發(fā)布時間：2017-04-01 15:06

  本文關(guān)鍵詞：流感病毒宿主特異性研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：流感病毒是地球上分布最廣的人畜共患急性傳染病,是人類疾病的頭號致病病毒，人類始終處于與流感病毒緊張的攻防戰(zhàn)中,流感病毒就像是人類社會中的不知何時會被引爆的原子彈，其與人類社會的博弈與戰(zhàn)爭從未停止過。全面解讀流感病毒進化、跨物種傳播、感染和致病的機制才是真正預(yù)防、診斷、治療、控制新型流感的爆發(fā)的關(guān)鍵。流感病毒高度的變異性及其和宿主復(fù)雜的相互作用，使得流感病毒的研究極具復(fù)雜型和挑戰(zhàn)性。 本文的主要工作是利用統(tǒng)計和機器學(xué)習(xí)等從流感病毒基因組序列和RNA結(jié)構(gòu)水平兩個方面研究流感病毒的宿主特異性。該研究有助于進一步理解流感病毒的進化和致病機理。論文的要內(nèi)容包括：首先從公開的流感病毒數(shù)據(jù)庫中收集了常見的甲型流感病毒亞型的八個片段的基因組序列，，其中亞型分別包括H1N1、H3N2、H5N1、H7N9和H2N2，宿主分別為人，禽和豬，并對所下載的基因組序列進行篩選和預(yù)處理。然后在核苷酸序列水平上進行分析，分別計算了不同宿主不同亞型流感病毒的一連組成頻率和二連組成頻率，利用統(tǒng)計檢驗方法比較了他們分別在不同宿主以及不同的亞型間的差異性，結(jié)果顯示H5N1亞型在人、豬和禽的一連和二連組成頻率上的宿主特異性并不顯著。而其他亞型流感病毒則具有較強的宿主特異性。此外，進一步通過AP聚類并結(jié)合Rand index進一步衡量一連核苷酸和二連核苷酸組成頻率對不同宿主、不同亞型流感病毒特異性的區(qū)分能力另一方面，RNA結(jié)構(gòu)在病毒生命周期中具有重要的功能其對流感病毒進化具有巨大的壓力。從流感病毒的RNA結(jié)構(gòu)角度來研究流感病毒的宿主特異性是一個比較新的出發(fā)點，首先我們利用基于動態(tài)規(guī)劃的最小自由能算法對五種亞型流感病毒的各基因片段的二級結(jié)構(gòu)進行了預(yù)測，比較了在不同基因片段上，不同亞型流感病毒在不同宿主的二級結(jié)構(gòu)和最小自由能的差異，研究其在自由能水平上和機構(gòu)水平上的宿主特異性。
【關(guān)鍵詞】：核苷酸 特異性 自由能
【學(xué)位授予單位】：吉林大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號】：R373.13
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-10
• 第1章 緒論10-13
• 1.1 流行性感冒病毒10
• 1.2 流感病毒的分類10
• 1.2.1 流感病毒的分類10
• 1.2.2 流感病毒的亞型10
• 1.3 流感病毒對人類的危害10-12
• 1.4 流感病毒的基因片段12-13
• 第2章 在核苷酸水平上對宿主組成頻率的特意性和亞型特異性的研究13-37
• 2.1 數(shù)據(jù)的收集與整理13-14
• 2.1.1 NCBI 數(shù)據(jù)庫13
• 2.1.2 數(shù)據(jù)的收集13-14
• 2.2 不同亞型流感病毒、不同宿主在核苷酸（ACGT）水平上的組成頻率差異14-24
• 2.2.1 H1N1 亞型流感病毒14-17
• 2.2.2 H3N2 亞型流感病毒17-20
• 2.2.3 H5N1 亞型流感病毒20
• 2.2.4 H7N9 亞型流感病毒20-21
• 2.2.5 H2N2 亞型流感病毒21-24
• 2.3 用統(tǒng)計檢驗法檢驗在核苷酸水平上，不同亞型流感病毒在不同宿主的上組成頻率間的差別24-37
• 2.3.1 一連核苷酸24-27
• 2.3.2 二連核苷酸27
• 2.3.3 結(jié)論27-37
• 第3章 利用 AP 聚類計算區(qū)分度37-43
• 3.1 AP 聚類算法和 Rand index37-39
• 3.2 不同亞型流感病毒在不同宿主上比較的聚類分析結(jié)果39-43
• 3.2.1 H1N1 亞型流感病毒39-40
• 3.2.2 H2N2 亞型流感病毒40
• 3.2.3 H3N2 亞型流感病毒40-41
• 3.2.4 H5N1 亞型流感病毒41-42
• 3.2.5 H7N9 亞型流感病毒42-43
• 第4章 自由能分布研究43-52
• 4.1 數(shù)據(jù)的收集與整理43
• 4.2 二級結(jié)構(gòu)圖43-46
• 4.3 在不同基因片段上，不同亞型流感病毒在不同宿主的二級結(jié)構(gòu)能量差異的比較46-52
• 4.3.1 HA 片段46-47
• 4.3.2 MP 片段47-48
• 4.3.3 NA 片段48
• 4.3.4 NP 片段48-49
• 4.3.5 NS 片段49
• 4.3.6 PA 片段49-50
• 4.3.7 PB1 片段50
• 4.3.8 PB2 片段50-52
• 第5章 總結(jié)與展望52-53
• 5.1 總結(jié)52
• 5.2 展望52-53
• 參考文獻53-55
• 作者簡介及在學(xué)期間所取得的科研成果55-56
• 致謝56-57
• 附錄1 第二章相關(guān)圖表57-61
• 附錄2 第二章相關(guān)表格61-65
• 附錄3 第四章相關(guān)圖表65-73

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前4條

1 王文意;;歷史上的流感[J];百科知識;2009年11期

2 林彬;;假設(shè)檢驗在體育數(shù)據(jù)統(tǒng)計中的應(yīng)用[J];中國管理信息化;2013年11期

3 朱嬋;;幾類常見的RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測方法[J];企業(yè)技術(shù)開發(fā);2012年05期

4 茅趙陽;;圖像的聚類和可視化方法研究[J];現(xiàn)代計算機(專業(yè)版);2009年07期

  本文關(guān)鍵詞：流感病毒宿主特異性研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：280813