發(fā)布時間：2017-09-07 11:46

  本文關(guān)鍵詞：細(xì)粒棘球絳蟲原頭蚴mRNA測序及表達(dá)譜分析

  更多相關(guān)文章： 原頭蚴 轉(zhuǎn)錄組學(xué) 生物信息分析 表達(dá)譜

【摘要】：目的通過對細(xì)粒棘球絳蟲原頭蚴的mRNA的測序及表達(dá)譜分析,初步建立起細(xì)粒棘球絳蟲原頭蚴的表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫,了解細(xì)粒棘球絳蟲原頭蚴基因表達(dá)及蛋白構(gòu)成情況,為全面了解細(xì)粒棘球絳蟲原頭蚴生物學(xué)特征及寄生蟲與宿主之間的關(guān)系奠定基礎(chǔ)并為新的診斷方法、篩選新的藥物靶點和疫苗候選分子選擇提供理論依據(jù)。方法用TRIZOL法提取人源細(xì)粒棘球絳蟲原頭蚴的總RNA,構(gòu)建細(xì)粒棘球蚴的轉(zhuǎn)錄組測序文庫,Illumina的solexa測序平臺對RNA進(jìn)行測序并進(jìn)行生物信息學(xué)分析。結(jié)果測序結(jié)果去雜后得到2G數(shù)據(jù),通過從頭拼接我們得到18 569個contig,這些contig的總長度為71 329bp,contig平均長度為384bp,最小的contig長度為201bp,最大contig長度為4 618bp,N50(覆蓋50%所有核苷酸的最大序列重疊群的長度)為384bp。預(yù)測得到unigene為9 029條,將這9 029條基因與NCBI的nr數(shù)據(jù)庫做blast比對,最終有7 441條unigene具有同源比對信息。結(jié)論根據(jù)GO分析可以發(fā)現(xiàn),共有10 550條unigene與數(shù)據(jù)庫中的基因有較高同源性,且較多的unigene可以與多條基因相對應(yīng),一共建立了10 550條對應(yīng)關(guān)系。通過與KEGG數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對分析,細(xì)粒棘球絳蟲原頭蚴的轉(zhuǎn)錄組中有4 731條unigene得到注釋,這4 731個得到注釋的基因位于241條代謝通路中,這些代謝通路分別與代謝過程,基因信息過程,環(huán)境相關(guān)過程,細(xì)胞過程及與人類疾病相關(guān)。
【作者單位】： 寧夏醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)科學(xué)技術(shù)研究中心;寧夏疾病預(yù)防控制中心;寧夏醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與細(xì)胞生物學(xué)系;
【關(guān)鍵詞】： 原頭蚴 轉(zhuǎn)錄組學(xué) 生物信息分析 表達(dá)譜
【基金】：寧夏教育廳基金(NGY2010041)資助~~
【分類號】：R383.3
【正文快照】： 寧夏教育廳基金(NGY2010041)資助細(xì)粒棘球蚴病(echinococcosis)也被稱為囊性包蟲病(hydatid disease)是一種人獸共患的寄生蟲病。包蟲病影響范圍廣泛,具有全球性分布趨勢,在各個大陸基本都有包蟲病被發(fā)現(xiàn),有報道顯示100個國家都存在包蟲病患者[1]。包蟲病嚴(yán)重危害人畜健康,該

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【共引文獻(xiàn)】

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10 王曉s，

本文編號：809370