目的分析Ⅰ型脊髓灰質炎病毒(簡稱脊灰病毒)基因密碼子使用偏好性。方法從NCBI基因數(shù)據(jù)庫(GenBank)檢索并篩選出40條Ⅰ型脊灰病毒株的基因信息,計算其相對同義密碼子使用度(RSCU)值、有效密碼子數(shù)(ENc)值。將Ⅰ型脊灰病毒基因中堿基C和G位于第三位的密碼子占所有密碼子的百分比[(C+G)₃%]與ENc值進行關聯(lián)性分析,繪制散點圖,并與(C+G)₃%標準曲線進行比較。采用主成分分析法對Ⅰ型脊灰病毒基因密碼子的RSCU值進行分析,并利用分析獲得的主因子繪制散點圖,觀察不同時間和地域的Ⅰ型脊灰病毒基因密碼子使用偏好性。結果Ⅰ型脊灰病毒基因密碼子AGA、AGG、CCA、UCA和GUG的RSCU值均≥1.5,密碼子GCG、CGA、CGG、CGC、UCG和ACG的RSCU值均≤0.5。Ⅰ型脊灰病毒的ENc平均值為53.633。40株Ⅰ型脊灰病毒毒株均位于(C+G)₃%標準曲線以下。2009年之前分離出來的毒株均位于圖的下方,2009年之后分離于不同國家或地區(qū)的毒株分別聚集于圖的一處。結論Ⅰ型脊灰病毒在AGA、AGG、CCA...

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【文章目錄】：
1
    材料與方法 1.1
    Ⅰ型脊灰病毒毒株基因信息的獲取 1.2
    Ⅰ型脊灰病毒基因相對同義密碼子使用度
    (RSCU)
    值的計算 1.3
    Ⅰ型脊灰病毒基因有效密碼子數(shù)
    (ENc)
    計算 1.4
    Ⅰ型脊灰病毒ENc與
    (C+G)
    3%關聯(lián)性分析 1.5
    不同時間和地域的Ⅰ型脊灰病毒基因密碼子使用偏好性分析 2
    結果 2.1
    Ⅰ型脊灰病毒基因密碼子RSCU值 2.2
    Ⅰ型脊灰病毒ENc值 2.3
    Ⅰ型脊灰病毒ENc與
    (C+G)
    3%關聯(lián)性分析結果 2.4
    不同時間和地域的Ⅰ型脊灰病毒基因密碼子使用偏好性分析結果 3
    討論



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