本文關(guān)鍵詞：噬病毒體啟動(dòng)子模體的初步預(yù)測(cè)分析

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【摘要】：噬病毒體作為遺傳信息的承載者和傳播者,在生態(tài)系統(tǒng)中有著舉足輕重的作用。為了探索噬病毒體以及噬病毒體與其宿主巨病毒間的調(diào)控模式和進(jìn)化關(guān)系,本文基于MEME啟動(dòng)子預(yù)測(cè)分析工具,對(duì)噬病毒體ORF上游部分序列(包括起始密碼子ATG)中的啟動(dòng)子模體進(jìn)行了預(yù)測(cè)分析。依據(jù)預(yù)測(cè)得到的啟動(dòng)子模體E值和在基因組上的位置、數(shù)量和長(zhǎng)度等信息,共得到17個(gè)潛在的啟動(dòng)子模體。sputnik的模體2和zamilon的模體2都存在一個(gè)富含AT的區(qū)域,廣泛分布在基因組上,可能調(diào)控大部分ORF的表達(dá);mavirus啟動(dòng)子模體中存在TCTA盒子,而ALM啟動(dòng)子模體中存在ATCT盒子,這兩個(gè)模體可能為后期啟動(dòng)子模體;OLV的模體2、YSLV1和2的模體3、YSLV3的模體1以及YSLV4的模體1和2都存在富含AT的區(qū)域,廣泛存在各基因組上,為各噬病毒體的潛在啟動(dòng)子模體。該結(jié)果為進(jìn)一步研究噬病毒體ORF的表達(dá)時(shí)序及其與宿主巨病毒之間的協(xié)同調(diào)控表達(dá)奠定了一定的理論基礎(chǔ)。
【作者單位】： 上海海洋大學(xué)食品學(xué)院;上海水產(chǎn)品加工及貯藏工程技術(shù)研究中心;農(nóng)業(yè)部水產(chǎn)品貯藏保鮮質(zhì)量安全風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估實(shí)驗(yàn)室(上海);
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金資助項(xiàng)目(No.41376135) 教育部高等學(xué)校博士點(diǎn)基金(No.20133104110006) 上海市教委科研創(chuàng)新重點(diǎn)項(xiàng)目(No.14ZZ144) 上海市科委工程中心建設(shè)(No.11DZ2280300)
【分類(lèi)號(hào)】：R373
【正文快照】： 3.農(nóng)業(yè)部水產(chǎn)品貯藏保鮮質(zhì)量安全風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估實(shí)驗(yàn)室(上海),上海201306)噬病毒體(virophage)這一新的病毒類(lèi)型最早在2008年于法國(guó)巴黎的一座冷水塔中發(fā)現(xiàn)[1]。因其能伴隨著巨病毒(Giant virus,如mimivirus[1-2]、Organic lake phycodnavirus(OLPV)[3]、Cafeteriaroenbergensis vir

【共引文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 李亞?wèn)|;寸椺;;巨大病毒的發(fā)現(xiàn)及研究進(jìn)展[J];生命科學(xué);2014年08期

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前3條

1 趙霞;通過(guò)RNA-seq初步考察銅綠假單胞菌噬菌體PaP3對(duì)宿主轉(zhuǎn)錄組的全局性調(diào)控作用[D];第三軍醫(yī)大學(xué);2013年

2 張航烽;應(yīng)用SELDI-TOF MS質(zhì)譜技術(shù)構(gòu)建臨床常見(jiàn)病原菌蛋白指紋數(shù)據(jù)庫(kù)[D];瀘州醫(yī)學(xué)院;2013年

3 張稚蘭;海洋球石藻（Emiliania huxleyi）病毒兩種功能基因的克隆表達(dá)及其初步應(yīng)用研究[D];集美大學(xué);2011年

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 ;南極湖中發(fā)現(xiàn)第三種噬病毒體會(huì)快速繁殖[J];河南醫(yī)學(xué)研究;2011年02期

2 ;南極湖里發(fā)現(xiàn)第三種噬病毒體[J];水產(chǎn)養(yǎng)殖;2011年07期

3 龔岷;病毒體作為聯(lián)合疫苗的載體[J];國(guó)外醫(yī)學(xué).預(yù)防.診斷.治療用生物制品分冊(cè);1996年04期

4 陳巴特爾,劉太平;檢測(cè)“3194病毒”的一種方法[J];內(nèi)蒙古民族師院學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);1998年01期

5 ;病毒[J];科學(xué)之友;2004年06期

6 楊世誠(chéng);病毒正向人類(lèi)宣戰(zhàn)[J];科學(xué)中國(guó)人;1997年Z1期

7 卪俊;朱既明;;一種新的小白鼠病毒的研究 Ⅱ.病毒的生物學(xué)性狀[J];微生物學(xué)報(bào);1956年01期

8 聞?dòng)衩?;新現(xiàn)與再現(xiàn)的病毒及朊毒子[J];國(guó)外醫(yī)學(xué)(微生物學(xué)分冊(cè));2002年01期

9 ;納米[J];廣州醫(yī)藥;1994年04期

10 Bror Morein ,Kai Simons ,李建中;用病毒體、分子團(tuán)和其它蛋白復(fù)合物制備抗包膜病毒亞單位疫苗[J];微生物學(xué)免疫學(xué)譯刊;1987年01期

中國(guó)重要報(bào)紙全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 劉霞;南極湖中發(fā)現(xiàn)第三種噬病毒體[N];科技日?qǐng)?bào);2011年

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本文編號(hào)：1281006