本文關(guān)鍵詞：部分新型腸道病毒山東地方株全基因組分析及血清流行病學(xué)研究　出處：《山東大學(xué)》2014年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

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【摘要】：[背景] 人類腸道病毒(Enteroviruses, EVs)型別眾多,通常以無(wú)癥狀的隱性感染為主,但也可引起急性弛緩性麻痹(Acute Flaccid Paralysis, AFP)、腦膜炎或腦炎、手足口病(Hand, Foot and Mouth Disease, HFMD)、急性出血性結(jié)膜炎、心肌炎、類感冒病癥等多種疾病,是重要的人類致病病原。 EVs基因組全長(zhǎng)約7.5kb,為單股正鏈RNA,包括5'端非編碼區(qū)(5'-nontranslated Region,5' NTR),編碼多聚蛋白的單一開(kāi)放讀碼框(Open Reading Frame, ORF)和3'NTR3個(gè)組成部分。1999年,Oberste等首次提出了基于EV VP1序列的分子生物學(xué)定型方法。傳統(tǒng)血清學(xué)方法無(wú)法定型的EVs陸續(xù)被鑒定出來(lái),目前已分離到40多個(gè)新型EVs基因型。其原型株的全基因組多數(shù)已經(jīng)測(cè)序完成,但其他分離株的全基因組序列信息有限。EVs進(jìn)化活躍,目前已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的新型EVs,如EV-A76, EV-B74, EV-C96等,均有點(diǎn)突變和型內(nèi)重組發(fā)生。對(duì)新型EVs全基因組特征的分析,能夠全面掌握毒株的重組和進(jìn)化特點(diǎn),并為基因組數(shù)據(jù)庫(kù)提供全面的序列信息,對(duì)于分析病毒在地區(qū)及全球的傳播情況提供參考依據(jù)。 新型EVs雖然發(fā)現(xiàn)較晚,但已與多起疾病暴發(fā)相關(guān),如EV-A71已在東亞和東南亞地區(qū)引發(fā)數(shù)起HFMD大流行,成為全球的重大公共衛(wèi)生問(wèn)題。另外,EV-B75、 EV-A76和EV-A89與2006年印度、西班牙等國(guó)家的病毒性腦炎暴發(fā)有關(guān)。某些新型EVs的感染還表現(xiàn)為發(fā)熱、消化道和／或呼吸道癥狀,常常不易鑒別,這給疾病的預(yù)防與早期診治帶來(lái)很大困難。進(jìn)行EVs血清流行病學(xué)研究能夠掌握人群中EVs抗體攜帶情況,了解人群的易感性和免疫水平的動(dòng)態(tài)變化,為疾病的預(yù)防提供參考依據(jù)。目前僅有少數(shù)新型EVs的血清流行病學(xué)研究報(bào)道。 [研究目的] 1.在前期研究的基礎(chǔ)上,繼續(xù)對(duì)發(fā)現(xiàn)的部分新型EVs山東分離株(EV-A71C2亞型,EV-B74, EV-B80, EV-B87)的全基因組特征進(jìn)行分析； 2.選擇部分新型EVs山東分離株(EV-A71C4亞型,EV-B87, EV-A90),對(duì)健康人群的血清中和抗體水平進(jìn)行檢測(cè)分析。 [研究方法] 1.對(duì)已經(jīng)鑒定出的新型EVs山東分離株(EV-A71C2亞型、EV-B74、 EV-B80、EV-B87)進(jìn)行全基因組序列測(cè)定。 2.使用BioEdit7.1.7軟件,對(duì)新型EVs山東分離株與原型株間核苷酸、氨基酸序列相似性進(jìn)行比對(duì)。 3.采用Mega4.0軟件,以鄰位法(Neighbor-joining Method)與同型分離株構(gòu)建P1、P2、P3區(qū)系統(tǒng)發(fā)生樹(shù),對(duì)新型EVs山東分離株進(jìn)行進(jìn)化重組分析。 4.使用Simplot3.5.1軟件,分析新型EVs山東分離株與同型分離株在基因組中的重組。 5.選擇部分新型EVs山東分離株(EV-A71C4亞型,EV-B87, EV-A90),對(duì)健康人群血清中和抗體水平進(jìn)行檢測(cè)分析。 [主要結(jié)果] 1.新型EVs全基因組序列特征分析 全基因組序列特征分析顯示,EV-A74、EV-B80、EV-B87的非結(jié)構(gòu)蛋白編碼區(qū)均發(fā)現(xiàn)了基因重組的證據(jù)。在該區(qū)域,EV-A74山東株與E13和E19原型株序列同源性較高；EV-B80山東株與E19、E27和E13原型株序列同源性較高；EV-B87山東株與CVB2、EV-B85和EV-B98原型株序列同源性較高。