生物分子進化是細胞分子的序列組成的演變過程。生命體的遺傳變異通過突變產(chǎn)生,并且通過遺傳漂變和自然選擇在群體中擴散固定下來。本文分析了細菌物種的進化特征,并且將進化特征應(yīng)用于必需基因和基因組島的預(yù)測。進化分析的工作集中于堿基突變和水平轉(zhuǎn)移（第三部分）兩種進化方式,其中堿基突變同時基于理論（第一部分）和實驗的數(shù)據(jù)（第二部分）進行了分析：（1） 盡管近幾年關(guān)于蛋白質(zhì)進化決定因素的研究發(fā)展得非�？�,但是這些因素的相對重要性還存在爭議。我們針對這個問題,研究了16個因素對18種細菌的蛋白質(zhì)進化的影響。結(jié)果顯示細菌蛋白質(zhì)的進化并不是單一因素決定的。表達水平、蛋白質(zhì)互作、功能必需性及亞細胞位置等因素對進化率各自獨立起作用,在某些細菌中必需性和蛋白質(zhì)互作的作用甚至超過了轉(zhuǎn)錄水平。在研究中,我們發(fā)現(xiàn)爭議很可能是由于數(shù)據(jù)本身的偏差造成的,不同轉(zhuǎn)錄豐度的估計方法會導致在研究表達水平對進化率的影響時得到不同的結(jié)果。僅僅使用CAI估計表達水平會低估基因必需性對進化率的影響,因為必需基因也具有較高的密碼子偏性。為了解決這個問題,我們在研究中同時使用了多個變量來共同估算表達水平。我們首次發(fā)現(xiàn)了頭碰頭沖突促進了細菌的... 

【文章來源】：電子科技大學四川省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：187 頁

【學位級別】：博士

【部分圖文】：

圖２－７復制鏈偏性??和細茜不同，真核的復制是多位點同時復制的，當兩個相鄰的復制叉碰在一??

??圖２－７復制鏈偏性??和細茜不同，真核的復制是多位點同時復制的，當兩個相鄰的復制叉碰在一??起時發(fā)生終止ｌｉｎｉ�？拷鼜椭莆稽c５’末端的基因位于前導鏈的可能性高，而復制??位點靠近３＇末端的基因位于滯后鏈的可能性高。我們將兩個復制起始位點之間的??區(qū)域定為一個復制起點間區(qū)（Ｉｎｔｅｒｏｒｉｇｉｎ?ｉｎｔｅｒｖａｌ），間區(qū)的５＇末端設(shè)為１，而３＇??末端設(shè)為０。例如，有一個基因位于復制起點間區(qū)的０．９６至化９８這一段，那么它??位于前導鏈的概率為９７％?（０．９７和化９８的中點）。對于＝種真核生物，圖２－７的柱??形條表示基因位于前導鏈的平均概率。當細胞處于Ｓ期時，只有管家基因??（Ｈｏｕｓｅ－ｋｅｅｐｉｎｇ?ｇｅｎｅ）的轉(zhuǎn)錄和復制的是同時進行的，當我們調(diào)查全基因組時，??復制鏈定位偏性并不存在。酵母基因位于前導鏈的概率是５０％

區(qū)域定為一個復制起點間區(qū)（Ｉｎｔｅｒｏｒｉｇｉｎ?ｉｎｔｅｒｖａｌ），間區(qū)的５＇末端設(shè)為１，而３＇??末端設(shè)為０。例如，有一個基因位于復制起點間區(qū)的０．９６至化９８這一段，那么它??位于前導鏈的概率為９７％?（０．９７和化９８的中點）。對于＝種真核生物，圖２－７的柱??形條表示基因位于前導鏈的平均概率。當細胞處于Ｓ期時，只有管家基因??（Ｈｏｕｓｅ－ｋｅｅｐｉｎｇ?ｇｅｎｅ）的轉(zhuǎn)錄和復制的是同時進行的，當我們調(diào)查全基因組時，??復制鏈定位偏性并不存在。酵母基因位于前導鏈的概率是５０％，小鼠和人類分別??是?５０％和?４９％。??我們接著系統(tǒng)地調(diào)查了復制鏈定位偏性對細菌和真核物種蛋白質(zhì)進化的影響。??Ｉ??


本文編號：3519636