本文關(guān)鍵詞：北京譜系結(jié)核分枝桿菌分型和相關(guān)臨床研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：第一部分北京譜系結(jié)核分枝桿菌的鑒定及耐藥性分析 目的：初步了解我國結(jié)核病專科醫(yī)院北京譜系結(jié)核分枝桿菌感染情況及其耐藥特點。 方法：連續(xù)收集前來中國國家結(jié)核病臨床中心（首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京胸科醫(yī)院）就診的結(jié)核病人臨床結(jié)核分枝桿菌分離菌株，藥物敏感性測定采用絕對濃度法，測定的抗結(jié)核藥物包括異煙肼（Isoniazid）、鏈霉素（Streptomycin）、乙胺丁醇（Ethambutol）、利福平（Rifampicin）、利福布丁（Rifabutin）、阿米卡星（Amikacin）、卷曲霉素（Capremycin）、乙硫異煙胺（ETO）、對氨基水楊酸（PAS）、氧氟沙星（Ofloxaxin）、左氧氟沙星（Levofloxacin）、利福噴丁（Rifapentine）。抗酸染色、PNB和TCH鑒定。對所有收集到的，并鑒定為結(jié)核分枝桿菌的菌株行RD105北京譜系結(jié)核分枝桿菌鑒定。 結(jié)果：共收集421株結(jié)核分枝桿菌，經(jīng)PNB/TCH鑒定，其中413株為結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群（MTBC）菌株，8株為非結(jié)核分枝桿菌（NTM）。根據(jù)RD105的缺失定義北京譜系M.TB，389株M.TB缺失RD105。北京譜系M.TB所占的比例為94.2％（389/413）。單一耐藥率為82.3%(95％CI：78.5~86.2)，其中耐多藥（MDR-TB）占15%，，泛耐藥（XDR-TB）占12.4%，另外，結(jié)核分枝桿菌的耐藥譜結(jié)果表明，耐藥率最高的是乙胺丁醇，達(dá)42.7％（95％CI：35.1~50.3），其次是鏈霉素41.7%（95％CI：34.0~49.4）。與中國耐藥基線調(diào)查的耐藥譜存在差異（P0.05）。 結(jié)論：專科醫(yī)院結(jié)核病患者感染北京譜系結(jié)核分枝桿菌的比例較高，結(jié)核病專科醫(yī)院的就診病人為高效的研究北京譜系M.TB流行特征的人群。本次研究中耐藥率最高的為乙胺丁醇，與其他地方乃至全國的耐藥情況有所區(qū)別。北京譜系M.TB可能與重癥難治性結(jié)核病存在聯(lián)系。 第二部分可變串聯(lián)重復(fù)序列（VNTR）聯(lián)合單核苷酸多態(tài)性（SNP）對北京譜系結(jié)核分枝桿菌亞型分型的臨床意義 目的：探討北京譜系結(jié)核分枝桿菌進(jìn)行亞型分型的臨床意義及各亞型的臨床特征。 方法：連續(xù)收集前來中國國家結(jié)核病臨床中心（首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京胸科醫(yī)院）就診的結(jié)核病人臨床分離菌株，對所有北京譜系M.TB行8和51個SNP位點的亞型分型，以及標(biāo)準(zhǔn)的VNTR-15的基因分型。對古老和現(xiàn)代兩個亞譜系行臨床相關(guān)性分析，臨床特征包括病史（初復(fù)治）、影像學(xué)表現(xiàn)（有無空洞）、耐藥譜以及成簇率。 結(jié)果：51位點將北京譜系結(jié)核分枝桿菌分為古老和現(xiàn)代兩亞型。“現(xiàn)代”型北京譜系M.TB，占85.5%（324/379），“古老”北京譜系M.TB，占14.5％（55/379），8位點SNP方法分型結(jié)果與51位點結(jié)果一致。兩種分型方法對古老和現(xiàn)代的亞型分型相吻合。北京譜系亞型分型中，各亞型與對應(yīng)病人的臨床特征不存在聯(lián)系（P0.05），現(xiàn)代與古老北京譜系M.TB相比，古老菌株的成簇率為0，而現(xiàn)代菌株的成簇率為23.8%。 結(jié)論：北京譜系結(jié)核分枝桿菌古老與現(xiàn)代兩亞型臨床特征之間無顯著差異。現(xiàn)代與古老北京譜系M.TB具有不同的傳播力，現(xiàn)代型成簇率更高，傳播力更強(qiáng)。可以通過結(jié)核菌分枝桿菌基因型的分析，預(yù)測結(jié)核病人治療效果和預(yù)后。 第三部分SNP位點用于蛋白結(jié)構(gòu)和功能預(yù)測 目的：探討北京譜系結(jié)核分枝桿菌適應(yīng)環(huán)境的分子機(jī)制，通過預(yù)測SNP野生型與突變型蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)，而推測該SNP對其對應(yīng)基因所引起的功能變化。從而了解結(jié)核分枝桿菌適應(yīng)環(huán)境的相關(guān)特性。 方法：對所有北京譜系M.TB行51個SNP位點的亞型分型基礎(chǔ)上，針對能夠用于分類的SNP位點，在PROVEAN評分的基礎(chǔ)上，選擇Rv0245（S103F）和Rv2494（V48A）行蛋白質(zhì)功能和結(jié)構(gòu)的預(yù)測。利用FR-t5算法，基于目標(biāo)序列進(jìn)行了模板的篩選（template selection）和比對（alignment）。利用MODELLER（http://salilab.org/modeller/對目標(biāo)序列進(jìn)行結(jié)構(gòu)模建，并利用RASP程序進(jìn)行側(cè)鏈模建優(yōu)化，得到最終的三維結(jié)構(gòu)模型。在目標(biāo)基因的結(jié)構(gòu)模型基礎(chǔ)上，利用CIS-RR程序?qū)ο鄳?yīng)位點進(jìn)行了單位點突變，并進(jìn)一步優(yōu)化全局側(cè)鏈，消除碰撞（eliminate clashes）。 結(jié)果：Rv2494可能為toxin蛋白，Rv2494（V48A）這一突變，會嚴(yán)重影響pocket區(qū)域的結(jié)合能力，進(jìn)而影響Rv2494在生理條件下的效率。Rv0245可能為依賴FAD或FMN的氧化還原酶。Rv0245（S103F）突變，由極性的Ser(絲氨酸)突變?yōu)榉菢O性的Phe(苯丙氨酸)，可能影響對FAD或FMN的識別結(jié)合，進(jìn)而提高了Rv0245的活性。 結(jié)論：現(xiàn)代比古老北京譜系M.TB的傳播力強(qiáng)，現(xiàn)代亞譜系的突變與結(jié)核分枝桿菌的休眠狀態(tài)存在一定的聯(lián)系。毒素-抗毒素活性的改變，直接影響結(jié)核分枝桿菌進(jìn)入休眠狀態(tài)。
【關(guān)鍵詞】：北京譜系結(jié)核分枝桿菌 耐藥 結(jié)核病 北京譜系結(jié)核分枝桿菌 基因分型 臨床特征 北京譜系結(jié)核分枝桿菌 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能預(yù)測 生存環(huán)境
【學(xué)位授予單位】：重慶醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號】：R378.911
【目錄】：

