發(fā)布時(shí)間：2017-10-15 12:37

  本文關(guān)鍵詞：E-鈣粘附素序列模體分析

  更多相關(guān)文章： E-鈣粘附素 特征模體 結(jié)構(gòu) 功能位點(diǎn)

【摘要】：E-鈣粘附素(E-cadherin, E-cad)是一種粘附分子,是細(xì)胞粘附素家族(Ca2+dependent cell adhesion molecule family)中的一員,主要介導(dǎo)細(xì)胞間同質(zhì)粘附的鈣依賴(lài)性跨膜糖蛋白,對(duì)維持正常上皮細(xì)胞形態(tài)和結(jié)構(gòu)完整性起著重要作用。模體是蛋白質(zhì)序列中的一段保守區(qū)域,保守性通常在進(jìn)化過(guò)程中呈現(xiàn),對(duì)研究蛋白質(zhì)的功能起著重要作用。因此,通過(guò)對(duì)E-鈣粘附素序列模體的特征分析來(lái)研究E-鈣粘附素的結(jié)構(gòu)和功能具有重要意義。本文中,利用搜索序列模體的方法找到了E-鈣粘附素序列的功能模體。 為了更好地理解E-鈣粘附素的粘附機(jī)理,本文從數(shù)據(jù)庫(kù)Swiss-Prot提取了實(shí)驗(yàn)上已經(jīng)確認(rèn)的142條E-鈣粘附素序列,利用InterPro、MEME、PROSITE等分析工具對(duì)序列一致性(identity)(序列之間完全相同的部分所占的比例)小于等于25%的E-鈣粘附素序列進(jìn)行模體搜索。通過(guò)InterPro確定了14條主要的功能模體,用MEME分析得到了50個(gè)模體,最終整合InterPro、PROSITE和MEME得到了特征模體。利用這些模體可以搜尋出蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)特征,以及殘留的約束配體和生物功能的活性部位,為理論研究和生物學(xué)實(shí)驗(yàn)提供了參考。
【關(guān)鍵詞】：E-鈣粘附素 特征模體 結(jié)構(gòu) 功能位點(diǎn)
【學(xué)位授予單位】：內(nèi)蒙古大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2013
【分類(lèi)號(hào)】：R3411
【目錄】：

• 摘要4-5
• ABSTRACT5-9
• 第一章 緒論9-17
• 1.1 研究課題的背景和意義9-11
• 1.2 國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀和進(jìn)展11-13
• 1.3 本文使用的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)和模體搜索工具13-16
• 1.3.1 Swiss-Prot數(shù)據(jù)庫(kù)13-14
• 1.3.2 InterPro數(shù)據(jù)庫(kù)14-15
• 1.3.3 PROSITE數(shù)據(jù)庫(kù)15-16
• 1.3.4 MEME模體搜索工具16
• 1.4 論文結(jié)構(gòu)安排16-17
• 第二章 E-鈣粘附素序列數(shù)據(jù)集的建立17-19
• 2.1 E-鈣粘附素的概述17
• 2.2 建立E-粘附素序列的數(shù)據(jù)集17-18
• 2.3 建立E-鈣粘附素?cái)?shù)據(jù)集及序列相似性比對(duì)18-19
• 第三章 E-鈣粘附素序列模體特征分析19-29
• 3.1 從INTERPRO中提取序列模體19-21
• 3.1.1 進(jìn)行序列已知模體搜索19
• 3.1.2 搜索到的頻率較高的模體19-21
• 3.2 從PROSITE提取序列模體21-23
• 3.3 模體頻數(shù)統(tǒng)計(jì)23-25
• 3.4 從MEME中提取序列模體25-26
• 3.5 模體特征分析26-29
• 第四章 總結(jié)與展望29-31
• 4.1 全文總結(jié)29
• 4.2 展望29-31
• 參考文獻(xiàn)31-37
• 致謝37

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前3條

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3 馬淑杰;李前忠;楊烏日吐;左永春;;蛋白質(zhì)超家族模體保守性及物理化學(xué)性質(zhì)的分析[J];內(nèi)蒙古大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2009年06期

中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

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本文編號(hào)：1037170