本文關(guān)鍵詞：淋病奈瑟菌外膜蛋白PorB二級結(jié)構(gòu)及其B細胞和T細胞表位分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目的分析淋病奈瑟菌外膜蛋白PorB的二級結(jié)構(gòu)及其潛在的優(yōu)勢B細胞和T細胞抗原表位。方法應(yīng)用在線工具TMHMM對PorB全長氨基酸序列進行跨膜區(qū)域分析,利用EXPASY服務(wù)器上的GOR4和SOPMA工具預(yù)測PorB的二級結(jié)構(gòu),通過DNAStar軟件Protean模塊的Karplus-Schulz、Kyte-Doolittle、Emini方法和Jameson-Wolf方法分析PorB蛋白的柔韌性、親水性、表面可及性和抗原性,以綜合預(yù)測其優(yōu)勢B細胞表位。選擇常見的HLA基因型,并兼顧小鼠H2-Ed、Ek限制性,利用SYFPEITHI軟件以多肽氨基酸是否為錨定殘基、輔助殘基或優(yōu)勢殘基進行記分,選擇得分高的肽段作為候選T細胞表位,采用NetMHC-Ⅱ軟件以肽段分子與MHC分子的親和力為依據(jù),判斷肽段的抗原性,綜合SYFPEITHI和NetMHC-Ⅱ軟件分析結(jié)果以確定T細胞抗原表位存在的可能區(qū)域。結(jié)果 PorB蛋白的N端第1-20氨基酸為跨膜區(qū),第20以后的氨基酸則位于膜外;PorB的二級結(jié)構(gòu)以無規(guī)則卷曲為主,亦可見α螺旋和β折疊;根據(jù)其柔韌性、親水性、表面可及性和抗原性特征綜合分析,PorB優(yōu)勢B細胞表位可能存在于氨基酸序列N端的第165-175,195-206,236-243,275-282肽段;SYFPEITHI和NetMHC-Ⅱ軟件預(yù)測出T細胞優(yōu)勢表位可能位于第18-32、126-142和186-200肽段。結(jié)論應(yīng)用生物信息學(xué)方法分析PorB蛋白的T細胞和B細胞優(yōu)勢表位可能分別是第18-32、126-142和186-200肽段,165-175,195-206,236-243,275-282肽段,為淋球菌表位疫苗的研制提供了思路和理論依據(jù)。
【作者單位】： 大理學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院病原生物學(xué)綜合實驗室;
【關(guān)鍵詞】： 淋病奈瑟菌 ProB蛋白 T細胞表位 B細胞表位 生物信息學(xué)
【基金】：云南省科技廳科學(xué)研究基金項目(No.2009ZC123M)
【分類號】：R378.16
【正文快照】： ***II software.Conclusion T and B cell epitopes of PorB protein were analyzed by means of a bioinformatics approach.Tcell epitopes are possibly present at amino acids 18-32,126-142,and 186-200and B cell epitopes are possibly presentat amino acids 165-175

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本文編號：447949