目的了解岡田繞眼果蠅（Amiota okadai, A. o）基因組序列特征。方法采用Genscan、Augustus、Glimmer、HMM、GeneID和SNAP等軟件對岡田繞眼果蠅基因組測序數(shù)據(jù)進行從頭預(yù)測;用GeMoMa軟件進行同源預(yù)測,利用EVM軟件對預(yù)測結(jié)果進行整合,并結(jié)合已獲得的岡田繞眼果蠅RNA-seq數(shù)據(jù)對岡田繞眼果蠅基因進行結(jié)構(gòu)優(yōu)化、以預(yù)測其基因組全部基因并在公共數(shù)據(jù)庫及專有數(shù)據(jù)庫中進行注釋。結(jié)果對岡田繞眼果蠅基因組進行注釋及優(yōu)化分析,共得到11 510個具有較高可信度的基因;在公共數(shù)據(jù)庫中進行BLAST比對,98.53%的基因得到注釋,其中NR數(shù)據(jù)庫中注釋的基因數(shù)目（占98.20%）較多,可富集到KEGG的基因數(shù)目（占43.15%）較少;通過KOG數(shù)據(jù)庫分析功能基因,共得到4 967個功能基因。在3個專有數(shù)據(jù)庫中（TCDB、CAZyme和PHI）中進行比對,分別注釋獲得了291、359和2 574個基因,其中PHI數(shù)據(jù)庫中可注釋的基因（2 574個）較多。結(jié)論初步揭示了岡田繞眼果蠅基因組序列特征和注釋信息,共得到11 510個基因,為其基因組序列特征研究奠定了基礎(chǔ)... 

【文章來源】：中國病原生物學雜志. 2019年08期 第925-929+934頁 北大核心

【文章頁數(shù)】：6 頁

【文章目錄】：
材料與方法
    1 材料
        1.1 主要儀器
        1.2 供試果蠅
        1.3 數(shù)據(jù)來源
    2 方法
        2.1 基因組序列注釋
        2.2 岡田繞眼果蠅的基因序列信息優(yōu)化
        2.3 公共數(shù)據(jù)庫注釋
        2.4 專有數(shù)據(jù)庫注釋
        2.5 細胞色素P450及ABC轉(zhuǎn)運蛋白預(yù)測
        2.6 預(yù)測基因的驗證
結(jié) 果
    1 基因組預(yù)測
    2 岡田繞眼果蠅基因序列信息優(yōu)化
    3 公共數(shù)據(jù)庫注釋
    4 專有數(shù)據(jù)庫注釋
    5 岡田繞眼果蠅細胞色素P450酶家族及ATP轉(zhuǎn)運子蛋白家族分析
    6 岡田繞眼果蠅預(yù)測基因的鑒定
討 論



本文編號：2906747