本文關(guān)鍵詞：長鏈非編碼RNA—UCA1影響胃癌進(jìn)展的機(jī)制研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目的長鏈非編碼RNA(long noncoding RNA,lnc RNA)是一類無蛋白編碼功能的基因組轉(zhuǎn)錄本。lnc RNA通過多種調(diào)控機(jī)制影響生物體的正常生物學(xué)過程和腫瘤等疾病的發(fā)生發(fā)展。本研究通過轉(zhuǎn)錄組芯片和RNA測序(RNA sequencing,RNAseq)數(shù)據(jù)分析,篩選出與胃癌相關(guān)的lnc RNA。我們發(fā)現(xiàn)lnc RNA-尿路上皮癌相關(guān)1(urothelial cancer associated 1,UCA1)在胃癌中高表達(dá)并探討其影響胃癌進(jìn)展的可能機(jī)制。方法1.利用多組轉(zhuǎn)錄組表達(dá)芯片和RNAseq數(shù)據(jù)分析UCA1在胃癌組織中的表達(dá)水平。利用在線工具c Bio Portal(http://www.cbioportal.org/)分析UCA1基因在胃癌中拷貝數(shù)的變異情況;癌癥基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas,TCGA)數(shù)據(jù)分析UCA1表達(dá)水平與胃癌臨床病理因素的關(guān)聯(lián)性。2.實(shí)時(shí)定量RT-PCR技術(shù)檢測UCA1在胃癌細(xì)胞株中的相對表達(dá)水平,并以胃癌細(xì)胞株AGS為模型,采用RNA-熒光原位雜交(fluorescent in situ hybridization,FISH)分析UCA1在AGS細(xì)胞中的定位情況。3.利用si RNA瞬時(shí)下調(diào)UCA1表達(dá),MTT檢測細(xì)胞增殖;流式細(xì)胞術(shù)檢測細(xì)胞周期和凋亡。4.利用慢病毒sh RNA穩(wěn)定下調(diào)UCA1表達(dá),細(xì)胞計(jì)數(shù)、高內(nèi)涵分析和平板克隆實(shí)驗(yàn)檢測細(xì)胞增殖;細(xì)胞劃痕、高內(nèi)涵分析實(shí)驗(yàn)和Transwell實(shí)驗(yàn)分別檢測細(xì)胞遷移和轉(zhuǎn)移。5.分析TCGA的mi Rseq數(shù)據(jù)中差異表達(dá)的mi RNA,并預(yù)測它們與UCA1的相互作用關(guān)系。6.蛋白質(zhì)質(zhì)譜技術(shù)分析受UCA1調(diào)控的蛋白質(zhì)。結(jié)果1.胃癌轉(zhuǎn)錄組芯片數(shù)據(jù)和RNAseq數(shù)據(jù)分析均表明,UCA1在胃癌中高表達(dá);它的表達(dá)水平與其基因組變異和胃癌患者的臨床病理因素均無關(guān)。2.相對于正常胃黏膜上皮細(xì)胞GES,UCA1在胃癌AGS細(xì)胞中顯著高表達(dá)。RNA-FISH實(shí)驗(yàn)證明它主要定位在細(xì)胞質(zhì)中。3.利用si RNA沉默UCA1后明顯抑制胃癌細(xì)胞增殖,阻滯細(xì)胞于G1/S期,但并未誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡。機(jī)制研究發(fā)現(xiàn),UCA1能夠通過調(diào)控周期素依賴激酶抑制劑1B(cyclin-dependent kinase inhibitor 1B,CDKN1B)和細(xì)胞分裂周期蛋白25B(cell division cycle 25B,CDC25B)改變細(xì)胞周期分布影響細(xì)胞增殖。4.sh RNA穩(wěn)定下調(diào)UCA1表達(dá)后抑制胃癌細(xì)胞增殖、遷移和轉(zhuǎn)移。5.發(fā)現(xiàn)mi R-143是潛在的UCA1相互調(diào)控分子,且下調(diào)UCA1能明顯降低mi R-143的下游靶分子己糖激酶2(hexokinase 2,HK2)的表達(dá)水平。6.質(zhì)譜結(jié)果表明,下調(diào)UCA1能夠改變與腫瘤相關(guān)的多種信號(hào)通路,如細(xì)胞周期、細(xì)胞黏附和TP53信號(hào)通路等。結(jié)論基于分析胃癌轉(zhuǎn)錄組芯片和RNAseq數(shù)據(jù),我們篩選出與胃癌細(xì)胞增殖、遷移和轉(zhuǎn)移相關(guān)的lnc RNA-UCA1,并探討了它影響胃癌細(xì)胞多種表型變化的分子機(jī)制,發(fā)現(xiàn)UCA1能夠通過調(diào)控CDKN1B和CDC25B改變細(xì)胞周期分布從而影響細(xì)胞增殖;它還通過結(jié)合mi R-143調(diào)控HK2表達(dá)影響胃癌細(xì)胞糖代謝過程。此外,UCA1能夠調(diào)控TP53和p-AKT表達(dá)影響胃癌細(xì)胞增殖和轉(zhuǎn)移。總之,本研究為胃癌的治療提供了潛在的新靶點(diǎn)。
