發(fā)布時間：2017-10-15 12:37

  本文關鍵詞：E-鈣粘附素序列模體分析

  更多相關文章： E-鈣粘附素 特征模體 結構 功能位點

【摘要】：E-鈣粘附素(E-cadherin, E-cad)是一種粘附分子,是細胞粘附素家族(Ca2+dependent cell adhesion molecule family)中的一員,主要介導細胞間同質粘附的鈣依賴性跨膜糖蛋白,對維持正常上皮細胞形態(tài)和結構完整性起著重要作用。模體是蛋白質序列中的一段保守區(qū)域,保守性通常在進化過程中呈現(xiàn),對研究蛋白質的功能起著重要作用。因此,通過對E-鈣粘附素序列模體的特征分析來研究E-鈣粘附素的結構和功能具有重要意義。本文中,利用搜索序列模體的方法找到了E-鈣粘附素序列的功能模體。 為了更好地理解E-鈣粘附素的粘附機理,本文從數(shù)據庫Swiss-Prot提取了實驗上已經確認的142條E-鈣粘附素序列,利用InterPro、MEME、PROSITE等分析工具對序列一致性(identity)(序列之間完全相同的部分所占的比例)小于等于25%的E-鈣粘附素序列進行模體搜索。通過InterPro確定了14條主要的功能模體,用MEME分析得到了50個模體,最終整合InterPro、PROSITE和MEME得到了特征模體。利用這些模體可以搜尋出蛋白質的結構特征,以及殘留的約束配體和生物功能的活性部位,為理論研究和生物學實驗提供了參考。
【關鍵詞】：E-鈣粘附素 特征模體 結構 功能位點
【學位授予單位】：內蒙古大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2013
【分類號】：R3411
【目錄】：

• 摘要4-5
• ABSTRACT5-9
• 第一章 緒論9-17
• 1.1 研究課題的背景和意義9-11
• 1.2 國內外研究現(xiàn)狀和進展11-13
• 1.3 本文使用的蛋白質數(shù)據庫和模體搜索工具13-16
• 1.3.1 Swiss-Prot數(shù)據庫13-14
• 1.3.2 InterPro數(shù)據庫14-15
• 1.3.3 PROSITE數(shù)據庫15-16
• 1.3.4 MEME模體搜索工具16
• 1.4 論文結構安排16-17
• 第二章 E-鈣粘附素序列數(shù)據集的建立17-19
• 2.1 E-鈣粘附素的概述17
• 2.2 建立E-粘附素序列的數(shù)據集17-18
• 2.3 建立E-鈣粘附素數(shù)據集及序列相似性比對18-19
• 第三章 E-鈣粘附素序列模體特征分析19-29
• 3.1 從INTERPRO中提取序列模體19-21
• 3.1.1 進行序列已知模體搜索19
• 3.1.2 搜索到的頻率較高的模體19-21
• 3.2 從PROSITE提取序列模體21-23
• 3.3 模體頻數(shù)統(tǒng)計23-25
• 3.4 從MEME中提取序列模體25-26
• 3.5 模體特征分析26-29
• 第四章 總結與展望29-31
• 4.1 全文總結29
• 4.2 展望29-31
• 參考文獻31-37
• 致謝37

【參考文獻】

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中國博士學位論文全文數(shù)據庫 前1條

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本文編號：1037170