• 英漢縮略語名詞對照5-6
• 摘要6-10
• ABSTRACT10-16
• 前言16-20
• 參考文獻(xiàn)18-20
• 第一部分 北京譜系結(jié)核分枝桿菌的鑒定及耐藥性分析20-31
• 前言20
• 1 實驗材料20-22
• 2 實驗方法22-26
• 3 實驗結(jié)果26-27
• 4. 討論27-29
• 參考文獻(xiàn)29-31
• 第二部分 可變串聯(lián)重復(fù)序列（VNTR）聯(lián)合單核苷酸多態(tài)性（SNP）對北京譜系結(jié)核分枝桿菌亞型分型的臨床意義31-46
• 前言31
• 1. 實驗材料31-33
• 2 實驗方法33-37
• 3 實驗結(jié)果37-42
• 4 討論42-44
• 參考文獻(xiàn)44-46
• 第三部分 SNP 位點用于蛋白結(jié)構(gòu)和功能預(yù)測46-53
• 前言46
• 1 實驗材料46-47
• 2 實驗方法47
• 3. 實驗結(jié)果47-50
• 4. 討論50-52
• 參考文獻(xiàn)52-53
• 全文總結(jié)53-55
• 文獻(xiàn)綜述55-63
• 參考文獻(xiàn)60-63
• 致謝63-65
• 攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的文章及科研情況65-66

【共引文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 袁小亮;張?zhí)焱?朱家馨;鄭文爭;雷建平;涂少華;羅一鈞;劉惟優(yōu);;江西省結(jié)核分枝桿菌耐二線抗結(jié)核藥的分子學(xué)特征[J];中國防癆雜志;2013年09期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 袁小亮;張?zhí)焱?朱家馨;鄭文爭;雷建平;涂少華;羅一鈞;劉惟優(yōu);;江西地區(qū)結(jié)核分枝桿菌耐二線抗結(jié)核藥的分子學(xué)特征[A];耐藥結(jié)核病與肺部感染性疾病診療進(jìn)展專題研討會資料匯編[C];2013年

2 楊健;逢宇;趙雁林;張?zhí)烊A;王西娣;陳美齡;李妍;王蕊;;耐多藥結(jié)核分枝桿菌對環(huán)絲氨酸、對氨基水楊酸的耐藥性及其與基因型關(guān)系分析[A];科學(xué)研究與結(jié)核病防治高峰論壇論文匯編[C];2014年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前3條

1 李桂蓮;天津市耐藥結(jié)核病危險因素及結(jié)核分枝桿菌耐藥分子機(jī)制研究[D];天津醫(yī)科大學(xué);2010年

2 林楠;中國結(jié)核分枝桿菌群體基因組的分析[D];福建農(nóng)林大學(xué);2014年

3 劉潔;中國西北兩省區(qū)結(jié)核分枝桿菌臨床分離株基因多態(tài)性研究[D];中國疾病預(yù)防控制中心;2014年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 余琴;內(nèi)蒙古地區(qū)結(jié)核分枝桿菌臨床分離株分子分型研究[D];南華大學(xué);2013年

2 劉海燦;兩株結(jié)核分枝桿菌北京基因型菌株全基因組測序和初步分析[D];中國疾病預(yù)防控制中心;2011年

  本文關(guān)鍵詞：北京譜系結(jié)核分枝桿菌分型和相關(guān)臨床研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：289406