本文關(guān)鍵詞：KI多瘤病毒全基因組序列測定和種系分析

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【摘要】：目的了解KI多瘤病毒(karolinska institutet polyomavirus,KIPyV)在我國福州兒童呼吸道感染中的檢出情況及與呼吸道疾病的關(guān)系,并對毒株進(jìn)行全基因組序列測定和種系分析。方法收集2007年11月~2014年3月在福建省福州市婦幼保健院因呼吸道感染住院的重癥監(jiān)護(hù)病房(PICU)的235例小兒鼻咽抽取物樣本,通過巢式PCR擴(kuò)增法用2對特異引物對KIPyV的VP1基因片段進(jìn)行檢測。對檢測出的1株KIPyV(FZ52)用4對全基因序列引物進(jìn)行擴(kuò)增和拼接,獲得該株病毒的全基因組序列,上傳GenBank并與基因庫中國外其他8株KIPyV的全基因組序列和氨基酸序列進(jìn)行比對,并做種系分析。結(jié)果從中發(fā)現(xiàn)1例KIPyV感染陽性病例,檢測陽性率為0.4%,沒有檢測出KIPyV與其他呼吸道病毒的混合感染,如甲、乙型流感病毒(influenza type A or B virus,Flu A or B)、呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)、人偏肺病毒(human metapnumovirus,HMPV)、人博卡病毒(human bocavirus,HBoV)、WU多瘤病毒(WU polyomavirus,WUPyV)等。與參考株斯德哥爾摩的S60相比,有8個核苷酸不同,推導(dǎo)出的氨基酸序列有3處不同。同時,也將該序列與國內(nèi)毒株的部分核苷酸序列進(jìn)行比對分析。FZ52株與斯德哥爾摩的S380株關(guān)系較近,FZ52株、S380株與聚成一簇的S350株和布里斯班的B003株關(guān)系較近。結(jié)論種系分析顯示中國福建福州的FZ52株與瑞典的S380株關(guān)系最近。
【作者單位】： 福建省疾病預(yù)防控制中心;福建省人獸共患病研究重點實驗室;福建醫(yī)科大學(xué)教學(xué)醫(yī)院福建省婦幼保健院;
【關(guān)鍵詞】： KI多瘤病毒 全基因組 序列測定 種系分析
【基金】：福建省醫(yī)學(xué)創(chuàng)新課題(2011-CX-20)
【分類號】：R373
【正文快照】： KI多瘤病毒(karolinska institutet polyoma-virus,KIPyV)[1]是多瘤病毒科多瘤病毒屬的新成員,近年來發(fā)現(xiàn)與人類呼吸道和胃腸道等感染有關(guān)。多瘤病毒(polyomaviridae)是無包膜病毒,直徑40~50nm,其二十面體衣殼內(nèi)含一個小的環(huán)狀、雙鏈DNA基因組,基因組全長約5×103 bp。多瘤病

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