EV-B80山東株相比其原型株,在衣殼蛋白VPl編碼區(qū)3'端有36個(gè)核苷酸插入。插入位點(diǎn)正是不同基因型間衣殼蛋白編碼區(qū)長(zhǎng)度變化的區(qū)域。 EV-A71C2亞型山東株96200的全基因組序列分析發(fā)現(xiàn),96200在P1、P2和P3區(qū)與EV-A71C2亞型的澳大利亞分離株7F/AUS/6/99、臺(tái)灣分離株NCKU9822、Tainan/5746/98/TW/1998和pinf7-54A均在同一分支；與類EV-A71C2亞型臺(tái)灣分離株2008-00643僅P1區(qū)在同一分支,在P2和P3區(qū)分屬不同分支。Simplot同源重組分析發(fā)現(xiàn),在P1、P2和P3區(qū),96200與7F/AUS/6/99、NCKU9822、Tainan/5746/98/TW/1998和pinf7-54A序列相似性均超過(guò)90‰與2008-00643、EV-A71原型株BrCr及EV-A71山東地方株JN01/10的相似性,P1區(qū)明顯高于P2和P3區(qū)。 2.新型EVs血清流行病學(xué)分析 血清流行病學(xué)研究所用標(biāo)本來(lái)自2010年脊髓灰質(zhì)炎病毒中和抗體監(jiān)測(cè)用血清標(biāo)本,標(biāo)本來(lái)自10個(gè)年齡組,共計(jì)390份。EV-A71、EV-B87和EV-A90在人群中的抗體陽(yáng)性率分別為46.0%、47.0%和8.8%。EV-A71、EV-B87和EV-A90在人群中的抗體陽(yáng)性率與年齡關(guān)系較為密切,在7個(gè)月～2歲左右出現(xiàn)最低值,之后逐漸增高。 EV-A71、EV-B87和EV-A90在人群中幾何平均滴度(Geometric Mean Titer,GMT)分別為1：5.20、1：4.02和1：1.49,在7個(gè)月-2歲左右出現(xiàn)最低值,在5-14歲學(xué)齡段出現(xiàn)高值。3.5%的人群EV-A71的GMT≥1：256,符合HFMD實(shí)驗(yàn)室診斷病例的標(biāo)準(zhǔn)。僅有0.3%的調(diào)查者出現(xiàn)EV-A90的GMT≥1：256,無(wú)調(diào)查者出現(xiàn)EV-B87的GMT≥1：256。 [主要結(jié)論] 1.本研究對(duì)EV-A71C2亞型以及EV-B74、EV-B80和EV-B87型山東地方株進(jìn)行了全基因組序列分析。除EV-B74之外,其他均為國(guó)內(nèi)首次報(bào)道的全基因序列。 2. EV-A71C2亞型分離株在1996～1999年間較為保守,根據(jù)現(xiàn)有的基因組數(shù)據(jù)庫(kù)資料未發(fā)現(xiàn)重組的證據(jù)。相比1996～1999年的EV-A71C2亞型分離株,2008年臺(tái)灣類EV-A71C2亞型分離株2008-00643已經(jīng)發(fā)生了重組。 3. EV-B74、EV-B80、EV-B87山東分離株與其他EV-B組腸道病毒在P2和P3非結(jié)構(gòu)蛋白編碼區(qū)發(fā)生重組。EV-B80的基因組比對(duì)結(jié)果顯示,核苷酸的插入和缺失也是EV結(jié)構(gòu)蛋白基因進(jìn)化的機(jī)制之一。 4.7個(gè)月-2歲兒童EV-A71、EV-B87和EV-A90抗體陽(yáng)性率最低,可能是EV的易感人群。 5.EV-B87可能與某些流行的EVs間存在交叉抗體反應(yīng),人群中天然形成了EV-B87免疫屏障,由此推測(cè)EV87可能不會(huì)引發(fā)大范圍的流行。 6.EV-A90在人群中抗體陽(yáng)性率較低,而全球和國(guó)內(nèi)分離毒株相對(duì)較多,涉及地理范圍廣,需要對(duì)其加強(qiáng)監(jiān)測(cè)。 7.5-14歲年齡組兒童EV-A71、EV-B87和EV-A90中和抗體GMT最高,是感染易發(fā)生的年齡段,應(yīng)加強(qiáng)在學(xué)齡兒童中的預(yù)防工作,必要時(shí)應(yīng)研發(fā)疫苗開(kāi)展預(yù)防接種。
【學(xué)位授予單位】：山東大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號(hào)】：R373.2

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本文編號(hào)：1334618