本文關(guān)鍵詞：埃博拉病毒包膜糖蛋白二級結(jié)構(gòu)及B細(xì)胞表位的預(yù)測

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【摘要】：目的預(yù)測并分析從2014年西非埃博拉出血熱暴發(fā)地區(qū)感染患者分離的扎伊爾型病毒株包膜糖蛋白(glycoprotein,GP)的二級結(jié)構(gòu)及B細(xì)胞表位。方法通過Gen Bank搜索近期公布的分離自西非地區(qū)的扎伊爾型埃博拉病毒株基因組,獲得GP1、GP2和s GP 3種包膜糖蛋白的基因及氨基酸序列,采用互聯(lián)網(wǎng)服務(wù)器在線預(yù)測其二級結(jié)構(gòu)及B細(xì)胞表位,并分析蛋白的各種氨基酸組成比例及可能的蛋白結(jié)合位點,通過親/疏水性等參數(shù)判斷氨基酸序列中可能暴露在蛋白結(jié)構(gòu)表面或隱藏在內(nèi)部的區(qū)段。結(jié)果在編碼GP1、GP2和s GP的氨基酸中,占組成比例最多的均為蘇氨酸。GP1和s GP可能的蛋白結(jié)合位點較多,且整個蛋白暴露于表面的區(qū)域和隱藏區(qū)域呈均勻相間分布;GP2結(jié)構(gòu)較前二者特殊,存在一個暴露在蛋白結(jié)構(gòu)表面的大片段的無序結(jié)構(gòu)區(qū)域。GP1 N-末端第20~37和166~186區(qū)段,GP2 N-末端第361~379區(qū)段,s GP N-末端第20~37和166~185區(qū)段,可能為跨膜螺旋結(jié)構(gòu)。s GP可能存在4個含有二硫鍵的區(qū)域。B細(xì)胞表位分析結(jié)果顯示,GP1和GP2中疏水區(qū)域主要集中在N-末端第1~325位氨基酸之間;親水區(qū)域主要集中在N-末端第326~676位氨基酸之間;親水與疏水區(qū)域分界明顯,幾乎無交叉;可能存在2個線性表位,分別位于N-末端第324~450、461~676區(qū)段;預(yù)測共存在25個可能形成構(gòu)象表位的氨基酸位點或序列,其中可能性在90%以上的位點或序列有6個。結(jié)論通過對此次流行于西非的埃博拉病毒包膜糖蛋白的二級結(jié)構(gòu)及可能性B細(xì)胞表位的預(yù)測,為實驗確定埃博拉病毒包膜糖蛋白的結(jié)構(gòu)與功能、B細(xì)胞表位免疫識別以及埃博拉病毒預(yù)防、治療和診斷制品的研發(fā)提供了參考。
【作者單位】： 中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院醫(yī)學(xué)生物學(xué)研究所云南省重大傳染病疫苗研發(fā)重點實驗室;
【關(guān)鍵詞】： 埃博拉病毒 糖蛋白 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu) B細(xì)胞表位
【基金】：國家自然科學(xué)基金面上項目(81171946) 云南省科技廳社會發(fā)展科技計劃項目(2011CA016) 云南省自然科學(xué)基金項目(2009ZC187M,2012FB188)
【分類號】：R373.9;R392.11
【正文快照】： 表1 GP編碼基因及氨基酸序列相關(guān)信息Tab 1.Data on gene and amino acid sequences of GP蛋白名稱基因位置核苷酸長度(bp)氨基酸長度(aa)氨基酸序列GP1 5 918~6 802 885 294 MGVTGILQLPRDRFKRTSFFLWVIILFQRTFSIPLGVIHNSTLQVSDVDKLVCRD-KLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSVTKRWGFRSGV

【共引文獻(xiàn)】

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【相似文獻(xiàn)】

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本文編號：685288