生物分子進(jìn)化是細(xì)胞分子的序列組成的演變過(guò)程。生命體的遺傳變異通過(guò)突變產(chǎn)生,并且通過(guò)遺傳漂變和自然選擇在群體中擴(kuò)散固定下來(lái)。本文分析了細(xì)菌物種的進(jìn)化特征,并且將進(jìn)化特征應(yīng)用于必需基因和基因組島的預(yù)測(cè)。進(jìn)化分析的工作集中于堿基突變和水平轉(zhuǎn)移（第三部分）兩種進(jìn)化方式,其中堿基突變同時(shí)基于理論（第一部分）和實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)（第二部分）進(jìn)行了分析：（1） 盡管近幾年關(guān)于蛋白質(zhì)進(jìn)化決定因素的研究發(fā)展得非�？�,但是這些因素的相對(duì)重要性還存在爭(zhēng)議。我們針對(duì)這個(gè)問(wèn)題,研究了16個(gè)因素對(duì)18種細(xì)菌的蛋白質(zhì)進(jìn)化的影響。結(jié)果顯示細(xì)菌蛋白質(zhì)的進(jìn)化并不是單一因素決定的。表達(dá)水平、蛋白質(zhì)互作、功能必需性及亞細(xì)胞位置等因素對(duì)進(jìn)化率各自獨(dú)立起作用,在某些細(xì)菌中必需性和蛋白質(zhì)互作的作用甚至超過(guò)了轉(zhuǎn)錄水平。在研究中,我們發(fā)現(xiàn)爭(zhēng)議很可能是由于數(shù)據(jù)本身的偏差造成的,不同轉(zhuǎn)錄豐度的估計(jì)方法會(huì)導(dǎo)致在研究表達(dá)水平對(duì)進(jìn)化率的影響時(shí)得到不同的結(jié)果。僅僅使用CAI估計(jì)表達(dá)水平會(huì)低估基因必需性對(duì)進(jìn)化率的影響,因?yàn)楸匦杌蛞簿哂休^高的密碼子偏性。為了解決這個(gè)問(wèn)題,我們?cè)谘芯恐型瑫r(shí)使用了多個(gè)變量來(lái)共同估算表達(dá)水平。我們首次發(fā)現(xiàn)了頭碰頭沖突促進(jìn)了細(xì)菌的... 

【文章來(lái)源】：電子科技大學(xué)四川省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

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【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

圖２－７復(fù)制鏈偏性??和細(xì)茜不同，真核的復(fù)制是多位點(diǎn)同時(shí)復(fù)制的，當(dāng)兩個(gè)相鄰的復(fù)制叉碰在一??

??圖２－７復(fù)制鏈偏性??和細(xì)茜不同，真核的復(fù)制是多位點(diǎn)同時(shí)復(fù)制的，當(dāng)兩個(gè)相鄰的復(fù)制叉碰在一??起時(shí)發(fā)生終止ｌｉｎｉ。靠近復(fù)制位點(diǎn)５’末端的基因位于前導(dǎo)鏈的可能性高，而復(fù)制??位點(diǎn)靠近３＇末端的基因位于滯后鏈的可能性高。我們將兩個(gè)復(fù)制起始位點(diǎn)之間的??區(qū)域定為一個(gè)復(fù)制起點(diǎn)間區(qū)（Ｉｎｔｅｒｏｒｉｇｉｎ?ｉｎｔｅｒｖａｌ），間區(qū)的５＇末端設(shè)為１，而３＇??末端設(shè)為０。例如，有一個(gè)基因位于復(fù)制起點(diǎn)間區(qū)的０．９６至化９８這一段，那么它??位于前導(dǎo)鏈的概率為９７％?（０．９７和化９８的中點(diǎn)）。對(duì)于＝種真核生物，圖２－７的柱??形條表示基因位于前導(dǎo)鏈的平均概率。當(dāng)細(xì)胞處于Ｓ期時(shí)，只有管家基因??（Ｈｏｕｓｅ－ｋｅｅｐｉｎｇ?ｇｅｎｅ）的轉(zhuǎn)錄和復(fù)制的是同時(shí)進(jìn)行的，當(dāng)我們調(diào)查全基因組時(shí)，??復(fù)制鏈定位偏性并不存在。酵母基因位于前導(dǎo)鏈的概率是５０％

區(qū)域定為一個(gè)復(fù)制起點(diǎn)間區(qū)（Ｉｎｔｅｒｏｒｉｇｉｎ?ｉｎｔｅｒｖａｌ），間區(qū)的５＇末端設(shè)為１，而３＇??末端設(shè)為０。例如，有一個(gè)基因位于復(fù)制起點(diǎn)間區(qū)的０．９６至化９８這一段，那么它??位于前導(dǎo)鏈的概率為９７％?（０．９７和化９８的中點(diǎn)）。對(duì)于＝種真核生物，圖２－７的柱??形條表示基因位于前導(dǎo)鏈的平均概率。當(dāng)細(xì)胞處于Ｓ期時(shí)，只有管家基因??（Ｈｏｕｓｅ－ｋｅｅｐｉｎｇ?ｇｅｎｅ）的轉(zhuǎn)錄和復(fù)制的是同時(shí)進(jìn)行的，當(dāng)我們調(diào)查全基因組時(shí)，??復(fù)制鏈定位偏性并不存在。酵母基因位于前導(dǎo)鏈的概率是５０％，小鼠和人類(lèi)分別??是?５０％和?４９％。??我們接著系統(tǒng)地調(diào)查了復(fù)制鏈定位偏性對(duì)細(xì)菌和真核物種蛋白質(zhì)進(jìn)化的影響。??Ｉ??


本文編號(hào)：3519636