本文關(guān)鍵詞：三陰性乳腺癌細(xì)胞樣本RNA-Seq數(shù)據(jù)分析

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【摘要】：乳腺癌是一種嚴(yán)重威脅女性健康的多基因遺傳性惡性腫瘤,發(fā)病率呈逐年上升并且年輕化的趨勢。有報道表明三陰性乳腺癌患者約占乳腺癌患者總數(shù)的20%左右,但卻幾乎是最難以治療的,通常情況下預(yù)后差且生存率低。在中國,乳腺癌的發(fā)病率遠(yuǎn)低于歐美國家,但死亡率卻顯著高于歐美,這與我們國家醫(yī)療水平及對乳腺癌的認(rèn)識和預(yù)防措施不到位有關(guān)。因此三陰性乳腺癌的基礎(chǔ)研究可為該疾病的診斷和治療提供依據(jù)。我們通過分析三陰性乳腺癌細(xì)胞和正常乳腺細(xì)胞的RNA-seq數(shù)據(jù)得到如下結(jié)果:1.正常乳腺細(xì)胞、基底樣乳腺癌細(xì)胞和管腔樣乳腺癌細(xì)胞共15個細(xì)胞樣本的RNA-seq數(shù)據(jù)聚類分析得到兩類細(xì)胞樣本,正常乳腺細(xì)胞聚為一類,乳腺癌細(xì)胞聚為一類。WGCNA分析得到4個modules,分別是與乳腺癌細(xì)胞相關(guān)的black module,與基底樣乳腺癌細(xì)胞相關(guān)的brown module,與管腔樣乳腺癌相關(guān)的cyan module,與正常乳腺細(xì)胞相關(guān)的magenta module。2.正常乳腺細(xì)胞中l(wèi)ncRNA的數(shù)量是乳腺癌細(xì)胞中的3.53倍,由此我們可以推測出在乳腺癌細(xì)胞中l(wèi)ncRNA表達(dá)下調(diào)。lncRNA表達(dá)情況很明顯分成四個部分,第一部分是在正常乳腺細(xì)胞中高表達(dá),第二部分是基底樣乳腺癌細(xì)胞中高表達(dá),第三部分是在管腔樣乳腺癌細(xì)胞中高表達(dá),最后一部分是在正常乳腺細(xì)胞里低表達(dá),在兩種乳腺癌細(xì)胞中都高表達(dá)的lncRNA。3.我們通過cuffdiff軟件處理數(shù)據(jù)得到基底樣乳腺癌細(xì)胞和正常乳腺細(xì)胞的差異基因數(shù)為5480個,管腔樣乳腺癌細(xì)胞和正常乳腺細(xì)胞的差異基因數(shù)為5027個,基底樣乳腺癌細(xì)胞和管腔樣乳腺癌細(xì)胞的差異基因數(shù)為3066個。4.管腔樣乳腺癌細(xì)胞與正常乳腺細(xì)胞的差異基因和基底樣乳腺癌細(xì)胞與正常的乳腺細(xì)胞的差異基因GO分析都有類似的結(jié)論,即乳腺癌細(xì)胞與正常乳腺細(xì)胞的差異基因富集在翻譯(GO:0006412~translation)及翻譯相關(guān)的生物學(xué)途徑(GO:0006414~translational elongation),KEGG分析結(jié)果也證實了差異基因富集在核糖體信號通路(hsa03010:Ribosome)。我們推測這可能是由于乳腺癌細(xì)胞大量增殖,需要很多的營養(yǎng)物質(zhì)。5.管腔樣乳腺癌細(xì)胞和基底樣乳腺癌細(xì)胞的差異基因則主要富集在胰腺癌(Pancreatic cancer)、膀胱癌(Bladder cancer)、系統(tǒng)性紅斑狼瘡(Systemic lupus erythematosus)、結(jié)直腸癌(Colorectal cancer)等疾病通路,可以推測出各個病理狀態(tài)下一些基因功能發(fā)生了改變。
【關(guān)鍵詞】：乳腺癌細(xì)胞 正常乳腺細(xì)胞 GO KEGG
【學(xué)位授予單位】：南昌大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：R737.9
【目錄】：

• 摘要3-5
• ABSTRACT5-8
• 第一章 緒論8-15
• 1.1 乳腺癌研究進展8-9
• 1.2 長片段非編碼RNA及其在腫瘤中的研究9-12
• 1.3 轉(zhuǎn)錄組及測序技術(shù)的發(fā)展應(yīng)用12-15
• 第二章 數(shù)據(jù)分析流程15-18
• 2.1 分析數(shù)據(jù)來源15
• 2.2 RNA-seq數(shù)據(jù)分析流程15-16
• 2.3 WGCNA分析流程16
• 2.4 Gene Ontology16-17
• 2.5 KEGG17-18
• 第三章 乳腺癌中差異表達(dá)基因的分析結(jié)果18-38
• 3.1 WGCNA分析結(jié)果18-23
• 3.2 每個module中基因與性狀的相關(guān)系數(shù)23-24
• 3.3 module中l(wèi)ncRNA的表達(dá)情況24-28
• 3.4 差異基因表達(dá)熱圖和PCA分析結(jié)果28-32
• 3.4.1 差異基因的heatmap28-31
• 3.4.2 差異基因PCA圖31-32
• 3.5 差異基因GO和KEGG pathway分析結(jié)果32-38
• 第四章 結(jié)論與展望38-40
• 4.1 結(jié)論38-39
• 4.2 展望39-40
• 致謝40-41
• 參考文獻(xiàn)41-48

【相似文獻(xiàn)】

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