本文關(guān)鍵詞：志賀菌成簇的規(guī)律間隔短回文重復(fù)序列的檢測及同源性分析

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【摘要】：目的:檢測志賀菌成簇的規(guī)律間隔短回文重復(fù)序列(CRISPR),并與GenBank全基因組中志賀菌重復(fù)序列和間隔序列對比,分析其結(jié)構(gòu)特征及同源性。方法:利用PCR法擴增獲得志賀菌CRISPR,采用生物信息學(xué)方法對重復(fù)序列及間隔序列進(jìn)行同源性分析;運用多序列比對分析間隔序列特點及其與側(cè)翼序列間的聯(lián)系;BLAST分析間隔序列與質(zhì)粒和噬菌體的同源性;weblogo分析重復(fù)序列堿基頻率及RNAfold預(yù)測其RNA二級結(jié)構(gòu);重復(fù)序列的同源聚類分析并用BLAST分析重復(fù)序列與其他細(xì)菌的同源性。結(jié)果:被測3株臨床志賀菌及9株全基因組志賀菌中均含有不同數(shù)量CRISPR;同一個CRISPR中,間隔序列有的相似、有的完全不同,某些CRISPR間隔序列的部分序列與CRISPR側(cè)翼序列存在同源性,某些間隔序列可能是信息基因和操縱基因的拼接重組;重復(fù)序列保守性不一致,可能與細(xì)菌進(jìn)化存在一定的聯(lián)系,重復(fù)序列堿基的差異影響莖的長度,從而影響二級結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性及CRISPR的功能。重復(fù)序列與個別遠(yuǎn)緣菌種具有較高的同源性。結(jié)論:志賀菌存在多樣的CRISPR結(jié)構(gòu),不同CRISPR的重復(fù)序列保守性不同。某些間隔序列部分與CRISPR側(cè)翼序列同源,某些間隔序列是多基因拼接而成。
【作者單位】： 鄭州大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院流行病學(xué)教研室;河南科技大學(xué)醫(yī)學(xué)院公共衛(wèi)生教研室;新鄉(xiāng)醫(yī)學(xué)院分子診斷與醫(yī)學(xué)檢驗技術(shù)河南省協(xié)同創(chuàng)新中心;
【基金】：國家科技重大專項基金資助課題(2013ZX10004607)
【分類號】：R378
【正文快照】： 成簇的規(guī)律間隔短回文重復(fù)序列(clusteredregularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)是近年發(fā)現(xiàn)的一種對外源核酸片段具有獲得性免疫能力的結(jié)構(gòu),主要由一段不連續(xù)的正向重復(fù)序列和插入其中的間隔序列組成[1]。重復(fù)序列相對保守,具有回文結(jié)構(gòu),體現(xiàn)細(xì)菌在進(jìn)化中

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前3條

1 鄧凱波;霍貴成;柳國霞;;CRISPRs在德氏乳桿菌中的檢測與同源性分析[J];東北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報;2011年11期

2 鄧凱波;霍貴成;;嗜熱鏈球菌中CRISPR序列的檢測與同源性分析[J];食品科學(xué);2013年03期

3 王建;邱少富;宋宏彬;孫巖松;;CRISPR在細(xì)菌分型和進(jìn)化中的研究進(jìn)展[J];生物技術(shù)通訊;2013年03期

【共引文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 王琳琳;王穎芳;段廣才;薛澤潤;郭向嬌;王鵬飛;郗園林;楊海燕;;志賀菌CRISPR的檢測及其與耐藥的關(guān)系[J];微生物學(xué)報;2015年04期

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 陳振鴻;質(zhì)粒編碼的超廣譜β-內(nèi)酰胺酶CTX-M-55及碳青霉烯酶NDM-1和IMP-1的分子遺傳特征研究[D];中國人民解放軍醫(yī)學(xué)院;2014年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前3條

1 方偉;德氏乳桿菌抗噬菌體菌株的篩選及抗性機理研究[D];東北農(nóng)業(yè)大學(xué);2013年

2 張建璀;枯草桿菌噬菌體TXp1的生物學(xué)特性及抗性菌株的選育[D];河南師范大學(xué);2014年

3 薛澤潤;志賀菌中CRISPR的分布及其結(jié)構(gòu)特征[D];鄭州大學(xué);2014年

【二級參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 王菲;羅恩杰;;CRISPR及其在原核生物防御系統(tǒng)中的作用[J];熱帶醫(yī)學(xué)雜志;2008年10期

