本文選題：甲型流感病毒 + H3N2／NS1基因�。� 參考：《湖南師范大學(xué)》2009年碩士論文

【摘要】： 甲型H3N2流感病毒是威脅人類健康的重要病原體之一,中國(guó)地區(qū)是世界上流感變異株策源地之一,NS1基因是流感病毒主要的毒力因子之一,對(duì)其變異規(guī)律進(jìn)行深入的分析研究在流感的防治工作中具有重要的參考意義。本研究借助近年來(lái)發(fā)展起來(lái)的初步的數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)和進(jìn)化樹(shù)分析方法,從生物信息學(xué)的角度對(duì)流感病毒H3N2/NS1基因的變異規(guī)律進(jìn)行了系統(tǒng)研究,主要包括以下內(nèi)容: 1、聚類分析對(duì)序列的變異規(guī)律進(jìn)行初步分析 應(yīng)用兩步聚類法進(jìn)行了NS1序列的類別分析,結(jié)果顯示全部H3N2/NS1序列可以被清楚的分為4類,各類在宿主間的分布特征清楚的反映了不同宿主序列間親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近,而時(shí)間分布上則反映了H3N2/NS1基因在人群中不斷傳播和變異的過(guò)程。 2、序列的進(jìn)化樹(shù)分析 分析結(jié)果顯示,進(jìn)化樹(shù)結(jié)構(gòu)和聚類結(jié)果基本一致,相應(yīng)結(jié)果不僅詳細(xì)刻畫(huà)了數(shù)十年來(lái)H3N2流感病毒NS1基因變異的基本規(guī)律,還解釋了兩個(gè)關(guān)鍵問(wèn)題:豬宿主在人流感病毒變異中起基因混合器的作用;與全球其余地區(qū)相比,中國(guó)南部地區(qū)在人H3N2亞型流感病毒的NS1變異中顯示出早期策源地,但并不是后期主要的變異株起源地。 3、正向選擇位點(diǎn)鑒定 運(yùn)用正向選擇模型分析了所有H3N2/NS1序列信息。結(jié)果表明,人流感病毒H3N2/NS1基因所承受的選擇壓力是逐漸增大的,并且在90年代年后期達(dá)到高峰。在被篩選出的10個(gè)正向位點(diǎn)中,絕大多數(shù)都具有適應(yīng)性進(jìn)化的重要意義。 本研究在回答流行病學(xué)問(wèn)題的同時(shí),還試探性地建立遺傳序列變異規(guī)律研究的方法體系,分析結(jié)果顯示,這一系列方法能夠很好的滿足分子流行病學(xué)中相應(yīng)分析的需求,值得進(jìn)一步改進(jìn)和應(yīng)用。
[Abstract]:Influenza A (H3N2) virus is one of the most important pathogens threatening human health. The NS1 gene is one of the major virulence factors of influenza virus in China. It is of great significance to analyze and study the variation of influenza in the prevention and treatment of influenza. With the help of the preliminary data mining technology and evolutionary tree analysis method developed in recent years, the variation of H3N2/NS1 gene of influenza virus was systematically studied from the perspective of bioinformatics, including the following contents: 1. Cluster analysis was used to analyze the variation rule of sequence. A two-step clustering method was used to analyze the NS1 sequences. The results showed that all H3N2/NS1 sequences could be clearly classified into four categories, and the distribution characteristics among hosts clearly reflected the distance and proximity of the genetic relationships between different host sequences. The time distribution reflects the continuous transmission and variation of H3N2/NS1 gene in the population. 2. Evolutionary tree analysis of sequences The results show that the evolutionary tree structure is basically consistent with the clustering results, and the corresponding results not only describe the basic rules of NS1 gene variation of H3N2 influenza virus in recent decades. It also explains two key issues: the role of pig hosts as a gene mixer in human influenza virus mutations, and the early origin of human H3N2 subtype NS1 mutations in southern China compared with the rest of the world. But it is not the origin of the main mutant in the later stage. 3, positive selection site identification The forward selection model is used to analyze all H3N2/NS1 sequence information. The results showed that the selection pressure of H3N2/NS1 gene of human influenza virus increased gradually and reached its peak in the late 1990s. Most of the 10 positive loci screened have the significance of adaptive evolution. While answering the epidemiological questions, this study also tentatively established a method system for the study of the law of genetic sequence variation. The results showed that this series of methods could well meet the needs of the corresponding analysis in molecular epidemiology. It is worthy of further improvement and application.
【學(xué)位授予單位】：湖南師范大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2009
【分類號(hào)】：R373

【共引文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：1899948