本文關(guān)鍵詞：溶血不動(dòng)桿菌的全基因組測(cè)序及生物信息學(xué)分析

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【摘要】：部分不動(dòng)桿菌屬細(xì)菌屬于條件致病菌，能夠引起一系列的院內(nèi)感染；由于濫用抗生素等原因，耐藥性不動(dòng)桿菌已陸續(xù)被報(bào)道。溶血不動(dòng)桿菌是一類具有溶血活性和蛋白質(zhì)水解活性的不動(dòng)桿菌，近年來(lái)臨床檢出率不斷攀升，，而且出現(xiàn)了一定的耐藥性，引起了人們的廣泛關(guān)注。高通量測(cè)序技術(shù)為基因組學(xué)研究領(lǐng)域帶來(lái)變革，將該技術(shù)應(yīng)用到不動(dòng)桿菌全基因組測(cè)序中，對(duì)于探究其致病機(jī)理和耐藥機(jī)制具有重要的臨床意義。 本研究所用的溶血不動(dòng)桿菌H2063來(lái)源于天津醫(yī)科大學(xué)第二附屬醫(yī)院，藥敏實(shí)驗(yàn)證實(shí)其為敏感性菌株。利用羅氏454GS FLX Titanium和Ion torrent PGM對(duì)菌株H2063進(jìn)行了全基因組測(cè)序，并用Newbler軟件拼接后獲得15個(gè)scaffold，其間存在缺口85個(gè)。通過(guò)PCR技術(shù)補(bǔ)平scaffold內(nèi)部和之間的缺口，最終將scaffold數(shù)目降至4個(gè)，最長(zhǎng)的scaffold大小為3,418,036bp。目前基因組大小為3,502,567bp，編碼基因3398個(gè)，基因編碼序列占基因組全長(zhǎng)的87.35%。溶血不動(dòng)桿菌H2063基因組中存在10個(gè)假定的基因組島，包含了毒力因子及代謝相關(guān)蛋白的編碼基因。溶血不動(dòng)桿菌H2063基因組攜帶一個(gè)鐵載體acinetoferrin合成-轉(zhuǎn)運(yùn)基因簇，可能參與了脅迫條件下鐵離子的吸收。另外，在該基因組中還發(fā)現(xiàn)了耐藥相關(guān)的blaOXA-214-like基因和acc(6')-Ig基因，以及藥物外排系統(tǒng)編碼基因。目前，菌株H2063是拼接完成度最高的溶血不動(dòng)桿菌，這對(duì)其他菌株的拼接具有重要的參考價(jià)值。另外，作為一株敏感性菌株，溶血不動(dòng)桿菌H2063的基因組序列能夠?yàn)槠渌退幮跃甑难芯刻峁⿲?duì)照。
【學(xué)位授予單位】：天津大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號(hào)】：R378

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1 李百麗,侯云霞,劉艷梅,何慶云;溶血不動(dòng)桿菌感染病例及菌株藥敏結(jié)果分析[J];預(yù)防醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)信息;2003年01期

2 葉鈞強(qiáng);;慢性阻塞肺疾病鮑曼/溶血不動(dòng)桿菌感染探析[J];中國(guó)實(shí)用醫(yī)藥;2013年04期

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4 龍建國(guó),龍偉華,候天文,李仕英;從一重癥糖尿病人的血和痰標(biāo)本中同時(shí)檢出溶血不動(dòng)桿菌的報(bào)告[J];北京軍區(qū)醫(yī)藥;1995年06期

5 姚德宏,郝福山;從痰培養(yǎng)中分離出一株44℃可生長(zhǎng)的溶血不動(dòng)桿菌[J];臨床檢驗(yàn)雜志;1996年05期

6 尹富華,馬衛(wèi)平,孫長(zhǎng)劍,張秀榮;溶血不動(dòng)桿菌致結(jié)膜炎1例[J];邯鄲醫(yī)學(xué)高等�？茖W(xué)校學(xué)報(bào);1999年06期

7 冀玲;高杰;陳肖蕾;陶冶;付平;;擠壓綜合征合并鮑曼溶血不動(dòng)桿菌感染1例[J];華西醫(yī)學(xué);2008年04期

8 齊海妮;;老年開(kāi)胸術(shù)后機(jī)械通氣合并鮑曼溶血不動(dòng)桿菌6例的護(hù)理[J];中國(guó)誤診學(xué)雜志;2011年20期

9 汪春梅;劉衛(wèi);凌宙貴;;慢性阻塞肺疾病鮑曼/溶血不動(dòng)桿菌感染30例分析[J];中國(guó)誤診學(xué)雜志;2008年33期

10 胡素俠;曹惠;米新燕;張正亞;;ICU患者銅綠假單胞菌及鮑曼/溶血不動(dòng)桿菌的藥敏分析[J];中國(guó)實(shí)驗(yàn)診斷學(xué);2009年01期

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2 沈彬;裴福興;黃富國(guó);屠重棋;王蘭蘭;呂曉菊;易敏;張暉;;地震傷患者創(chuàng)面鮑曼/溶血不動(dòng)桿菌定植與感染的臨床研究[A];第18屆中國(guó)康協(xié)肢殘康復(fù)學(xué)術(shù)年會(huì)論文選集[C];2009年

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本文編號(hào)：1178320