本文關(guān)鍵詞：基于大規(guī)模RNA-Seq的小鼠轉(zhuǎn)錄組全景和復(fù)雜可變剪接調(diào)控研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：作為最重要的模式生物,小鼠在生物醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域扮演著重要的角色,因為其短的生命周期,強的繁殖能力和與人類在生理學(xué)、解剖學(xué)和遺傳學(xué)的高度相似性,它被廣泛用于遺傳研究、藥物毒性測試和癌癥研究。盡管全世界的研究機構(gòu)付出了巨大的努力改善它,小鼠轉(zhuǎn)錄組的注釋依然不夠完善。在此,我們利用來自于18個小鼠正常組織的RNA-Seq數(shù)據(jù)研究了小鼠轉(zhuǎn)錄組。最終,我們組裝了來自32433個位于內(nèi)含子區(qū)域和基因間區(qū)域的全新的轉(zhuǎn)錄區(qū)域的的34944個轉(zhuǎn)錄物,鑒別出了隱含于已知基因或未知基因中大量新的可變剪接事件。更具體地說,我們鑒別出了6760個潛在的盒式外顯子,其相鄰內(nèi)含子區(qū)域的保守性顯著高于非盒式外顯子。除此之外,我們展示不同組織之間的基因表達(dá)和可變剪接的全貌。我們注意到,大腦作為體內(nèi)最復(fù)雜的器官,擁有最多的組織富集的基因和最特異的可變剪接方式。同時,結(jié)果也顯示某些類型的可變剪接事件在isoform水平的多樣性和組織間調(diào)控中扮演著不同的角色。
【關(guān)鍵詞】：RNA-Seq 小鼠 轉(zhuǎn)錄組 可變剪接
【學(xué)位授予單位】：華東師范大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號】：R-332
【目錄】：

• 論文摘要6-7
• ABSTRACT7-10
• 第一章 緒論10-27
• 1.1 下一代測序技術(shù)(next-generation DNA sequencing,NGS)10-18
• 1.1.1 模板制備10-12
• 1.1.2 測序成像12-18
• 1.2 RNA-Seq技術(shù)18-27
• 1.2.1 RNA-Seq技術(shù)及其優(yōu)勢20-21
• 1.2.2 RNA-Seq的挑戰(zhàn)21-24
• 1.2.3 對轉(zhuǎn)錄組學(xué)的影響24-27
• 第二章 小鼠基因注釋及轉(zhuǎn)錄組研究現(xiàn)狀27-35
• 2.1 小鼠基因百科項目以及國際功能注釋大會27-30
• 2.2 Ensembl小鼠基因注釋流程與現(xiàn)狀30-33
• 2.2.1 定向蛋白質(zhì)比對31
• 2.2.2 相似性比對31-32
• 2.2.3 cDNA比對32
• 2.2.4 UTR附加32-33
• 2.2.5 最終的GeneBuilder處理33
• 2.3 RNA-Seq技術(shù)與小鼠轉(zhuǎn)錄組研究33-35
• 第三章 基于大規(guī)模RNA-Seq數(shù)據(jù)的小鼠轉(zhuǎn)錄組全貌和復(fù)雜可變剪接調(diào)控的研究35-52
• 3.1 數(shù)據(jù)來源35
• 3.2 splice junction的預(yù)測與分析35-39
• 3.2.1 主要數(shù)據(jù)庫的比較評估及splice junction的預(yù)測36-37
• 3.2.2 新的junction和已注釋junction之間的比較37-39
• 3.3 轉(zhuǎn)錄組重構(gòu)39-41
• 3.3.1 質(zhì)量控制39-40
• 3.3.2 轉(zhuǎn)錄組的組裝及同源性證據(jù)40-41
• 3.4 更豐富的外顯子跨越事件及其顯著的特征41-43
• 3.5 組織間表達(dá)的全景圖43-46
• 3.6 差異基因表達(dá)和可變剪接分析46-52
• 第四章 結(jié)論52-54
• 附錄54-58
• 參考文獻(xiàn)58-61
• 后記61

【共引文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前4條

1 ZHOU YuanYuan;GONG Wei;XIAO JingFa;WU JiaYan;PAN LinLin;LI XiaoNuan;WANG XuMin;WANG WeiWei;HU SongNian;YU Jun;;Transcriptomic analysis reveals key regulators of mammogenesis and the pregnancy-lactation cycle[J];Science China(Life Sciences);2014年03期

2 周媛媛;龔未;肖景發(fā);吳佳妍;潘林林;李小暖;王緒敏;王偉偉;胡松年;于軍;;小鼠乳腺發(fā)育的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究——懷孕哺乳周期乳腺的關(guān)鍵調(diào)控基因[J];中國科學(xué):生命科學(xué);2014年03期

3 Yiming He;Zhen Zhang;Xiaoqing Peng;Fangxiang Wu;Jianxin Wang;;De Novo Assembly Methods for Next Generation Sequencing Data[J];Tsinghua Science and Technology;2013年05期

4 陳勇;柳亦松;曾建國;;植物基因組測序的研究進展[J];生命科學(xué)研究;2014年01期

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前4條

1 馬得友;基于高通量測序的刺參白化發(fā)生和子代體色分離研究[D];中國科學(xué)院研究生院（海洋研究所）;2013年

2 許晨璐;落葉松基因挖掘及基因差異表達(dá)與雜種優(yōu)勢形成機制探討[D];中國林業(yè)科學(xué)研究院;2013年

3 麻文俊;楸樹優(yōu)良無性系2-8苗期生理變化與基因表達(dá)對干旱脅迫的響應(yīng)[D];中國林業(yè)科學(xué)研究院;2013年

4 陳庚;整合多層次數(shù)據(jù)多方位解析和注釋人類轉(zhuǎn)錄組[D];華東師范大學(xué);2014年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前6條

1 常暢;小鼠腦中基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及功能分析[D];華東師范大學(xué);2011年

2 張書翠;基于高通量測序的Klebsiella pneumoniae基因組拼接的研究[D];上海師范大學(xué);2013年

3 黃勇;基于高通量測序的微生物基因組學(xué)研究[D];中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院;2013年

4 楊婧;短額負(fù)蝗三種蟲態(tài)的比較轉(zhuǎn)錄組及線粒體轉(zhuǎn)錄組作圖研究[D];陜西師范大學(xué);2013年

5 曾培龍;基于reads引導(dǎo)的基因組序列拼接[D];哈爾濱工業(yè)大學(xué);2012年

6 韓東濤;基于概率模型的基因組從頭測序算法研究[D];哈爾濱工業(yè)大學(xué);2012年

  本文關(guān)鍵詞：基于大規(guī)模RNA-Seq的小鼠轉(zhuǎn)錄組全景和復(fù)雜可變剪接調(diào)控研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：382694