本文關(guān)鍵詞：溶血不動桿菌的全基因組測序及生物信息學(xué)分析

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【摘要】：部分不動桿菌屬細(xì)菌屬于條件致病菌，能夠引起一系列的院內(nèi)感染；由于濫用抗生素等原因，耐藥性不動桿菌已陸續(xù)被報道。溶血不動桿菌是一類具有溶血活性和蛋白質(zhì)水解活性的不動桿菌，近年來臨床檢出率不斷攀升，，而且出現(xiàn)了一定的耐藥性，引起了人們的廣泛關(guān)注。高通量測序技術(shù)為基因組學(xué)研究領(lǐng)域帶來變革，將該技術(shù)應(yīng)用到不動桿菌全基因組測序中，對于探究其致病機理和耐藥機制具有重要的臨床意義。 本研究所用的溶血不動桿菌H2063來源于天津醫(yī)科大學(xué)第二附屬醫(yī)院，藥敏實驗證實其為敏感性菌株。利用羅氏454GS FLX Titanium和Ion torrent PGM對菌株H2063進行了全基因組測序，并用Newbler軟件拼接后獲得15個scaffold，其間存在缺口85個。通過PCR技術(shù)補平scaffold內(nèi)部和之間的缺口，最終將scaffold數(shù)目降至4個，最長的scaffold大小為3,418,036bp。目前基因組大小為3,502,567bp，編碼基因3398個，基因編碼序列占基因組全長的87.35%。溶血不動桿菌H2063基因組中存在10個假定的基因組島，包含了毒力因子及代謝相關(guān)蛋白的編碼基因。溶血不動桿菌H2063基因組攜帶一個鐵載體acinetoferrin合成-轉(zhuǎn)運基因簇，可能參與了脅迫條件下鐵離子的吸收。另外，在該基因組中還發(fā)現(xiàn)了耐藥相關(guān)的blaOXA-214-like基因和acc(6')-Ig基因，以及藥物外排系統(tǒng)編碼基因。目前，菌株H2063是拼接完成度最高的溶血不動桿菌，這對其他菌株的拼接具有重要的參考價值。另外，作為一株敏感性菌株，溶血不動桿菌H2063的基因組序列能夠為其他耐藥性菌株的研究提供對照。
【學(xué)位授予單位】：天津大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號】：R378

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本文編號：1178320