本文選題：生殖道沙眼衣原體 + 基因分型��； 參考：《中國人獸共患病學報》2015年10期

【摘要】：目的探討福州市性病門診人群泌尿生殖道沙眼衣原體的基因型分布狀況。方法收集2013-2014年臨床疑似生殖道沙眼衣原體感染者標本2 019份,用實時熒光定量PCR檢測沙眼衣原體,陽性標本用套式PCR擴增Omp1區(qū)并進行測序分析。測序結果上傳至BLAST網站查找序列的相似性、構建系統(tǒng)樹確定基因型。結果檢測沙眼衣原體陽性標本86份,成功分型的有83份,1株為混合感染。測得8個基因型,分別為:F型(36.59%)、E型(24.39%)、D型(12.20%)、G型(9.76%)、J型(9.76%)、H型(3.66%)、K型(2.44%)、B型(1.22%)。計算不同基因型間Omp1基因的核苷酸的同義突變率(dS)和非同義突變率(dN),發(fā)現僅G型的dN/dS值大于1,其他型均小于1。結論 F型和E型是福州市性病門診人群泌尿生殖道沙眼衣原體的主要基因型。同義替代是Omp1基因在進化過程中的主要變異。
[Abstract]:Objective to investigate the genotype distribution of Chlamydia trachomatis in urogenital tract in STD outpatients in Fuzhou. Methods 2019 samples of suspected genital chlamydia trachomatis infection from 2013 to 2014 were collected and detected by real-time fluorescence quantitative PCR. The positive samples were amplified by nested PCR and sequenced. The sequencing results were uploaded to the BLAST website to find the similarity of the sequences, and the system tree was constructed to determine the genotypes. Results 86 chlamydia trachomatis positive specimens were detected and 83 strains of chlamydia trachomatis were successfully classified as mixed infection. Eight genotypes were determined, respectively, which were: 1 / F / 36.59C / T = 24.39 / D / 12.20 / T / 9.76C / 9.76 / 9.76 / 3.66 / 3.66 / K / 2.44 / 2 / 2.22 / 2 / 2, respectively. The nucleotide synonymous mutation rate (DS) and non-synonymous mutation rate (DS) of Omp1 gene among different genotypes were calculated. It was found that only the dN/dS value of G genotype was greater than 1, while that of other genotypes was less than 1. Conclusion F and E are the main genotypes of Chlamydia trachomatis in urogenital tract. Synonymous substitution is the main variation in the evolution of Omp1 gene.
【作者單位】： 福建省疾病預防控制中心;
【分類號】：R374

【參考文獻】

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本文編號：1833004