華支睪吸蟲一氧化氮合酶相互作用蛋白基因的生物信息學(xué)分析
【部分圖文】：
AlignX程序?qū)sNOSIP的NOSIP功能域與GenBank中其它物種同源蛋白質(zhì)序列的NOSIP功能域進行比對分析。1.4蛋白質(zhì)B細胞表位分析利用B細胞表位在線分析軟件（http：//tools.immuneepitope.org/tools）預(yù)測蛋白質(zhì)序列中B細胞表位和肽段。2結(jié)果2.1CsNOSIP基因BLASTx的分析結(jié)果BLASTx結(jié)果分析顯示，該基因cDNA全長867bp，起始密碼子為ATG，終止密碼子為TAG，編碼288個氨基酸，確定該基因是華支睪吸蟲一氧化氮合酶相互作用蛋白的全長編碼序列，見圖1。2.2蛋白質(zhì)的理化性質(zhì)CsNOSIP基因編碼蛋白的等電點（pI）為9.16，為堿性蛋白，理論分子量（MW）為35Mr。成熟肽在酵母內(nèi)表達的半衰期大于20h，在大腸埃希菌體內(nèi)表達的半衰期大于10h，編碼蛋白質(zhì)在溶液中的不穩(wěn)定指數(shù)為30.65，低于域值40，說明該蛋白質(zhì)在溶液中性質(zhì)穩(wěn)定。2.3華支睪吸蟲一氧化氮合酶相互作用蛋白基因同源性分析應(yīng)用VectorNTI軟件的AlignX程序，對CsNOSIP預(yù)測的NOSIP功能域與GenBank中其他物種同源蛋白序列的NOSIP功能域進行多序列比對。選用的同源蛋白包括曼氏血吸蟲（S.mansoni）、非洲蛙（X.laevis）、大鼠（R.norvegicus）、小鼠（M.musculus）和人（H.sapiens），其中CsNOSIP與SmNOSIP、XlNOSIP、RnNOSIP、MmNOSIP和HsNOSIP的同源性分別為72.9%、45.2%、47.0%、46.4%和45.8%。多個代表性物種的同源基因的序列比對顯示，來自不同物種的N端和C端長度較一致，但氨基酸的一致性較差。相比其他物種已公開的序列，華支睪吸蟲的氨基酸序列更加完整，見圖2。2.4Int
序列中未發(fā)現(xiàn)線粒體定位序列，無信號肽序列，SecretomeP進一步預(yù)測，提示CsNOSIP可能為非經(jīng)典途徑分泌蛋白。2.6B細胞線性表位分析利用B細胞表位在線分析軟件（CBSPredictionServers）分析CsNOSIP的B細胞線性表位，分析結(jié)果顯示CsNOSIP基因編碼的氨基酸序列中共7個B細胞表位肽段，分值較高的線性表位區(qū)域位于第18~31位氨基酸、第52~60位氨基酸、第91~99位氨基酸、第122~131位氨基酸、第140~184位氨基酸、第193~208位氨基酸和第251~261位氨基酸之間，見圖4，相應(yīng)表位的氨基酸序列，見表1。3討論華支睪吸蟲病主要流行于我國、韓國和越南等一些東亞和東南亞國家。最新的統(tǒng)計資料表明，全球約有3500萬感染者，其中我國約有1500萬［2，8］，華支睪吸蟲分泌排泄蛋白刺激膽管壁將引起膽囊炎、膽石并胰腺炎、膽管癌等嚴(yán)重的肝膽管疾病，被世界衛(wèi)生組織歸為第Ⅰ類生物性致癌物質(zhì)［2，9］，華支睪吸蟲病在我國25個盛市、自治區(qū)都有不同程度的流行［10］，是國家“十一·五”規(guī)劃重點防治的寄生蟲病之一［11-12］，2009年，國際癌癥研究機構(gòu)指出華支睪吸蟲感染是膽管癌的直接誘因之一［1，12］。因此，華支睪吸蟲病被認為是對人類健康危害較大的蠕蟲病之一，隨著分子寄生蟲學(xué)的不斷發(fā)展，從分子水平認識寄生蟲及其致病機制已成為寄生蟲研究領(lǐng)域的熱點之一［12］。作者旨在研究CsNOSIP及其編碼蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)與功能，對闡明華支睪吸蟲CsNOSIP致宿主氧化應(yīng)激的調(diào)控機制提供理論性研究。圖4華支睪吸蟲一氧化氮合酶B細胞線性表位預(yù)測Fig.4ThepredictionoflinearB
?。作者旨在研究CsNOSIP及其編碼蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)與功能，對闡明華支睪吸蟲CsNOSIP致宿主氧化應(yīng)激的調(diào)控機制提供理論性研究。圖4華支睪吸蟲一氧化氮合酶B細胞線性表位預(yù)測Fig.4ThepredictionoflinearBcellepitopesofCsNOSIPBepipredLinearEpitopePredictionThreshold=0.3503.53.02.52.01.51.00.50.0-0.5-1.0-1.5-2.0scoreposition050100150200250300注：Cs為華支睪吸蟲；Sm為曼氏血吸蟲；Xl為非洲蛙；Rn為大鼠；Mm為小鼠；Hs為人類。圖2華支睪吸蟲一氧化氮合酶基因與其他物種該基因的序列比對Fig.2AlignmentofthenitricoxidesynthaseinteractingdomainofCsNOSIPwiththatofNOSIPfromotherspeciesinGenBank圖3InterProScan分析CsNOSIP一級結(jié)構(gòu)中的功能域Fig.3ThedomainsofCsNOSIPfirststructurepredictedbyInterProScan表1B細胞表位預(yù)測Tab.1PredictedBcellepitopes編號123456起始位點185291122140193終止位點316099131184208多肽ERQKDAQRSGYGTQPAQDPVVTPQKAREANETTHAKASAQAASSHNSSAPKPASFWTPGVTQRTEKETKLVKPDTTVRCPMSGKPLRFTKSEDDTPNGKSSQG多肽長度（個）1499104516··947
【參考文獻】
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【共引文獻】
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【二級參考文獻】
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