本文關(guān)鍵詞：志賀菌成簇的規(guī)律間隔短回文重復(fù)序列的檢測(cè)及同源性分析

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【摘要】：目的:檢測(cè)志賀菌成簇的規(guī)律間隔短回文重復(fù)序列(CRISPR),并與GenBank全基因組中志賀菌重復(fù)序列和間隔序列對(duì)比,分析其結(jié)構(gòu)特征及同源性。方法:利用PCR法擴(kuò)增獲得志賀菌CRISPR,采用生物信息學(xué)方法對(duì)重復(fù)序列及間隔序列進(jìn)行同源性分析;運(yùn)用多序列比對(duì)分析間隔序列特點(diǎn)及其與側(cè)翼序列間的聯(lián)系;BLAST分析間隔序列與質(zhì)粒和噬菌體的同源性;weblogo分析重復(fù)序列堿基頻率及RNAfold預(yù)測(cè)其RNA二級(jí)結(jié)構(gòu);重復(fù)序列的同源聚類(lèi)分析并用BLAST分析重復(fù)序列與其他細(xì)菌的同源性。結(jié)果:被測(cè)3株臨床志賀菌及9株全基因組志賀菌中均含有不同數(shù)量CRISPR;同一個(gè)CRISPR中,間隔序列有的相似、有的完全不同,某些CRISPR間隔序列的部分序列與CRISPR側(cè)翼序列存在同源性,某些間隔序列可能是信息基因和操縱基因的拼接重組;重復(fù)序列保守性不一致,可能與細(xì)菌進(jìn)化存在一定的聯(lián)系,重復(fù)序列堿基的差異影響莖的長(zhǎng)度,從而影響二級(jí)結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性及CRISPR的功能。重復(fù)序列與個(gè)別遠(yuǎn)緣菌種具有較高的同源性。結(jié)論:志賀菌存在多樣的CRISPR結(jié)構(gòu),不同CRISPR的重復(fù)序列保守性不同。某些間隔序列部分與CRISPR側(cè)翼序列同源,某些間隔序列是多基因拼接而成。
【作者單位】： 鄭州大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院流行病學(xué)教研室;河南科技大學(xué)醫(yī)學(xué)院公共衛(wèi)生教研室;新鄉(xiāng)醫(yī)學(xué)院分子診斷與醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)技術(shù)河南省協(xié)同創(chuàng)新中心;
【基金】：國(guó)家科技重大專(zhuān)項(xiàng)基金資助課題(2013ZX10004607)
【分類(lèi)號(hào)】：R378
【正文快照】： 成簇的規(guī)律間隔短回文重復(fù)序列(clusteredregularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)是近年發(fā)現(xiàn)的一種對(duì)外源核酸片段具有獲得性免疫能力的結(jié)構(gòu),主要由一段不連續(xù)的正向重復(fù)序列和插入其中的間隔序列組成[1]。重復(fù)序列相對(duì)保守,具有回文結(jié)構(gòu),體現(xiàn)細(xì)菌在進(jìn)化中

【參考文獻(xiàn)】

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【共引文獻(xiàn)】

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【相似文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：1281004