發(fā)布時間：2017-10-12 17:20

  本文關(guān)鍵詞：應用SELDI-TOF MS質(zhì)譜技術(shù)構(gòu)建臨床常見病原菌蛋白指紋數(shù)據(jù)庫

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【摘要】：目的：分析臨床常見病原菌SELDI-TOF MS蛋白指紋圖譜，篩選穩(wěn)定表達蛋白標志物，建立9種細菌蛋白指紋數(shù)據(jù)庫，運用臨床菌株對數(shù)據(jù)庫的鑒定能力進行驗證，為細菌感染的快速診斷奠定基礎(chǔ)。方法：1.收集四川省人民醫(yī)院2012年5月至2012年9月臨床分離經(jīng)全自動微生物分析儀鑒定的菌株。2.擴增16S rRNA基因?qū)毦M行分子生物學鑒定。3.通過不同點樣孔和不同Au芯片上多次重復檢測同一株細菌蛋白，分析其蛋白指紋圖譜差異，評價質(zhì)譜儀和芯片檢測細菌蛋白的重復性。4.比較3株參考菌株在不同培養(yǎng)基中蛋白指紋圖譜差異，分析不同培養(yǎng)基對細菌蛋白指紋圖譜的影響。5.比較細菌蛋白指紋圖譜在不同培養(yǎng)時間下的差異，分析培養(yǎng)時間對細菌蛋白圖譜的影響。6.比較同種細菌不同株之間蛋白指紋圖譜差異，驗證同種細菌蛋白表達的穩(wěn)定性。7.比較不同種細菌蛋白指紋圖譜差異，分析其差異。8.將收集的菌株分為建模組和驗證組：臨床分離細菌147株與7株參考菌株設為建模組，其余378株臨床分離菌株為驗證組。分別檢測其蛋白表達，分析蛋白指紋圖譜；篩選出建模組中9種細菌各自穩(wěn)定表達的蛋白峰，將數(shù)據(jù)導入自建的Fingerwave軟件，構(gòu)建細菌蛋白指紋數(shù)據(jù)庫。9.將378株驗證組細菌的蛋白峰數(shù)據(jù)導入Fingerwave軟件與蛋白指紋數(shù)據(jù)庫進行相似度比較，對蛋白指紋庫的鑒定能力進行驗證。 結(jié)果：1.收集臨床9種細菌525株，包括表皮葡萄球菌38株，鮑曼不動桿菌54株，大腸桿菌123株，肺炎克雷伯菌99株，，糞腸球菌22株，金黃色葡萄球菌50株，銅綠假單胞菌83株，屎腸球菌22株和陰溝腸桿菌34株。2.實驗菌株16S rRNA測序結(jié)果與GenBank中該菌株基因序列一致性均≥98%，鑒定為相應的細菌。3.分析同株細菌蛋白指紋圖譜，其主要蛋白峰在孔間和芯片間分子量變異系數(shù)均≤0.05%。4.比較不同培養(yǎng)基上生長的同株菌蛋白指紋圖譜，顯示在不同培養(yǎng)媒介其細菌特征蛋白恒定表達。5.不同培養(yǎng)時間對細菌蛋白表達影響很小，其蛋白指紋圖譜共有蛋白峰分子量變異系數(shù)均≤0.2%。6.同種細菌不同株之間蛋白指紋圖譜共有蛋白峰分子量變異系數(shù)均≤0.5%，細菌蛋白表達穩(wěn)定。7.在分子量3000-20000Da范圍內(nèi)，臨床常見9種細菌有各自特異的蛋白指紋圖譜。8.篩選出9種細菌蛋白指紋圖譜各自穩(wěn)定表達的蛋白峰，初步建立臨床常見9種病原菌的蛋白指紋數(shù)據(jù)庫。9.將驗證組菌株蛋白指紋數(shù)據(jù)與建立的蛋白指紋數(shù)據(jù)庫進行比對，鑒定結(jié)果的符合率分別為表皮葡萄球菌95.0%（19/20）、鮑曼不動桿菌85.3%（29/34）、大腸埃希菌96.2%（101/105）、糞腸球菌100%（11/11）、肺炎克雷伯菌88.8%（71/80）、銅綠假單胞菌90.5%（57/63）、金黃色葡萄球菌97.5%（39/40）、屎腸球菌81.8%（9/11）和陰溝腸桿菌85.7%（12/14）。 結(jié)論：利用SELDI-TOF MS技術(shù)檢測細菌蛋白結(jié)合自建Fingerwave軟件建立的蛋白指紋數(shù)據(jù)庫進行蛋白指紋數(shù)據(jù)相似度比較，可同時對9種常見臨床病原菌進行鑒定，為臨床病原菌的快速診斷提供了可能。
【關(guān)鍵詞】：細菌 表面增強激光解析電離飛行時間質(zhì)譜 蛋白指紋數(shù)據(jù)庫 鑒定
【學位授予單位】：瀘州醫(yī)學院
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2013
【分類號】：R378;TP311.13
【目錄】：

• 英漢縮略語名詞對照4-6
• 摘要6-9
• ABSTRACT9-13
• 前言13-16
• 第一部分 建立細菌蛋白指紋數(shù)據(jù)庫基礎(chǔ)16-44
• 1.1 實驗材料16-19
• 1.2 實驗方法19-23
• 1.3 結(jié)果23-40
• 1.4 討論40-44
• 第二部分 9 種細菌蛋白指紋數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建及評價44-60
• 2.1 實驗材料44-45
• 2.2 實驗方法45-46
• 2.3 結(jié)果46-58
• 2.4 討論58-60
• 全文總結(jié)60-61
• 參考文獻61-65
• 綜述65-75
• 參考文獻71-75
• 致謝75-76
• 攻讀碩士期間發(fā)表的學術(shù)論文76-77

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前5條

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本文編號：1019952