本文關鍵詞：一株多耐藥鮑曼不動桿菌噬菌體的分離及其基因組序列解析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：隨著抗生素在臨床上長期、廣泛的使用，細菌耐藥性的出現及日益嚴重化給臨床抗感染治療帶來了嚴峻挑戰(zhàn)。鮑曼不動桿菌(Acinetobacter baumannii)是一類革蘭陰性、氧化酶陽性、過氧化酶陰性的需氧非發(fā)酵菌，廣泛存在于自然界和人體中。它可引起醫(yī)院獲得性肺炎、血液感染、泌尿系統(tǒng)感染以及皮膚軟組織感染等，是院內獲得性感染常見的致病菌。特別是耐藥鮑曼不動桿菌和超級細菌的出現，使得臨床治療變得更加困難，已嚴重威脅人類健康。而抗生素面對越來越嚴重的耐藥細菌也顯示出了其應用的局限性，因而尋找新的治療方法十分必要。 噬菌體(Bacteriophage)是感染細菌的病毒，在自然界中廣泛存在，是生物圈中數量最多的生命形式，其種群達1031以上。由于噬菌體能“吃”細菌，噬菌體在發(fā)現之初就被用于治療感染性疾病，在臨床耐藥菌問題日益嚴峻的今天，人們在嘗試利用噬菌體或其功能基因編碼物進行感染性疾病治療方面做了許多探索，并顯示了廣泛的應用前景。 本文以一株臨床分離的多耐藥鮑曼不動桿菌株(AB1)作為宿主菌，并從該醫(yī)院下水道污水中分離到1株噬菌體，命名為Abp l。得到該噬菌體之后，首先對其生物學特性進行了研究；其次提取基因組送北京華大基因研究中心進行測序，完成補洞后對基因組形狀鑒定；最后對基因組進行了生物信息分析，證實噬菌體Abp l屬于短尾噬菌體科T7噬菌體屬KMV亞群。研究內容及結果主要包括以下幾個方面。 1．多耐藥鮑曼不動桿菌的分離鑒定。鮑曼不動桿菌AB I是從西南醫(yī)院燒傷科分離的一株細菌，，經過檢驗科的生化方法鑒定為鮑曼不動桿菌。為進一步證實，設計了一對鮑曼不動桿菌的16S rRNA基因的引物，通過PCRXJAB1進行擴增，得到一條1500bp左右的條帶，送北京華大基因研究中心測序。測序結果在NCBI網站上進行BLAST比對，結果表明與多株鮑曼不動桿菌16S rRNA基因序列相似程度達到99%,進而確定AB1為鮑曼不動桿菌。藥敏實驗結果表明，AB I是一株多耐藥鮑曼不動桿菌，對氨基糖普類、碳青霉烯類、頭抱菌素、四環(huán)素及喳諾酮類抗生素耐藥，而對多勃菌素B敏感，其MIC值為0.236mg/L 2.以鮑曼不動桿菌AB I為宿主菌，從西南醫(yī)院污水中分離到1株可以形成透明噬菌斑的噬菌體，命名為Abp l。電鏡觀察發(fā)現有一個正多面體的頭部，直徑約55nm,并且有一個尾巴，長約15nm o因此Abp l屬于短尾噬菌體科。噬菌體Abp l感染其宿主菌鮑曼不動桿菌的最佳感染復數是0.001。一步生長曲線表明，Abp l感染宿主菌的潛伏期約為1Omin,爆發(fā)期約為40min,爆發(fā)量高達350. SDS-PAGE蛋白電泳發(fā)現，Abp l至少含有11個條帶，表明它至少含有11個結構蛋白，其中38KD左右對應的條帶含量最多，為噬菌體的主要衣殼結構蛋白。 3．提取并純化噬菌體Abp l基因組DNA,送北京華大基因研究中心進行全基因組建庫和測序，進一步補洞得到噬菌體的基因組，噬菌體Abp1基因組的一般情況如下：1)基因組全長為42,185bp, G+C含量為39.15%(其中A=31.48%, G=21.96%, T=29.37%,C=17.19%);2)未見編碼tRNA的基因；3)Abp1全基因組編碼54個基因，平均每個基因長722bp,即每1000bp編碼了1.29個基因，92.5%的基因組序列被用來編碼基因；4)酶切方法證實Abp l是一個線性基因組。 4. Abp1基因組生物信息分析。該基因組含有54個基因，BLASTp比對氨基酸序列顯示有26個基因是已知的，而有28個是功能未知的。其中有10基因編碼了噬菌體Abp1的結構蛋白，其分子量大小也與SDS-PAGE條帶對應分子量大小對應。Abp l基因組編碼了4個HNH核酸內切酶、DNA成熟酶、DNA解旋酶、DNA連接酶、DNA外切酶、DNA內切酶、DNA聚合酶、RNA聚合酶和dNMP激酶。 5．利用全基因組比對和RNA聚合酶進化樹分析證實Abp l屬于短尾噬菌體科T7噬菌體屬的KMV亞群。 噬菌體Abpl的全基因組序列已經提交NCBI,其序列號為JX6587900 綜上所述，通過本研究，分離到了一株多耐藥鮑曼不動桿菌AB1的裂解性噬菌體Abp l，并研究了其基本生物學特性，進一步對基因組測序和生物信息分析。結果表明噬菌體Abp l屬于短尾噬菌體科T7噬菌體屬的KMV亞群。一方面增加了對鮑曼不動桿菌噬菌體的進一步認識，另一方面為后期噬菌體治療奠定基礎。
【關鍵詞】：多耐藥鮑曼不動桿菌 T7噬菌體 全基因組比對 進化分析 最佳感染復數 一步生長曲線
【學位授予單位】：第三軍醫(yī)大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2013
【分類號】：R378
【目錄】：

