【摘要】：MicroRNA(miRNA)是一類約22nt的內(nèi)源性小分子RNA,主要通過與其靶基因mRNA的3’UTR區(qū)互補結合使之降解或影響mRNA的翻譯,實現(xiàn)了對基因的轉錄后沉默[1]。miRNA通過作用于多個靶基因在很多信號通路,如發(fā)育、分化、增殖、細胞凋亡中發(fā)揮重要作用[2]。同時,其自身表達還受到前體轉錄因子的調控,在人類正常組織和腫瘤細胞系中均存在組織特異性的表達模式[3-4]。從而組成miRNA上下游,復雜調控網(wǎng)絡回路。 本研究利用基因本體(Gene Ontology,GO)數(shù)據(jù)庫[5]和GOmir工具[6],分別對382個miRNA的上游轉錄因子和下游靶基因參與的升物學過程,行使分子功能和細胞組分構成三個方面做聚類分析。分析結果顯示,miRNA的“轉錄因子/轉錄因子”和“靶基因/靶基因”之間,存在著廣泛的正、負相關關系,提示它們之間可能存在協(xié)同或拮抗作用。特別地,我們還發(fā)現(xiàn)一類“轉錄因子/靶基因”之間的相關性,提示轉錄因子可能通過miRNA,影響相關基因的表達。情況,從而間接地影響某些生物學過程。 利用GOmir工具[6]對組織特異性表達的miRNA的靶基因做Gene Ontology聚類分析,發(fā)現(xiàn)不同組織表達的miRNA在參與生物學過程,行使分子功能和細胞組分構成方面都存在一定程度的差異。提示miRNA的組織特異性也伴隨著功能的差別。 最后,通過實驗方法證明了肝特異性miRNA,miR-122有若干代謝相關的靶基因,并可以間接影響線粒體合成相關基因。
[Abstract]:MicroRNA (miRNA) is an endogenous small molecule of about 22nt that degrades or affects the translation of mRNA mainly by complementing the 3'UTR region of its target gene mRNA. MiRNA plays an important role in many signal pathways, such as development, differentiation, proliferation and apoptosis by acting on multiple target genes. At the same time, its own expression was regulated by precursor transcription factors, and there was a tissue-specific expression pattern in human normal tissues and tumor cell lines [3-4]. Thus, miRNA upstream and downstream, complex control network loop. In this study, using gene ontology (Gene Ontology,GO) database [5] and GOmir tool [6], the up-stream transcription factors and downstream target genes of 382 miRNA were involved in the ascending process, respectively. Cluster analysis was carried out in three aspects: exercise of molecular function and cell composition. The results showed that there were a wide range of positive and negative correlations between "transcription factor / transcription factor" and "target gene / target gene" in miRNA, suggesting that there might be synergism or antagonism between them. In particular, we also found the correlation between a class of "transcription factors / target genes", suggesting that transcription factors may affect the expression of related genes through miRNA,. The situation indirectly affects certain biological processes. Using the GOmir tool [6] to analyze the target genes of tissue-specific miRNA by Gene Ontology cluster analysis, it was found that the miRNA expressed in different tissues had some differences in the biological process, molecular function and cell component composition. It is suggested that the tissue specificity of miRNA is also accompanied by functional differences. Finally, it is proved that liver specific miRNA,miR-122 has some metabolism-related target genes and can indirectly affect mitochondrial biosynthesis.
【學位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學院
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2010
【分類號】：R346

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