【關(guān)鍵詞】：長鏈非編碼RNA 胃癌 UCA1 細(xì)胞增殖 腫瘤轉(zhuǎn)移
【學(xué)位授予單位】：寧波大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R735.2
【目錄】：

• 摘要4-6
• Abstract6-11
• 引言11-13
• 1 主要內(nèi)容與技術(shù)路線13-15
• 1.1 主要內(nèi)容13-14
• 1.1.1 胃癌表達(dá)譜芯片分析和生物信息學(xué)篩選13
• 1.1.2 分析UCA1基因組變異和與臨床病理因素的關(guān)系13
• 1.1.3 分析UCA1在胃癌細(xì)胞株中的表達(dá)水平及其亞細(xì)胞定位13
• 1.1.4 siRNA下調(diào)UCA1表達(dá)對胃癌細(xì)胞生物學(xué)功能的影響13
• 1.1.5 慢病毒穩(wěn)定下調(diào)UCA1表達(dá)對胃癌細(xì)胞表型的影響13
• 1.1.6 探討UCA1影響胃癌細(xì)胞功能的可能機(jī)制13-14
• 1.2 技術(shù)路線14-15
• 2 材料和方法15-26
• 2.1 實(shí)驗(yàn)材料15-16
• 2.1.1 主要儀器15
• 2.1.2 主要試劑15-16
• 2.2 實(shí)驗(yàn)方法16-26
• 2.2.1 胃癌lncRNA芯片分析和生物信息學(xué)篩選lncRNA16
• 2.2.2 公共數(shù)據(jù)驗(yàn)證UCA1在胃癌組織中的表達(dá)情況16-17
• 2.2.3 lncRNA的編碼潛能分析17
• 2.2.4 細(xì)胞培養(yǎng)17
• 2.2.5 細(xì)胞RNA提取及定量17
• 2.2.6 實(shí)時(shí)定量RT-PCR檢測RNA表達(dá)水平17-19
• 2.2.7 RNA熒光原位雜交實(shí)驗(yàn)19
• 2.2.8 siRNA干擾設(shè)計(jì)及轉(zhuǎn)染19-20
• 2.2.9 MTT檢測細(xì)胞增殖實(shí)驗(yàn)20
• 2.2.10 流式細(xì)胞術(shù)檢測細(xì)胞周期和凋亡20-21
• 2.2.11 RNA干擾慢病毒構(gòu)建及細(xì)胞感染21
• 2.2.12 細(xì)胞病毒感染21-22
• 2.2.13 細(xì)胞增殖實(shí)驗(yàn)22
• 2.2.14 細(xì)胞遷移實(shí)驗(yàn)22-23
• 2.2.15 Transwell實(shí)驗(yàn)分析細(xì)胞轉(zhuǎn)移實(shí)驗(yàn)23
• 2.2.16 Western Blot23
• 2.2.17 質(zhì)譜技術(shù)23-25
• 2.2.18 統(tǒng)計(jì)分析25-26
• 3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果26-40
• 3.1 胃癌相關(guān)lncRNA芯片分析及生物信息學(xué)篩選26-27
• 3.2 UCA1在胃癌組織中表達(dá)水平的驗(yàn)證及其基因組變異分析27-30
• 3.3 UCA1的表達(dá)水平與胃癌臨床病理因素分析30
• 3.4 UCA1在胃癌細(xì)胞株中表達(dá)水平檢測及其亞細(xì)胞定位分析30-31
• 3.5 UCA1功能的初步驗(yàn)證31-34
• 3.6 慢病毒穩(wěn)定下調(diào)UCA1明顯抑制AGS細(xì)胞增殖、遷移和轉(zhuǎn)移34-37
• 3.7 UCA1影響AGS細(xì)胞多種表型的分子機(jī)制的初步探討37-40
• 4 討論40-42
• 5 總結(jié)42-43
• 參考文獻(xiàn)43-47
• 附錄A 數(shù)據(jù)庫鏈接和縮略詞表47-49
• 附錄B 綜述49-68
• 參考文獻(xiàn)63-68
• 在學(xué)研究成果68-69
• 致謝69

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本文編號(hào)：487787