• 縮略語表5-7
• Abstract7-9
• 摘要9-11
• 第一章 前言11-13
• 第二章 鮑曼不動桿菌噬菌體的分離與鑒定13-27
• 2.1 臨床分離宿主菌為鮑曼不動桿菌的鑒定13-20
• 2.1.1 試劑與材料13-15
• 2.1.2 實驗方法15-17
• 2.1.3 結果與討論17-20
• 2.2 宿主菌AB1的噬菌體的分離20-27
• 2.2.1 試劑與材料20-22
• 2.2.2 實驗方法22-27
• 2.2.3 結果與討論27
• 第三章 噬菌體Abp1的生物學特性27-39
• 3.1 噬菌體Abp1最佳感染復數的測定27-30
• 3.1.1 試劑與材料27-28
• 3.1.2 實驗方法28-29
• 3.1.3 結果與討論29-30
• 3.2 噬菌體Abp1一步生長曲線的繪制30-34
• 3.2.1 試劑與材料30-31
• 3.2.2 實驗方法31-32
• 3.2.3 結果與討論32-34
• 3.3 噬菌體Abp1結構蛋白的分析34-39
• 3.3.1 試劑與材料35-37
• 3.3.2 實驗方法37
• 3.3.3 結果與討論37-39
• 第四章 噬菌體Abp1的基因組測序及形狀鑒定39-48
• 4.1 噬菌體Abp1的全基因組測序39-44
• 4.1.1 試劑與材料39-41
• 4.1.2 實驗方法41-42
• 4.1.3 結果與討論42-44
• 4.2 噬菌體Abp1基因組線狀環(huán)狀鑒定44-48
• 4.2.1 試劑與材料44-46
• 4.2.2 實驗方法46
• 4.2.3 結果與討論46-48
• 第五章 噬菌體Abp1基因組的生物信息學分析及分類48-59
• 5.1 噬菌體基因組Abp1基本生物信息學分析48-55
• 5.1.1 分析方法48-49
• 5.1.2 結果與討論49-55
• 5.2 Abp1的分類55-59
• 5.2.1 實驗方法56-57
• 5.2.2 結果與討論57-59
• 全文總結59-60
• 參考文獻60-65
• 文獻綜述 噬菌體治療的最新進展：不同給藥途徑對噬菌體治療效果的影響65-72
• 參考文獻70-72
• 附錄172-75
• 附錄275-77
• 附錄377-79
• 攻讀碩士期間發(fā)表的文章79-80
• 致謝80

【參考文獻】

中國期刊全文數據庫 前4條

1 劉洋;黃允寧;楊勇;徐遠義;楊世杰;杜鵬;;術前腹腔注射沙培林治療進展期胃癌的臨床觀察[J];癌癥;2010年04期

2 汪復;朱德妹;胡付品;阮斐怡;倪語星;孫景勇;徐英春;張小江;胡云健;艾效曼;俞云松;楊青;孫自鏞;簡翠;賈蓓;黃文祥;卓超;蘇丹虹;魏蓮花;吳玲;張朝霞;季萍;王傳清;薛建昌;張泓;李萬華;;2008年中國CHINET細菌耐藥性監(jiān)測[J];中國感染與化療雜志;2009年05期

3 汪復;朱德妹;胡付品;阮斐怡;倪語星;孫景勇;徐英春;張小江;胡云健;艾效曼;俞云松;楊青;孫自鏞;李麗;賈蓓;黃文祥;卓超;蘇丹虹;魏蓮花;吳玲;張朝霞;季萍;王傳清;薛建昌;張泓;李萬華;徐元宏;沈繼錄;單斌;杜艷;;2009年中國CHINET細菌耐藥性監(jiān)測[J];中國感染與化療雜志;2010年05期

4 胡付品;朱德妹;汪復;蔣曉飛;楊青;徐英春;張小江;孫自鏞;陳中舉;王傳清;王愛敏;倪語星;孫景勇;俞云松;林潔;單斌;杜艷;徐元宏;沈繼錄;張泓;孔菁;卓超;蘇丹虹;張朝霞;季萍;胡云建;艾效曼;黃文祥;賈蓓;魏蓮花;吳玲;;2011年中國CHINET細菌耐藥性監(jiān)測[J];中國感染與化療雜志;2012年05期

  本文關鍵詞：一株多耐藥鮑曼不動桿菌噬菌體的分離及其基因組序列解析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：394160