本文關(guān)鍵詞：北京地區(qū)分離的對氨基水楊酸耐藥結(jié)核分枝桿菌的分子特征分析

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【摘要】：結(jié)核病是全球公共衛(wèi)生的重大威脅,尤其是對發(fā)展中國家。中國是全球僅次于印度的結(jié)核病高負(fù)擔(dān)國家,根據(jù)國家衛(wèi)生與計劃生育委員會發(fā)布的2012衛(wèi)生公報,我國結(jié)核病的發(fā)病人數(shù)是951,508/年,居于法定傳染病報告發(fā)病數(shù)第二位。結(jié)核分枝桿菌(Mycobacterium tuberculosis M. tuberculosis)是引起結(jié)核病的主要病原體,屬于分枝桿菌屬(Mycobacterium)。此外,分枝桿菌屬中的非結(jié)核分枝桿菌(Non-tuberculosis mycobacterium NTM)也與臨床耐藥非結(jié)核分枝桿菌病的發(fā)生密切關(guān)聯(lián)。近年來,耐多藥結(jié)核(multi-drug resistance TB, MDR-TB,至少對異煙肼和利福平耐藥)和廣泛耐藥結(jié)核(extensively-drug resistance, XDR-TB,不僅對異煙肼和利福平耐藥,還至少對一種氟喹諾酮類藥物及一種注射劑耐藥)的流行給結(jié)核病防治帶來了極大的挑戰(zhàn)。對氨基水楊酸(PAS)是治療MDR-TB的重要的藥物,PAS耐藥性菌株的出現(xiàn)將會導(dǎo)致治療失敗。本研究以近年來北京地區(qū)出現(xiàn)的205株P(guān)AS耐藥臨床分離株為研究對象,利用16S rDNA種屬鑒定,間隔區(qū)寡核苷酸分子分型以及耐藥相關(guān)基因(folC, thy A, ribD)型別分析等方法,系統(tǒng)地分析了對氨基水楊酸耐藥結(jié)核分枝桿菌的分子型別特征。結(jié)果顯示PAS耐藥結(jié)核分枝桿菌中約有90%的菌株屬于北京基因型,其中有65%的PAS耐藥結(jié)核分枝桿菌存在耐藥相關(guān)基因突變現(xiàn)象。同時臨床PAS高耐藥菌株也與多種NTM感染關(guān)聯(lián)。本研究顯示了北京地區(qū)PAS耐藥結(jié)核分枝桿菌的分子特征,揭示臨床PAS耐藥株主要是由于M. tuberculosis葉酸代謝途徑中的關(guān)鍵酶編碼基因突變導(dǎo)致。該結(jié)果將為臨床耐藥檢測分子生物學(xué)診斷產(chǎn)品的開發(fā)、分子流行病學(xué)研究提供參考。 腦膜炎奈瑟氏菌(Neisseria meningitidis)是世界范圍內(nèi),引起兒童和青少年流行性腦脊髓膜炎和敗血癥的主要病原體。腦膜炎奈瑟菌是革蘭陰性雙球菌,人類是其唯一宿主。在中國,A群腦膜炎奈瑟菌是主要的流行菌株,ST-5在2000年之前是主要流行型別,2000年之后ST-7取代ST-5成為主要的流行型別。獲得目前中國流行的A群ST-7型別的腦膜炎奈瑟菌的全基因組序列能夠幫助我們了解ST-7的進化背景和流行特征。因此我們對A群ST-7腦膜炎奈瑟菌NMA510612進行了全基因組測序,NMA510612是分離自2006年中國四川省一個細(xì)菌性腦膜炎病人的腦脊液。 本研究采用454焦磷酸測序技術(shù)(Roche)結(jié)合傳統(tǒng)的的Sanger測序技術(shù)完成了A群NMA510612的全基因組精確圖繪制,并對其進行分析。NMA510612的基因組全長2.1Mbp,其GC含量為51.5%,編碼2461個蛋白,59個tRNA和4個rRNA。比較基因組研究顯示,NMA510612與另一株屬于A群的WUE2594高度線性一致。同時,我們發(fā)現(xiàn)在NMA510612基因組中的IV分泌系統(tǒng)和Ⅰ型限制性酶存在著多態(tài)性區(qū)域,從而為進一步的功能研究提供了線索。
【關(guān)鍵詞】：結(jié)核分枝桿菌 非結(jié)核分枝桿菌 菌種鑒定 基因突變 間隔區(qū)寡核苷酸分型 腦膜炎奈瑟菌 比較基因組學(xué) 功能基因
【學(xué)位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號】：R378.911
【目錄】：

• 目錄3
• 第一部分：北京地區(qū)分離的對氨基水楊酸耐藥結(jié)核分枝桿菌的分子特征分析3-50
• 英文縮寫5-6
• 中文摘要6-7
• Abstract7-8
• 綜述8-15
• 引言15-18
• 第一部分：實驗材料與方法18-29
• 一、實驗材料18-20
• 二、實驗方法20-29
• 第二部分：實驗結(jié)果29-37
• 一、PAS耐藥臨床分離株的種屬鑒定29
• 二、PAS耐藥結(jié)核分枝桿菌的分子型別鑒定(spoligotyping)29-31
• 三、耐藥譜分析31-33
• 四、耐藥相關(guān)基因突變檢測33-37
• 第三部分：討論37-43
• 全文總結(jié)43-44
• 參考文獻44-50
• 第二部分：A群腦膜炎奈瑟氏菌MMA510612基因組學(xué)研究50-68
• 中文摘要50-51
• Abstract51-52
• 引言52-54
• 第一部分：實驗材料與方法54-60
• 一、實驗材料54-55
• 二、實驗儀器55
• 三、實驗方法55-60
• 第二部分：實驗結(jié)果與分析60-65
• 一、NMA510612基因組學(xué)概況60-62
• 二、比較基因組學(xué)分析62-65
• 全文總結(jié)65-66
• 參考文獻66-68
• 發(fā)表文章68-69
• 致謝69-70

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