目的:采用生物信息學(xué)方法分析膽管細(xì)胞型肝癌（intrahepatic cholangiocarcinoma,ICCA）相關(guān)差異表達(dá)基因,并對差異表達(dá)基因進(jìn)行基因功能和信號通路分析,為臨床篩選ICCA發(fā)生、發(fā)展的相關(guān)分子標(biāo)志物及藥物靶點(diǎn)提供理論基礎(chǔ)。方法:從GEO數(shù)據(jù)庫下載包括正常膽管細(xì)胞型肝癌組織和癌旁組織的基因芯片（GSE322225）,該數(shù)據(jù)集包含149例膽管細(xì)胞型肝癌組織樣本和6例癌旁組織樣本。通過GEO2R工具在線分析,篩選出ICCA組織中差異表達(dá)基因（DEGs）。利用DAVID數(shù)據(jù)庫對差異表達(dá)基因進(jìn)行GO（Gene Ontology）富集分析和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）信號通路分析并對差異表達(dá)基因進(jìn)行功能注釋�；赟TRING數(shù)據(jù)庫,構(gòu)建蛋白互作（protein-protein interaction,PPI）調(diào)控網(wǎng)絡(luò),利用其中的MCC算法篩選具有高度連接性的關(guān)鍵基因�；赥CGA數(shù)據(jù)庫在線軟件分析關(guān)鍵基因的表達(dá)情況和預(yù)后效應(yīng)。結(jié)果:共篩選出209個(gè)膽管細(xì)胞型肝癌差異表達(dá)基因,包括149個(gè)上調(diào)的基因和60個(gè)下調(diào)的... 

【文章來源】：吉林大學(xué)吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：48 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

差異表達(dá)基因火山圖

圖 2 差異表達(dá)基因熱圖Figure2 Heat map of differential expression gene3.2 DEGs 的 GO 功能富集分析用 DAVID 6.8 在線軟件對 149 個(gè)上調(diào)基因和 60 個(gè)下調(diào)基因進(jìn)行 GO 功能富集分析，結(jié)果顯示：上調(diào)基因中有 23 個(gè)基因富集呈顯著性( P＜0.05) ，下調(diào)基因中有 30 個(gè)基因富集呈顯著性( P＜0. 05) 。表 1 列出前 10 位膽管細(xì)胞型肝癌差異表達(dá)基因富集類別。上調(diào)基因涉及 RNA 聚合酶 II 啟動子轉(zhuǎn)錄的正調(diào)控、poly(A) RNA 結(jié)合、RNA拼接等基因轉(zhuǎn)錄過程中的生物學(xué)調(diào)控；下調(diào)基因涉及花生四烯酸環(huán)氧合酶活性、類固醇羥化酶活性、氧化代謝、各種細(xì)胞膜及細(xì)胞器膜等

第 3 章 結(jié) 果物過程(表 4)。用 TCGA 數(shù)據(jù)庫進(jìn)一步驗(yàn)證其中的關(guān)鍵基因，模塊 A中的基因 CYP2B6、CYP2A6 和 CYP4A1 在膽管細(xì)胞型肝癌組織中呈低表達(dá)（圖 5A, B, C），生存分析結(jié)果顯示它們中僅 CYP2B6 低表達(dá)對患者的預(yù)后有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（圖5, D）。模塊B的基因DHX16和SF3B2呈高表達(dá)，U2SURP 在 ICCA 中低表達(dá)，并且生存分析結(jié)果顯示DHX16、SF3B2 和 U2SURP 的表達(dá)情況與患者的預(yù)后無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]肝細(xì)胞癌分子靶向治療進(jìn)展[J]. 陳萬勇,任寧.  臨床肝膽病雜志. 2018(07)
[2]細(xì)胞外基質(zhì)蛋白SRPX2促進(jìn)HUVECs血管生成能力[J]. 樊江浩,劉揆亮,周躍,吳靜.  基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)與臨床. 2015(10)



本文編號：3491288