本文關(guān)鍵詞：綠膿桿菌外膜蛋白OprF的生物信息學(xué)分析

  更多相關(guān)文章： 綠膿桿菌 OprF蛋白 細(xì)胞表位 蛋白結(jié)構(gòu) 預(yù)測

【摘要】：[目的]利用生物信息學(xué)方法預(yù)測綠膿桿菌外膜蛋白OprF的理化性質(zhì)、高級(jí)結(jié)構(gòu)和細(xì)胞表位。[方法]采用在線軟件預(yù)測OprF蛋白的理化性質(zhì);Signal P 4.1軟件預(yù)測OprF信號(hào)肽序列;利用TMHMM軟件預(yù)測ACFA蛋白跨膜結(jié)構(gòu);SOPMA服務(wù)器預(yù)測蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu);Swiss-Model程序預(yù)測OprF三維結(jié)構(gòu);綜合ABCpred與Bepi Pred方案預(yù)測OprF的B細(xì)胞表位;運(yùn)用神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)法預(yù)測OprF的CTL表位;使用MHC-Ⅱ類分子結(jié)合肽程序預(yù)測OprF的Th細(xì)胞表位。[結(jié)果]OprF為親水性蛋白;1~24位氨基酸為信號(hào)肽序列;存在多個(gè)酶切位點(diǎn);無跨膜結(jié)構(gòu)并定位于細(xì)胞膜外;二級(jí)結(jié)構(gòu)中含無規(guī)則卷曲34.36%、α-螺旋31.90%、β-轉(zhuǎn)角11.66%、β-片層22.09%;并可能存在3個(gè)B細(xì)胞表位、2個(gè)CTL表位、4個(gè)Th細(xì)胞表位。[結(jié)論]系統(tǒng)分析了OprF蛋白的理化性質(zhì)、信號(hào)肽、跨膜結(jié)構(gòu)、二級(jí)與三級(jí)結(jié)構(gòu),以及B、T細(xì)胞抗原表位。
【作者單位】： 陜西理工學(xué)院生物科學(xué)與工程學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 綠膿桿菌 OprF蛋白 細(xì)胞表位 蛋白結(jié)構(gòu) 預(yù)測
【基金】：陜西省教育廳科學(xué)研究計(jì)劃項(xiàng)目(“骨硬化蛋白在股骨頭壞死癥中的作用研究”,No.2013JK0723) 陜西理工學(xué)院人才引進(jìn)項(xiàng)目(“人體共生大腸埃希菌與腸道細(xì)胞相互作用蛋白研究”,SLGQD13-15)資助
【分類號(hào)】：R378;Q811.4
【正文快照】： 0引言綠膿桿菌(Pseudomonas aeruginosa)又名銅綠假單胞菌,分布廣泛,在人和動(dòng)物的皮膚、呼吸道和腸道等都有該菌存在,是醫(yī)院感染的常見菌,也是一種人畜共患病原菌。在機(jī)體免疫力下降、重大疾病創(chuàng)傷及燒傷后,容易誘發(fā)感染,甚至導(dǎo)致感染性休克[1-2]。目前,綠膿桿菌的治療主要是

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前4條

1 陳春琳;劉祥;王成富;王令;俱雄;張濤;吳三橋;張曉娟;;重組銅綠假單胞菌外膜蛋白OprI的原核表達(dá)及多克隆抗體制備[J];生物技術(shù);2015年01期

2 熊偉;楊勇琴;張海洋;徐彤;張曉娟;余敏;;人MTERF4基因cDNA的克隆及編碼蛋白質(zhì)的生物信息學(xué)分析[J];生物技術(shù);2015年01期

3 孫晶;薛壯;;斑馬魚過氧化物還原酶的生物信息學(xué)分析[J];生物技術(shù);2015年01期

4 李章球;胡海燕;劉順會(huì);張梅霞;陸志剛;;生物信息學(xué)預(yù)測GPIIb/IIIa抗體CTL、Th的混合表位[J];中國組織工程研究與臨床康復(fù);2009年04期