2 崔玉軍;李艷君;顏焱鋒;楊瑞馥;;規(guī)律成簇的間隔短回文重復(fù):結(jié)構(gòu),功能與應(yīng)用[J];微生物學(xué)報;2008年11期

【相似文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 師潤;陳陸;王川慶;;志賀菌致病的分子機制[J];中國人獸共患病學(xué)報;2012年10期

2 顧天釗;;志賀菌侵襲上皮細(xì)胞的分子機制[J];國外醫(yī)學(xué)(微生物學(xué)分冊);1998年06期

3 陳志華;高杰英;;志賀菌侵襲上皮細(xì)胞機制的研究進(jìn)展[J];國外醫(yī)學(xué)(微生物學(xué)分冊);2001年05期

4 楊俊,韋家秀,王義光;志賀菌的質(zhì)粒圖譜分析[J];中國微生態(tài)學(xué)雜志;2003年05期

5 嚴(yán)紅莉;呂燕芬;;213例兒童志賀菌感染的菌群及藥敏分析[J];檢驗醫(yī)學(xué)與臨床;2005年05期

6 邱亞群;張倩;黃新風(fēng);孫衛(wèi);冼慧霞;;深圳市從業(yè)人員中志賀菌型分布及藥敏結(jié)果分析[J];中國熱帶醫(yī)學(xué);2006年12期

7 宋春花;張梅喜;郗園林;段廣才;;志賀菌敏感株與誘導(dǎo)耐多藥株蛋白質(zhì)組學(xué)分析[J];中國公共衛(wèi)生;2007年03期

8 陶云珍;諸麗娟;丁云芳;;蘇州地區(qū)兒童感染志賀菌的耐藥監(jiān)測[J];中國微生態(tài)學(xué)雜志;2008年01期

9 劉靜;苗元;王麗萍;崔京輝;王永全;吉彥莉;;2008—2010年北京市西城區(qū)志賀菌血清型變遷及耐藥性分析[J];職業(yè)與健康;2011年12期

10 宋春花;王穎芳;郗園林;段廣才;;志賀菌誘導(dǎo)耐多藥相關(guān)基因抑制性消減雜交法篩選[J];中國公共衛(wèi)生;2013年03期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 劉志遠(yuǎn);馬玉芝;潘健;張婷菊;康利新;劉貴建;;2011年廣安門醫(yī)院分離志賀菌特點分析及北京市志賀菌血清型流行趨勢分析[A];第四屆中國醫(yī)師協(xié)會感染科醫(yī)師大會暨傳染病診治高峰論壇、浙江省醫(yī)學(xué)會肝病、感染病學(xué)學(xué)術(shù)年會論文匯編[C];2011年

2 紀(jì)文靜;徐樨巍;董方;;兒科產(chǎn)超廣譜β內(nèi)酰胺酶志賀菌的檢測及耐藥性分析[A];中華醫(yī)學(xué)會第十五次全國兒科學(xué)術(shù)大會論文匯編（上冊）[C];2010年

3 周宏偉;胡慧敏;陳功祥;張嶸;;志賀菌流行性分析和超廣譜β-內(nèi)酰胺酶基因型研究[A];2008年浙江省檢驗醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)年會論文匯編[C];2008年

4 鄭秀峰;苑廣盈;邊鋒芝;聞新棉;孫玉國;張延芳;江超;吳耀光;;濟南地區(qū)志賀菌的耐藥性及分子流行病學(xué)研究[A];中華醫(yī)學(xué)會第七次全國中青年檢驗醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2012年

5 江舟;李珍大;張小衛(wèi);范明;邵海楓;;4種氟喹諾酮類藥對沙門菌、志賀菌的抗菌活性[A];第6次全國微生物學(xué)與免疫學(xué)大會論文摘要匯編[C];2004年

6 ;溫州地區(qū)志賀菌流行菌株的血清分型及耐藥性分析[A];2008年浙江省檢驗醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)年會論文匯編[C];2008年

7 汪雅萍;應(yīng)春妹;張灝e，

本文編號：1281004