【共引文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前9條

1 何焱;郝永清;;牛源金黃色葡萄球菌FnbpA-A基因克隆及抗原表位預(yù)測[J];中國畜牧獸醫(yī);2014年05期

2 劉嬡;楊鈺;鮮思美;劉宗勝;吳健;羅波;陳永翠;;羊口瘡病毒貴州株F1L基因克隆及生物信息學(xué)分析[J];中國畜牧獸醫(yī);2015年01期

3 邱進(jìn)杰;張素輝;沈克飛;徐登峰;盧茵;;重慶地區(qū)山羊羊口瘡病毒的PCR鑒定分析[J];黑龍江畜牧獸醫(yī);2014年05期

4 劉祥;;小鼠骨形成蛋白BMP3的原核表達(dá)及多克隆抗體制備與鑒定[J];華北農(nóng)學(xué)報(bào);2015年03期

5 劉祥;俱雄;陳春琳;;重組大腸埃希菌外膜蛋白OmpT的載體構(gòu)建和表達(dá)條件優(yōu)化及多克隆抗體制備[J];湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2015年04期

6 陳春琳;俱雄;萬健;劉祥;;革蘭陰性菌外膜蛋白A研究進(jìn)展[J];生物技術(shù);2014年02期

7 陳春琳;劉祥;王成富;王令;俱雄;張濤;吳三橋;張曉娟;;重組銅綠假單胞菌外膜蛋白OprI的原核表達(dá)及多克隆抗體制備[J];生物技術(shù);2015年01期

8 陳春琳;劉祥;俱雄;;重組綠膿桿菌外膜蛋白OprF的表達(dá)、純化及多克隆抗體制備與鑒定[J];生物技術(shù)通報(bào);2015年08期

9 黃華泥;黃智明;徐五星;邱立東;;2011-2013年銅綠假單胞菌臨床分離株的耐藥性變遷分析[J];中華醫(yī)院感染學(xué)雜志;2015年19期

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 邵洪澤;羊傳染性膿皰病毒FIL基因克隆表達(dá)及分子生物學(xué)檢測方法的建立與初步應(yīng)用[D];吉林農(nóng)業(yè)大學(xué);2013年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 楊勤;銅綠假單胞菌外膜蛋白F與HSV-1 VP22融合基因真核表達(dá)質(zhì)粒的構(gòu)建與表達(dá)[D];川北醫(yī)學(xué)院;2014年

2 鐘皓成;銅綠假單胞菌肺炎治療和預(yù)后的臨床研究[D];浙江大學(xué);2013年

【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 ;PIKA as an Adjuvant Enhances Specific Humoral and Cellular Immune Responses Following the Vaccination of Mice with HBsAg plus PIKA[J];Cellular & Molecular Immunology;2007年02期

2 陳婷;萬瑛;湯旭東;房殿春;余松濤;熊震;羅元輝;楊仕明;;人腫瘤轉(zhuǎn)移相關(guān)抗原肝素酶HLA-A2.1限制性CTL表位的預(yù)測及初步鑒定[J];第三軍醫(yī)大學(xué)學(xué)報(bào);2007年22期

3 劉安定;楊燕;李方和;陸蒙吉;龔非力;楊東亮;;人宮頸癌基因蛋白B細(xì)胞表位及其HLA限制性細(xì)胞毒性T細(xì)胞表位預(yù)測分析[J];第四軍醫(yī)大學(xué)學(xué)報(bào);2007年14期

4 樊慧珍,黃文杰,梁昆,方怡,馬立人,劉耀清;銅綠假單胞菌oprI基因的反向斑點(diǎn)雜交檢測法[J];第一軍醫(yī)大學(xué)學(xué)報(bào);2004年03期

5 宋帥;李春玲;賈愛卿;楊冬霞;李淼;;抗原表位研究方法進(jìn)展[J];動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展;2010年12期

6 趙魁;賀文琦;高豐;;羊傳染性膿皰皮炎病毒研究進(jìn)展[J];中國畜牧獸醫(yī);2008年11期

7 陳曉勇;敦偉濤;趙興波;;哺乳動(dòng)物線粒體基因組轉(zhuǎn)錄及其調(diào)控機(jī)制[J];中國草食動(dòng)物科學(xué);2013年02期

8 熊偉;張海洋;楊紅娟;杜亞曼;;哺乳動(dòng)物細(xì)胞線粒體基因組的轉(zhuǎn)錄及調(diào)控機(jī)制研究進(jìn)展[J];大理學(xué)院學(xué)報(bào);2014年08期

9 孫濤;程安春;汪銘書;;蛋白質(zhì)B細(xì)胞抗原表位測定方法的研究進(jìn)展[J];黑龍江畜牧獸醫(yī);2008年07期

10 朱宇皇;高艷鋒;呂虹;祁元明;;結(jié)核分枝桿菌抗原Rv1258c、Rv1410c及Rv3425的HLA限制性CTL表位預(yù)測[J];鄭州大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版);2011年01期

，

本文編號(hào)：533270